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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21973 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of influenza hemagglutinin A/Victoria/361/2011 in complex with cyno antibody 3B10 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
![]() | Qiu Y / Zhou Y / Darricarrere N | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Broad neutralization of H1 and H3 viruses by adjuvanted influenza HA stem vaccines in nonhuman primates. 著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai ...著者: Nicole Darricarrère / Yu Qiu / Masaru Kanekiyo / Adrian Creanga / Rebecca A Gillespie / Syed M Moin / Jacqueline Saleh / Jose Sancho / Te-Hui Chou / Yanfeng Zhou / Ruijun Zhang / Shujia Dai / Anthony Moody / Kevin O Saunders / Michelle C Crank / John R Mascola / Barney S Graham / Chih-Jen Wei / Gary J Nabel / ![]() 要旨: Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most ...Seasonal influenza vaccines confer protection against specific viral strains but have restricted breadth that limits their protective efficacy. The H1 and H3 subtypes of influenza A virus cause most of the seasonal epidemics observed in humans and are the major drivers of influenza A virus-associated mortality. The consequences of pandemic spread of COVID-19 underscore the public health importance of prospective vaccine development. Here, we show that headless hemagglutinin (HA) stabilized-stem immunogens presented on ferritin nanoparticles elicit broadly neutralizing antibody (bnAb) responses to diverse H1 and H3 viruses in nonhuman primates (NHPs) when delivered with a squalene-based oil-in-water emulsion adjuvant, AF03. The neutralization potency and breadth of antibodies isolated from NHPs were comparable to human bnAbs and extended to mismatched heterosubtypic influenza viruses. Although NHPs lack the immunoglobulin germline VH1-69 residues associated with the most prevalent human stem-directed bnAbs, other gene families compensated to generate bnAbs. Isolation and structural analyses of vaccine-induced bnAbs revealed extensive interaction with the fusion peptide on the HA stem, which is essential for viral entry. Antibodies elicited by these headless HA stabilized-stem vaccines neutralized diverse H1 and H3 influenza viruses and shared a mode of recognition analogous to human bnAbs, suggesting that these vaccines have the potential to confer broadly protective immunity against diverse viruses responsible for seasonal and pandemic influenza infections in humans. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 368.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 368.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Influenza hemagglutinin A/Victoria/361/2011 in complex with 3B10 Fab
全体 | 名称: Influenza hemagglutinin A/Victoria/361/2011 in complex with 3B10 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Influenza hemagglutinin A/Victoria/361/2011 in complex with 3B10 Fab
超分子 | 名称: Influenza hemagglutinin A/Victoria/361/2011 in complex with 3B10 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 336 KDa |
-超分子 #2: Hemagglutinin
超分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Cyno antibody
超分子 | 名称: Cyno antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: A/reassortant/NYMC X-217(A/Puerto Rico/8/1934 x A/Victoria/361/2011)(H3N2) |
分子量 | 理論値: 56.721504 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QKLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTIVKTIT NDQIEVTNAT ELVQNSSIGE ICDSPHQILD GENCTLIDAL LGDPQCDGFQ NKKWDLFVE RSKAYSNCFP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FNNESFNWTG VTQNGTSSAC IRRSNNSFFS RLNWLTQLNF K YPALNVTM ...文字列: QKLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTIVKTIT NDQIEVTNAT ELVQNSSIGE ICDSPHQILD GENCTLIDAL LGDPQCDGFQ NKKWDLFVE RSKAYSNCFP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FNNESFNWTG VTQNGTSSAC IRRSNNSFFS RLNWLTQLNF K YPALNVTM PNNEQFDKLY IWGVHHPVTD KDQIFLYAQS SGRITVSTKR SQQAVIPNIG YRPRIRNIPS RISIYWTIVK PG DILLINS TGNLIAPRGY FKIRSGKSSI MRSDAPIGKC NSECITPNGS IPNDKPFQNV NRITYGACPR YVKQSTLKLA TGM RNVPEK QTRGIFGAIA GFIENGWEGM VDGWYGFRHQ NSEGRGQAAD LKSTQAAIDQ INGKLNRLIG KTNEKFHQIE KEFS EVEGR IQDLEKYVED TKIDLWSYNA ELLVALENQH TIDLTDSEMN KLFEKTKKQL RENAEDMGNG CFKIYHKCDN ACIGS IRNG TYDHDVYRDE ALNNRFQIK |
-分子 #2: Cyno antibody heavy chain
分子 | 名称: Cyno antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.700625 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGTFS AYYWGWIRQP PGKGLEWIGS ISGGSGSTDY SPSLKSRATI SRDTSKNQFS LKLTSVTAA DTAVYYCVRK YWGDYYANWF DVWGPGVLVT VSSASTKGPS VFPLAPCSRS TSESTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGSL ...文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGTFS AYYWGWIRQP PGKGLEWIGS ISGGSGSTDY SPSLKSRATI SRDTSKNQFS LKLTSVTAA DTAVYYCVRK YWGDYYANWF DVWGPGVLVT VSSASTKGPS VFPLAPCSRS TSESTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGSL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYVCNVN HKPSNTKVDK RVEIKTCGGG SKPPT |
-分子 #3: Cyno antibody light chain
分子 | 名称: Cyno antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.095521 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLQGGVPS RFSGSGSGSD FTLTISSLQS EDFATYYCQ QYSGRPPTFG QGTKVEIKRA VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDTVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLQGGVPS RFSGSGSGSD FTLTISSLQS EDFATYYCQ QYSGRPPTFG QGTKVEIKRA VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS KDNTYSLSST LTLSSTDYQS HNVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.13 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.5 |
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |