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- EMDB-21908: 30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBod... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21908
タイトル30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
マップデータ30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
試料
  • 複合体: Enterococcus faecalis
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
  • リガンド: ZINC ION
キーワード70S / ribosome / pathogen / antibiotic development / antibiotic resistant
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain ...Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS14C ...Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS14C / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS7
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jogl G / Khayat R
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094157 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)G12MD007603 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis.
著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl /
要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen.
履歴
登録2020年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月4日-
マップ公開2020年11月4日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wua
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21908.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.097 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.03963051 - 0.116611235
平均 (標準偏差)-0.0009723742 (±0.003378916)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 482.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0971.0971.097
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z482.680482.680482.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0400.117-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Enterococcus faecalis

全体名称: Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
要素
  • 複合体: Enterococcus faecalis
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Enterococcus faecalis

超分子名称: Enterococcus faecalis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 2.5 MDa

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 501.090781 KDa
配列文字列: UGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA ACGCUUCUUU CCUCCCGAGU GCUUGCACU CAAUUGGAAA GAGGAGUGGC GGACGGGUGA GUAACACGUG GGUAACCUAC CCAUCAGAGG GGGAUAACAC U UGGAAACA ...文字列:
UGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA ACGCUUCUUU CCUCCCGAGU GCUUGCACU CAAUUGGAAA GAGGAGUGGC GGACGGGUGA GUAACACGUG GGUAACCUAC CCAUCAGAGG GGGAUAACAC U UGGAAACA GGUGCUAAUA CCGCAUAACA GUUUAUGCCG CAUGGCAUAA GAGUGAAAGG CGCUUUCGGG UGUCGCUGAU GG AUGGACC CGCGGUGCAU UAGCUAGUUG GUGAGGUAAC GGCUCACCAA GGCCACGAUG CAUAGCCGAC CUGAGAGGGU GAU CGGCCA CACUGGGACU GAGACACGGC CCAGACUCCU ACGGGAGGCA GCAGUAGGGA AUCUUCGGCA AUGGACGAAA GUCU GACCG AGCAACGCCG CGUGAGUGAA GAAGGUUUUC GGAUCGUAAA ACUCUGUUGU UAGAGAAGAA CAAGGACGUU AGUAA CUGA ACGUCCCCUG ACGGUAUCUA ACCAGAAAGC CACGGCUAAC UACGUGCCAG CAGCCGCGGU AAUACGUAGG UGGCAA GCG UUGUCCGGAU UUAUUGGGCG UAAAGCGAGC GCAGGCGGUU UCUUAAGUCU GAUGUGAAAG CCCCCGGCUC AACCGGG GA GGGUCAUUGG AAACUGGGAG ACUUGAGUGC AGAAGAGGAG AGUGGAAUUC CAUGUGUAGC GGUGAAAUGC GUAGAUAU A UGGAGGAACA CCAGUGGCGA AGGCGGCUCU CUGGUCUGUA ACUGACGCUG AGGCUCGAAA GCGUGGGGAG CAAACAGGA UUAGAUACCC UGGUAGUCCA CGCCGUAAAC GAUGAGUGCU AAGUGUUGGA GGGUUUCCGC CCUUCAGUGC UGCAGCAAAC GCAUUAAGC ACUCCGCCUG GGGAGUACGA CCGCAAGGUU GAAACUCAAA GGAAUUGACG GGGGCCCGCA CAAGCGGUGG A GCAUGUGG UUUAAUUCGA AGCAACGCGA AGAACCUUAC CAGGUCUUGA CAUCCUUUGA CCACUCUAGA GAUAGAGCUU UC CCUUCGG GGACAAAGUG ACAGGUGGUG CAUGGUUGUC GUCAGCUCGU GUCGUGAGAU GUUGGGUUAA GUCCCGCAAC GAG CGCAAC CCUUAUUGUU AGUUGCCAUC AUUUAGUUGG GCACUCUAGC GAGACUGCCG GUGACAAACC GGAGGAAGGU GGGG AUGAC GUCAAAUCAU CAUGCCCCUU AUGACCUGGG CUACACACGU GCUACAAUGG GAAGUACAAC GAGUCGCUAG ACCGC GAGG UCAUGCAAAU CUCUUAAAGC UUCUCUCAGU UCGGAUUGCA GGCUGCAACU CGCCUGCAUG AAGCCGGAAU CGCUAG UAA UCGCGGAUCA GCACGCCGCG GUGAAUACGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACA CCACGAGAGU UUGUAAC AC CCGAAGUCGG UGAGGUAACC UUUUUGGAGC CAGCCGCCUA AGGUGGGAUA GAUGAUUGGG GUGAAGUCGU AACAAGGU A GCCGUAUCGG AAGGUGCGGC UGGAUCA

GENBANK: GENBANK: CP002621.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 22.884309 KDa
配列文字列: GQKVHPIGMR VGIIRDWDAK WYAEKEYAEF LHEDLRIRKF IATKLADAAV STIEIERAAN RVNISIHTAK PGMVIGKGGS EVENLRKEL NKLTGKRVHI NIVEIKKPDL DAKLVGEGIA RQLENRVAFR RAQKQAIQRA MRAGAKGIKT QVSGRLNGAD I ARSEGYSE ...文字列:
GQKVHPIGMR VGIIRDWDAK WYAEKEYAEF LHEDLRIRKF IATKLADAAV STIEIERAAN RVNISIHTAK PGMVIGKGGS EVENLRKEL NKLTGKRVHI NIVEIKKPDL DAKLVGEGIA RQLENRVAFR RAQKQAIQRA MRAGAKGIKT QVSGRLNGAD I ARSEGYSE GTVPLHTLRA DIDYAWEEAD TTYGKLGVKV WIYRGE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 17.547219 KDa
配列文字列:
PRKGPVAKRD VLPDPIYNSK LVTRLINRVM VDGKRGIAAN IIYNSFDIIK ESTGNDPLEV FEQAMKNVMP VLEVKARRVG GSNYQVPVE VRPERRTTLG LRWVVNYARL RGEHTMEERL AKEIMDAANN TGASVKKRED THKMADANRA FAHYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 14.069206 KDa
配列文字列:
QVQYSGTGRR KNAVARVRLV PGTGKITVNK KDVEEYIPHA DLREVINQPF GVTETKGAYD VIVNVNGGGY AGQSGAIRHG IARALLQVD PDFRSALKRA GLLTRDARMV ERKKPGLKKA RKASQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 11.400286 KDa
配列文字列:
QKIRIRLKAY EHRILDQSAD KIVETAKRTG ADVSGPIPLP TERSLYTVIR ATHKYKDSRE QFEMRTHKRL IDIVNPTPKT VDALMKLDL PSGVNIEIKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 12.619492 KDa
配列文字列:
ARIAGVDIPR DKRVVVSLTY IYGIGNTTAK KVLANVGVSE DVRVRDLTNE QTDAIRAEID KLKVEGDLRR EVNLNIKRLM EIGSYRGIR HRRGLPTRGQ NTKNNARTRK GPT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 7.041397 KDa
配列文字列:
AKKSMIAKNK RPAKHSTQAY TRCERCGRPH SVYRKFHLCR ICFRELAYKG QIPGVKKASW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌)
分子量理論値: 8.999471 KDa
配列文字列:
SLKKGPFVDD HLMKKVEAQQ GAEKKKVIKT WSRRSTIFPS FVGFTIAVYD GRKHVPVYIQ EDMVGHKLGE FAPTRTYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec.
詳細Sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63) / 使用した粒子像数: 335675
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5li0

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4ybb

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 177 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-6wua:
30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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