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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21899 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human SEMA6A dimer | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / neural crest cell migration / negative chemotaxis ...negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / neural crest cell migration / negative chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cytoskeleton organization / negative regulation of angiogenesis / animal organ morphogenesis / axon guidance / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nervous system development / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / axon / apoptotic process / extracellular space / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Kucharska I / Rubinstein JL / Julien JP | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Recognition of Semaphorin Proteins by P. sordellii Lethal Toxin Reveals Principles of Receptor Specificity in Clostridial Toxins. 著者: Hunsang Lee / Greg L Beilhartz / Iga Kucharska / Swetha Raman / Hong Cui / Mandy Hiu Yi Lam / Huazhu Liang / John L Rubinstein / Daniel Schramek / Jean-Philippe Julien / Roman A Melnyk / Mikko Taipale / ![]() 要旨: Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome ...Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome associated with gynecological infections. TcsL is 87% similar to C. difficile TcdB, which enters host cells via Frizzled receptors in colon epithelium. However, P. sordellii infections target vascular endothelium, suggesting that TcsL exploits another receptor. Here, using CRISPR/Cas9 screening, we establish semaphorins SEMA6A and SEMA6B as TcsL receptors. We demonstrate that recombinant SEMA6A can protect mice from TcsL-induced edema. A 3.3 Å cryo-EM structure shows that TcsL binds SEMA6A with the same region that in TcdB binds structurally unrelated Frizzled. Remarkably, 15 mutations in this evolutionarily divergent surface are sufficient to switch binding specificity of TcsL to that of TcdB. Our findings establish semaphorins as physiologically relevant receptors for TcsL and reveal the molecular basis for the difference in tissue targeting and disease pathogenesis between highly related toxins. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.7 KB 10.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 147.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 76.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : SEMA6A dimer
全体 | 名称: SEMA6A dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: SEMA6A dimer
超分子 | 名称: SEMA6A dimer / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: SEMA6A
分子 | 名称: SEMA6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: ET GFPEDSE PISISHGNYT KQYPVFVGHK PGRNTTQRHR LDIQM IMIM NGTLYIAARD HIYTVDIDTS HTEEIYCSKK LTWKSRQADV DTCRMKGKHK DECHNF IKV LLKKNDDALF VCGTNAFNPS CRNYKMDTLE PFGDEFSGMA RCPYDAKHAN VALFADG KL ...文字列: ET GFPEDSE PISISHGNYT KQYPVFVGHK PGRNTTQRHR LDIQM IMIM NGTLYIAARD HIYTVDIDTS HTEEIYCSKK LTWKSRQADV DTCRMKGKHK DECHNF IKV LLKKNDDALF VCGTNAFNPS CRNYKMDTLE PFGDEFSGMA RCPYDAKHAN VALFADG KL YSATVTDFLA IDAVIYRSLG ESPTLRTVKH DSKWLKEPYF VQAVDYGDYI YFFFREIA V EYNTMGKVVF PRVAQVCKND MGGSQRVLEK QWTSFLKARL NCSVPGDSHF YFNILQAVT DVIRINGRDV VLATFSTPYN SIPGSAVCAY DMLDIASVFT GRFKEQKSPD STWTPVPDER VPKPRPGCC AGSSSLERYA TSNEFPDDTL NFIKTHPLMD EAVPSIFNRP WFLRTMVRYR L TKIAVDTA AGPYQNHTVV FLGSEKGIIL KFLARIGNSG FLNDSLFLEE MSVYNSEKCS YD GVEDKRI MGMQLDRASS SLYVAFSTCV IKVPLGRCER YGKCKKTCIA SRDPYCGWIK EGG ACSHLS PNSRLTFEQD IERGNTDGLG DCHN GSWSH PQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 45.24 e/Å2 / 詳細: Images were collected with FEI Falcon IV. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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