+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21859 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of yeast 80S ribosome with Met-tRNAiMet, eIF5B, and GDP | |||||||||
マップデータ | post-processed map, masked | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | yeast / ribosome / initiation / eIF5B / GDP / Met-tRNAiMet | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formation of cytoplasmic translation initiation complex / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation ...formation of cytoplasmic translation initiation complex / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of translational initiation / nonfunctional rRNA decay / hexon binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, small subunit precursor / Ribosomal scanning and start codon recognition / response to cycloheximide / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / regulation of amino acid metabolic process / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / positive regulation of protein kinase activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Ub-specific processing proteases / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translational termination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cytosolic ribosome assembly / small-subunit processome / translational initiation / macroautophagy / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / viral capsid / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / host cell nucleus / nucleolus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the transition from translation initiation to elongation by an 80S-eIF5B complex. 著者: Jinfan Wang / Jing Wang / Byung-Sik Shin / Joo-Ran Kim / Thomas E Dever / Joseph D Puglisi / Israel S Fernández / 要旨: Recognition of a start codon by the initiator aminoacyl-tRNA determines the reading frame of messenger RNA (mRNA) translation by the ribosome. In eukaryotes, the GTPase eIF5B collaborates in the ...Recognition of a start codon by the initiator aminoacyl-tRNA determines the reading frame of messenger RNA (mRNA) translation by the ribosome. In eukaryotes, the GTPase eIF5B collaborates in the correct positioning of the initiator Met-tRNA on the ribosome in the later stages of translation initiation, gating entrance into elongation. Leveraging the long residence time of eIF5B on the ribosome recently identified by single-molecule fluorescence measurements, we determine the cryoEM structure of the naturally long-lived ribosome complex with eIF5B and Met-tRNA immediately before transition into elongation. The structure uncovers an unexpected, eukaryotic specific and dynamic fidelity checkpoint implemented by eIF5B in concert with components of the large ribosomal subunit. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21859.map.gz | 19.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-21859-v30.xml emd-21859.xml | 104.5 KB 104.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21859_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21859.png | 117.2 KB | ||
マスクデータ | emd_21859_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-21859.cif.gz | 19.1 KB | ||
その他 | emd_21859_additional_1.map.gz emd_21859_additional_2.map.gz emd_21859_half_map_1.map.gz emd_21859_half_map_2.map.gz | 85.4 MB 18.7 MB 85.6 MB 85.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21859 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21859 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21859_validation.pdf.gz | 1000 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_21859_full_validation.pdf.gz | 999.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21859_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21859_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21859 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21859 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | post-processed map, masked | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.416 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21859_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_21859_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: post-processed map, with Bfactor -50 and low-pass filtered to 3.3A
ファイル | emd_21859_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | post-processed map, with Bfactor -50 and low-pass filtered to 3.3A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-1
ファイル | emd_21859_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half-1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map 2
ファイル | emd_21859_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : 80S ribosome with eIF5B, Met-tRNAiMet, mRNA, and GDP
+超分子 #1: 80S ribosome with eIF5B, Met-tRNAiMet, mRNA, and GDP
+分子 #1: 25S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #3: 5.8S ribosomal rRNA
+分子 #81: 18S ribosomal RNA
+分子 #83: Met-tRNA-iMet
+分子 #84: mRNA
+分子 #4: uL2
+分子 #5: uL3
+分子 #6: uL4
+分子 #7: uL18
+分子 #8: eL6
+分子 #9: uL30
+分子 #10: eL8
+分子 #11: uL6
+分子 #12: uL16
+分子 #13: uL5
+分子 #14: eL13
+分子 #15: eL14
+分子 #16: eL15
+分子 #17: uL13
+分子 #18: uL22
+分子 #19: eL18
+分子 #20: eL19
+分子 #21: eL20
+分子 #22: eL21
+分子 #23: eL22
+分子 #24: uL14
+分子 #25: eL24
+分子 #26: uL23
+分子 #27: uL24
+分子 #28: eL27
+分子 #29: uL15
+分子 #30: eL29
+分子 #31: eL30
+分子 #32: eL31
+分子 #33: eL32
+分子 #34: eL33
+分子 #35: eL34
+分子 #36: uL29
+分子 #37: eL36
+分子 #38: eL37
+分子 #39: eL38
+分子 #40: eL39
+分子 #41: eL40
+分子 #42: eL41
+分子 #43: eL42
+分子 #44: eL43
+分子 #45: uL1
+分子 #46: uL10
+分子 #47: L10
+分子 #48: uS2
+分子 #49: eS1
+分子 #50: uS5
+分子 #51: uS3
+分子 #52: eS4
+分子 #53: uS7
+分子 #54: eS6
+分子 #55: eS7
+分子 #56: eS8
+分子 #57: uS4
+分子 #58: eS10
+分子 #59: uS17
+分子 #60: eS12
+分子 #61: uS15
+分子 #62: uS11
+分子 #63: uS19
+分子 #64: uS19
+分子 #65: eS17
+分子 #66: uS13
+分子 #67: eS19
+分子 #68: uS10
+分子 #69: eS21
+分子 #70: uS8
+分子 #71: uS12
+分子 #72: eS24
+分子 #73: eS25
+分子 #74: eS26
+分子 #75: eS27
+分子 #76: eS28
+分子 #77: uS14
+分子 #78: eS30
+分子 #79: eS31
+分子 #80: RACK1
+分子 #82: eIF5B
+分子 #85: ZINC ION
+分子 #86: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #87: N-carboxy-L-threonine
+分子 #88: METHIONINE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |