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万見
- EMDB-21840: Tetrahymena ribozyme models, 6.8 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21840
タイトルTetrahymena ribozyme models, 6.8 Angstrom resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrahymena ribozyme
    • RNA: RNA (388-MER)
キーワードribozyme / RNA
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Kappel K / Zhang K
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD021600 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI145647 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832, R01GM079429, U54GM103297, R35 GM112579 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2020
タイトル: Accelerated cryo-EM-guided determination of three-dimensional RNA-only structures.
著者: Kalli Kappel / Kaiming Zhang / Zhaoming Su / Andrew M Watkins / Wipapat Kladwang / Shanshan Li / Grigore Pintilie / Ved V Topkar / Ramya Rangan / Ivan N Zheludev / Joseph D Yesselman / Wah Chiu / Rhiju Das /
要旨: The discovery and design of biologically important RNA molecules is outpacing three-dimensional structural characterization. Here, we demonstrate that cryo-electron microscopy can routinely resolve ...The discovery and design of biologically important RNA molecules is outpacing three-dimensional structural characterization. Here, we demonstrate that cryo-electron microscopy can routinely resolve maps of RNA-only systems and that these maps enable subnanometer-resolution coordinate estimation when complemented with multidimensional chemical mapping and Rosetta DRRAFTER computational modeling. This hybrid 'Ribosolve' pipeline detects and falsifies homologies and conformational rearrangements in 11 previously unknown 119- to 338-nucleotide protein-free RNA structures: full-length Tetrahymena ribozyme, hc16 ligase with and without substrate, full-length Vibrio cholerae and Fusobacterium nucleatum glycine riboswitch aptamers with and without glycine, Mycobacterium SAM-IV riboswitch with and without S-adenosylmethionine, and the computer-designed ATP-TTR-3 aptamer with and without AMP. Simulation benchmarks, blind challenges, compensatory mutagenesis, cross-RNA homologies and internal controls demonstrate that Ribosolve can accurately resolve the global architectures of RNA molecules but does not resolve atomic details. These tests offer guidelines for making inferences in future RNA structural studies with similarly accelerated throughput.
履歴
登録2020年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wls
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21840.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å		1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å		1.07 Å/pix.
x 192 pix.
= 205.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.0632461 - 0.13568126
平均 (標準偏差)0.000730132 (±0.0071578864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 205.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z205.440205.440205.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0630.1360.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tetrahymena ribozyme

全体名称: Tetrahymena ribozyme
要素
  • 複合体: Tetrahymena ribozyme
    • RNA: RNA (388-MER)

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超分子 #1: Tetrahymena ribozyme

超分子名称: Tetrahymena ribozyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: RNA generated by in vitro transcription
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 126 KDa

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分子 #1: RNA (388-MER)

分子名称: RNA (388-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 125.402945 KDa
配列文字列: GGAGGGAAAA GUUAUCAGGC AUGCACCUGG UAGCUAGUCU UUAAACCAAU AGAUUGCAUC GGUUUAAAAG GCAAGACCGU CAAAUUGCG GGAAAGGGGU CAACAGCCGU UCAGUACCAA GUCUCAGGGG AAACUUUGAG AUGGCCUUGC AAAGGGUAUG G UAAUAAGC ...文字列:
GGAGGGAAAA GUUAUCAGGC AUGCACCUGG UAGCUAGUCU UUAAACCAAU AGAUUGCAUC GGUUUAAAAG GCAAGACCGU CAAAUUGCG GGAAAGGGGU CAACAGCCGU UCAGUACCAA GUCUCAGGGG AAACUUUGAG AUGGCCUUGC AAAGGGUAUG G UAAUAAGC UGACGGACAU GGUCCUAACC ACGCAGCCAA GUCCUAAGUC AACAGAUCUU CUGUUGAUAU GGAUGCAGUU CA CAGACUA AAUGUCGGUC GGGGAAGAUG UAUUCUUCUC AUAAGAUAUA GUCGGACCUC UCCUUAAUGG GAGCUAGCGG AUG AAGUGA UGCAACACUG GAGCCGCUGG GAACUAAUUU GUAUGCGAAA GUAUAUUGAU UAGUUUUGGA GU

GENBANK: GENBANK: X54512.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74621
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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