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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21694 | ||||||||||||
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タイトル | Anthrax octamer prechannel bound to full-length lethal factor | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | translocase / anthrax toxin / protective antigen / lethal factor / octamer | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anthrax lethal factor endopeptidase / positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / : / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity ...anthrax lethal factor endopeptidase / positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / : / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bacillus anthracis (炭疽菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhou K / Hardenbrook NJ | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Atomic Structures of Anthrax Prechannel Bound with Full-Length Lethal and Edema Factors. 著者: Kang Zhou / Shiheng Liu / Nathan J Hardenbrook / Yanxiang Cui / Bryan A Krantz / Z Hong Zhou / 要旨: Pathogenesis of anthrax disease involves two cytotoxic enzymes-edema factor (EF) and lethal factor (LF)-which are individually recruited by the protective antigen heptamer (PA) or octamer (PA) ...Pathogenesis of anthrax disease involves two cytotoxic enzymes-edema factor (EF) and lethal factor (LF)-which are individually recruited by the protective antigen heptamer (PA) or octamer (PA) prechannel and subsequently translocated across channels formed on the endosomal membrane upon exposure to low pH. Here, we report the atomic structures of PA prechannel-bound full-length EF and LF. In this pretranslocation state, the N-terminal segment of both factors refolds into an α helix engaged in the α clamp of the prechannel. Recruitment to the PA prechannel exposes an originally buried β strand of both toxins and enables domain organization of EF. Many interactions occur on domain interfaces in both PA prechannel-bound EF and LF, leading to toxin compaction prior to translocation. Our results provide key insights into the molecular mechanisms of translocation-coupled protein unfolding and translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21694.map.gz | 95.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21694-v30.xml emd-21694.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21694.png | 249 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21694.cif.gz | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21694 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21694 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21694_validation.pdf.gz | 614.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21694_full_validation.pdf.gz | 614 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21694_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21694_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21694 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21694 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21694.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Anthrax octamer prechannel bound to full-length lethal factor
全体 | 名称: Anthrax octamer prechannel bound to full-length lethal factor |
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要素 |
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-超分子 #1: Anthrax octamer prechannel bound to full-length lethal factor
超分子 | 名称: Anthrax octamer prechannel bound to full-length lethal factor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 852 kDa/nm |
-分子 #1: Protective antigen
分子 | 名称: Protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 82.511336 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR EDPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS ...文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR EDPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS TSAGPTVPDR DNDGIPDSLE VEGYTVDVKN KRTFLSPWIS NIHEKKGLTK YKSSPEKWST ASDPYSDFEK VT GRIDGNV SPEANHPLVA AYPIVHVDME NIILSKNEDQ STQNTDSQTR TISKNTSTSR THTSEVHGNA EVHASFFDIG GSV SAGFSN SNSSTVAIDH SLSLAGERTW AETMGLNTAD TARLNANIRY VNTGTAPIYN VLPTTSLVLG KNQTLATIKA KENQ LSQIL APNNYYPSKN LAPIALNAQD DFSSTPITMN YNQFLELEKT KQLRLDTDQV YGNIATYNFE NGRVRVDTGS NWSEV LPQI QETTARIIFN GKDLNLVERR IAAVNPSDPL ETTKPDMTLK EALKIAFGFN EPNGNLQYQG KDITEFDFNF DQQTSQ NIK NQLAELNATN IYTVLDKIKL NAKMNILIRD KRFHYDRNNI AVGADESVVK EAHREVINSS TEGLLLNIDK DIRKILS GY IVEIEDTEGL KEVINDRYDM LNISSLRQDG KTFIDFKKYN DKLPLYISNP NYKVNVYAVT KENTIINPSE NGDTSTNG I KKILIFSKKG YEIG UniProtKB: Protective antigen |
-分子 #2: Protective antigen
分子 | 名称: Protective antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 82.639672 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR ENPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS ...文字列: QENRLLNESE SSSQGLLGYY FSDLNFQAPM VVTSSTTGDL SIPSSELENI PSENQYFQSA IWSGFIKVKK SDEYTFATSA DNHVTMWVD DQEVINKASN SNKIRLEKGR LYQIKIQYQR ENPTEKGLDF KLYWTDSQNK KEVISSDNLQ LPELKQKSSN S LEVLFQGS TSAGPTVPDR DNDGIPDSLE VEGYTVDVKN KRTFLSPWIS NIHEKKGLTK YKSSPEKWST ASDPYSDFEK VT GRIDKNV SPEARHPLVA AYPIVHVDME NIILSKNEDQ STQNTDSQTR TISKNTSTSR THTSEVHGNA EVHASFFDIG GSV SAGFSN SNSSTVAIDH SLSLAGERTW AETMGLNTAD TARLNANIRY VNTGTAPIYN VLPTTSLVLG KNQTLATIKA KENQ LSQIL APNNYYPSKN LAPIALNAQD DFSSTPITMN YNQFLELEKT KQLRLDTDQV YGNIATYNFE NGRVRVDTGS NWSEV LPQI QETTARIIFN GKDLNLVERR IAAVNPSKPL ETTKPDMTLK EALKIAFGFN EPNGNLQYQG KDITEFDFNF DQQTSQ NIK NQLAELNATN IYTVLDKIKL NAKMNILIRD KRFHYDRNNI AVGADESVVK EAHREVINSS TEGLLLNIDK DIRKILS GY IVEIEDTEGL KEVINDRYDM LNISSLRQDG KTFIDFKKYN DKLPLYISNP NYKVNVYAVT KENTIINPSE NGDTSTNG I KKILIFSKKG YEIG UniProtKB: Protective antigen |
-分子 #3: Lethal factor
分子 | 名称: Lethal factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus anthracis (炭疽菌) |
分子量 | 理論値: 90.356812 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: AGGHGDVGMH VKEKEKNKDE NKRKDEERNK TQEEHLKEIM KHIVKIEVKG EEAVKKEAAE KLLEKVPSDV LEMYKAIGGK IYIVDGDIT KHISLEALSE DKKKIKDIYG KDALLHEHYV YAKEGYEPVL VIQSSEDYVE NTEKALNVYY EIGKILSRDI L SKINQPYQ ...文字列: AGGHGDVGMH VKEKEKNKDE NKRKDEERNK TQEEHLKEIM KHIVKIEVKG EEAVKKEAAE KLLEKVPSDV LEMYKAIGGK IYIVDGDIT KHISLEALSE DKKKIKDIYG KDALLHEHYV YAKEGYEPVL VIQSSEDYVE NTEKALNVYY EIGKILSRDI L SKINQPYQ KFLDVLNTIK NASDSDGQDL LFTNQLKEHP TDFSVEFLEQ NSNEVQEVFA KAFAYYIEPQ HRDVLQLYAP EA FNYMDKF NEQEINLSLE ELKDQRMLSR YEKWEKIKQH YQHWSDSLSE EGRGLLKKLQ IPIEPKKDDI IHSLSQEEKE LLK RIQIDS SDFLSTEEKE FLKKLQIDIR DSLSEEEKEL LNRIQVDSSN PLSEKEKEFL KKLKLDIQPY DINQRLQDTG GLID SPSIN LDVRKQYKRD IQNIDALLHQ SIGSTLYNKI YLYENMNINN LTATLGADLV DSTDNTKINR GIFNEFKKNF KYSIS SNYM IVDINERPAL DNERLKWRIQ LSPDTRAGYL ENGKLILQRN IGLEIKDVQI IKQSEKEYIR IDAKVVPKSK IDTKIQ EAQ LNINQEWNKA LGLPKYTKLI TFNVHNRYAS NIVESAYLIL NEWKNNIQSD LIKKVTNYLV DGNGRFVFTD ITLPNIA EQ YTHQDEIYEQ VHSKGLYVPE SRSILLHGPS KGVELRNDSE GFIHEFGHAV DDYAGYLLDK NQSDLVTNSK KFIDIFKE E GSNLTSYGRT NEAEFFAEAF RLMHSTDHAE RLKVQKNAPK TFQFINDQIK FIINS UniProtKB: Lethal factor |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 16 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #5: SULFATE ION
分子 | 名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: SO4 |
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分子量 | 理論値: 96.063 Da |
Chemical component information | ChemComp-SO4: |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 62.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |