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- EMDB-21672: PI3P and calcium bound full-length TRPY1 in detergent -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21672
タイトルPI3P and calcium bound full-length TRPY1 in detergent
マップデータfinal post-processed map
試料
  • 複合体: PI3P and calcium bound full-length TRPY1 in detergent
    • タンパク質・ペプチド: Calcium channel YVC1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2R)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2S,3S,4S,5S,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl hexadecanoate
キーワードIon channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TRP channels / vacuole-mitochondrion membrane contact site / intracellular monoatomic cation homeostasis / voltage-gated monoatomic ion channel activity / fungal-type vacuole / calcium-activated cation channel activity / sodium channel activity / fungal-type vacuole membrane / calcium ion transmembrane import into cytosol / potassium channel activity ...TRP channels / vacuole-mitochondrion membrane contact site / intracellular monoatomic cation homeostasis / voltage-gated monoatomic ion channel activity / fungal-type vacuole / calcium-activated cation channel activity / sodium channel activity / fungal-type vacuole membrane / calcium ion transmembrane import into cytosol / potassium channel activity / plasma membrane => GO:0005886 / calcium ion import across plasma membrane / calcium channel activity / monoatomic ion channel activity
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium channel YVC1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ahmed T / Moiseenkova-Bell VY
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM103899 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129357 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure of the ancient TRPY1 channel from Saccharomyces cerevisiae reveals mechanisms of modulation by lipids and calcium.
著者: Tofayel Ahmed / Collin R Nisler / Edwin C Fluck / Sanket Walujkar / Marcos Sotomayor / Vera Y Moiseenkova-Bell /
要旨: Transient receptor potential (TRP) channels emerged in fungi as mechanosensitive osmoregulators. The Saccharomyces cerevisiae vacuolar TRP yeast 1 (TRPY1) is the most studied TRP channel from fungi, ...Transient receptor potential (TRP) channels emerged in fungi as mechanosensitive osmoregulators. The Saccharomyces cerevisiae vacuolar TRP yeast 1 (TRPY1) is the most studied TRP channel from fungi, but the structure and details of channel modulation remain elusive. Here, we describe the full-length cryoelectron microscopy structure of TRPY1 at 3.1 Å resolution in a closed state. The structure, despite containing an evolutionarily conserved and archetypical transmembrane domain, reveals distinctive structural folds for the cytosolic N and C termini, compared with other eukaryotic TRP channels. We identify an inhibitory phosphatidylinositol 3-phosphate (PI(3)P) lipid-binding site, along with two Ca-binding sites: a cytosolic site, implicated in channel activation and a vacuolar lumen site, implicated in inhibition. These findings, together with data from microsecond-long molecular dynamics simulations and a model of a TRPY1 open state, provide insights into the basis of TRPY1 channel modulation by lipids and Ca, and the molecular evolution of TRP channels.
履歴
登録2020年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月21日-
マップ公開2021年4月21日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0542
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0542
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6whg
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21672.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21672.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈final post-processed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0342 / ムービー #1: 0.0542
最小 - 最大-0.12458728 - 0.23366089
平均 (標準偏差)-0.00010504299 (±0.0069180364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.360271.360271.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1250.234-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21672_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map2

ファイルemd_21672_half_map_1.map
注釈Half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map1

ファイルemd_21672_half_map_2.map
注釈Half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PI3P and calcium bound full-length TRPY1 in detergent

全体名称: PI3P and calcium bound full-length TRPY1 in detergent
要素
  • 複合体: PI3P and calcium bound full-length TRPY1 in detergent
    • タンパク質・ペプチド: Calcium channel YVC1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: (2R)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2S,3S,4S,5S,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl hexadecanoate

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超分子 #1: PI3P and calcium bound full-length TRPY1 in detergent

超分子名称: PI3P and calcium bound full-length TRPY1 in detergent
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Calcium channel YVC1

分子名称: Calcium channel YVC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 78.034602 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVSANGDLHL PISNEQCMPE NNGSLGFEAP TPRQILRVTL NLKYLIDKVV PIVYDPNDIV CDHSEILSPK VVKLAYEACG GNPKDKANK RKYQSVIIFS LLKVCEWYSI LATMEVHNAK LYETRNLASQ QLCKLLIERE ETRDLQFLFM QLLLRRYVIN E NDEDQEPL ...文字列:
MVSANGDLHL PISNEQCMPE NNGSLGFEAP TPRQILRVTL NLKYLIDKVV PIVYDPNDIV CDHSEILSPK VVKLAYEACG GNPKDKANK RKYQSVIIFS LLKVCEWYSI LATMEVHNAK LYETRNLASQ QLCKLLIERE ETRDLQFLFM QLLLRRYVIN E NDEDQEPL NALELATDMH CTTVIGSSGF QRCLKWIWRG WIVQNGLDPT TFIKDDSLAE VSLISHFNPV RLKAPVYQNY LQ MIFSFLF LGLYTLVVNG KDSERVQSFD LLESIFYVFN TGFILDELTK LYYIGYAHLS FWNLFNDTTY LIITFAMGFR AMS VTPLNA KYSSEDWDKI SYRVLSCAAP FVWSRLLLYL ESQRFIGIML VILKHMMKES IVFFFLLFLI MIGFTQGFLG LDSA DGKRD ITGPILGNLT ITVLGLGSFD VFEEFAPPYA AILYYGYYFI VSVILLNILI ALYSTAYQKV IDNADDEYMA LMSQK TLRY IRAPDEDVYV SPLNLIEVFM TPIFRILPPK RAKDLSYTVM TIVYSPFLLL ISVKETREAR RIKYNRMKRL NDDANE YDT PWDLTDGYLD DDDGLFSDNR NSGMRATQLK NSRSLKLQRT AEQEDVHFKV PKKWYKNVKK CSPSFEQYDN DDTEDDA GE DKDEVKELTK KVENLTAVIT DLLEKLDIKD KKE

UniProtKB: Calcium channel YVC1

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: (2R)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2S,3S,4S,5S,6R)-2,3,4,6...

分子名称: (2R)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2S,3S,4S,5S,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: PWE
分子量理論値: 722.693 Da
Chemical component information

ChemComp-PWE:
(2R)-1-(butanoyloxy)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2S,3S,4S,5S,6R)-2,3,4,6-tetrahydroxy-5-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propan-2-yl hexadecanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was generated from the data in hand using RELION. Only RELION is used to process data throughout.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-beta-commit-b86482)
使用した粒子像数: 55593
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-beta-commit-b86482)
詳細: Only RELION is used to process data throughout.
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-beta-commit-b86482)
詳細: Only RELION is used to process data throughout.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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