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万見
- EMDB-21564: Structure of yeast RNase MRP holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21564
タイトルStructure of yeast RNase MRP holoenzyme
マップデータRNase MRP holoenzyme
試料
  • 複合体: Ribonuclease MRP
    • RNA: RNA component of RNase MRP NME1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
    • タンパク質・ペプチド: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease MRP protein subunit SNM1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease MRP protein subunit RMP1
キーワードribozyme / RNP / ribonucleoprotein / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / ribonuclease MRP activity / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / plasmid partitioning / ribonuclease P / nuclease activity ...nuclear-transcribed mRNA catabolic process, RNase MRP-dependent / intronic box C/D snoRNA processing / ribonuclease MRP activity / nucleolar ribonuclease P complex / ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / plasmid partitioning / ribonuclease P / nuclease activity / rRNA primary transcript binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / telomerase holoenzyme complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / tRNA processing / maturation of 5.8S rRNA / mRNA processing / rRNA processing / nucleolus / RNA binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 ...: / : / Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / : / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop8 / Ribonuclease P/MRP subunit Pop7, fungi / Pop1, N-terminal / POPLD domain / Ribonuclease P/MRP protein subunit Pop5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit Pop1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1, N-terminal / POPLD (NUC188) domain / Ribonucleases P/MRP protein subunit Rpp20/Pop7 / Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / RNase P subunit p30 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / DNA/RNA-binding protein Alba-like / Alba / Rof/RNase P-like / Alba-like domain superfamily / Polymerase/histidinol phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / Ribonuclease MRP protein subunit RMP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Perederina A / Li D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135598 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of catalytic ribonucleoprotein complex RNase MRP.
著者: Anna Perederina / Di Li / Hyunwook Lee / Carol Bator / Igor Berezin / Susan L Hafenstein / Andrey S Krasilnikov /
要旨: RNase MRP is an essential eukaryotic ribonucleoprotein complex involved in the maturation of rRNA and the regulation of the cell cycle. RNase MRP is related to the ribozyme-based RNase P, but it has ...RNase MRP is an essential eukaryotic ribonucleoprotein complex involved in the maturation of rRNA and the regulation of the cell cycle. RNase MRP is related to the ribozyme-based RNase P, but it has evolved to have distinct cellular roles. We report a cryo-EM structure of the S. cerevisiae RNase MRP holoenzyme solved to 3.0 Å. We describe the structure of this 450 kDa complex, interactions between its components, and the organization of its catalytic RNA. We show that some of the RNase MRP proteins shared with RNase P undergo an unexpected RNA-driven remodeling that allows them to bind to divergent RNAs. Further, we reveal how this RNA-driven protein remodeling, acting together with the introduction of new auxiliary elements, results in the functional diversification of RNase MRP and its progenitor, RNase P, and demonstrate structural underpinnings of the acquisition of new functions by catalytic RNPs.
履歴
登録2020年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月15日-
マップ公開2020年7月15日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6w6v
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21564.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21564.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNase MRP holoenzyme
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.665 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.5965668 - 3.1305418
平均 (標準偏差)-0.00000000000434 (±0.09417193)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 340.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6650.6650.665
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z340.480340.480340.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-1.5973.131-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribonuclease MRP

全体名称: Ribonuclease MRP
要素
  • 複合体: Ribonuclease MRP
    • RNA: RNA component of RNase MRP NME1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
    • タンパク質・ペプチド: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
    • タンパク質・ペプチド: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease MRP protein subunit SNM1
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease MRP protein subunit RMP1

+
超分子 #1: Ribonuclease MRP

超分子名称: Ribonuclease MRP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 450 KDa

+
分子 #1: RNA component of RNase MRP NME1

分子名称: RNA component of RNase MRP NME1 / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 108.767664 KDa
配列文字列: AAUCCAUGAC CAAAGAAUCG UCACAAAUCG AAGCUUACAA AAUGGAGUAA AAUUUUUUUU ACUCAGUAAU AUGCUUUGGG UUGAAAGUC UCCCACCAAU UCGUAUGCGG AAAACGUAAU GAGAUUUAAA AAUUUUAAAU UGUUUAAAUC AACUCAUUAA G GAGGAUGC ...文字列:
AAUCCAUGAC CAAAGAAUCG UCACAAAUCG AAGCUUACAA AAUGGAGUAA AAUUUUUUUU ACUCAGUAAU AUGCUUUGGG UUGAAAGUC UCCCACCAAU UCGUAUGCGG AAAACGUAAU GAGAUUUAAA AAUUUUAAAU UGUUUAAAUC AACUCAUUAA G GAGGAUGC CCUUGGGUAU UCUGCUUCUU GACCUGGUAC CUCUAUUGCA GGGUACUGGU GUUUUCUUCG GUACUGGAUU CC GUUUGUA UGGAAUCUAA ACCAUAGUUA UGACGAUUGC UCUUUCCCGU GCUGGAUCGA GUAACCCAAU GGAGCUUACU AUU CUUGGU CCAUGGAUUC ACCC

GENBANK: GENBANK: Z14231.1

+
分子 #2: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 100.559555 KDa
配列文字列: MSGSLSRGNG GKKVLNKNQL LKRNRIRNAR SIRAEAVAAS STKTGTPSDL SESGSKLNVD QFISSRQFEV KQLQLAMHNS KAASSTRIF QALPRKLRRR TASHNVRRIP KRMRNRALRE MRKSDQQDVL KGSSASSRKA HGLNAKQLYK ARMSIKLLRL A SKSTSMKL ...文字列:
MSGSLSRGNG GKKVLNKNQL LKRNRIRNAR SIRAEAVAAS STKTGTPSDL SESGSKLNVD QFISSRQFEV KQLQLAMHNS KAASSTRIF QALPRKLRRR TASHNVRRIP KRMRNRALRE MRKSDQQDVL KGSSASSRKA HGLNAKQLYK ARMSIKLLRL A SKSTSMKL SMPPEVTSSN CHVRQKIKTL KRMIKESSTA NPNIKLLNNR MGSYDCTGVN ELAPIPKGRV KYTKRQKHFA WL PTHIWNA KRSHMMKRWG YQMVWAPTQK CFKLTHRLGG DTCSSDGALC MDSSYIGTII VKDKSNDSEG DFLKSIIGKL TAE RANLRK YREGQVLFQG LIYSFNEENG EDSTKPLGPC DVFWVQKDTA IIRLHPSIYT QVFNILLQHK EKLTVQDCRY SLAS VTLKG AKALESLASC LRSTEYSKSF EQFKMVSMIT DHNALPQRCT FAFEAIDPRH LAAPKKLNDS QRKTVNSDDI LSLHE NYPQ DEINAVFNEL CDPESRTQSY NNQNTLKEIS ARRYKLLTAT PNSINKTTVP FKESDDPSIP LVIIRRLKTR DWIVVL PWF WLLPLWHLLN RIPRMYHIGL RQFQQIQYEN KQLYFPDDYP FTQLGYIENS FYKKEASKTK WDRKPMGKRI NFEKIKD IH NTKLPAYSGE IGDFFSSDWR FLQILRNGID YLQRNDKTLE LMDSKKTGQF NAQGVRDINC VNDVLEFCKD YEAKTKAM S LSIEENIPVA LCKNRKCQFR TPDSISVNSS SFSLTFFPRC IIAVSCTLLE RGHPKDNARI YQVPEKDLEH WLQLAKGVY RPNGRKDHDL KIPLPEVHDL IGFITSGTYH LNCGNGMGIG FIDHHAAIRQ PTRYVLIRNV GTNTYRLGEW SKISV

UniProtKB: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

+
分子 #3: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit

分子名称: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 32.933168 KDa
配列文字列: MDRTQTFIKD CLFTKCLEDP EKPFNENRFQ DTLLLLPTDG GLTSRLQRQQ RKSKLNLDNL QKVSQLESAD KQLEKRDYQR INKNSKIAL REYINNCKKN TKKCLKLAYE NKITDKEDLL HYIEEKHPTI YESLPQYVDF VPMYKELWIN YIKELLNITK N LKTFNGSL ...文字列:
MDRTQTFIKD CLFTKCLEDP EKPFNENRFQ DTLLLLPTDG GLTSRLQRQQ RKSKLNLDNL QKVSQLESAD KQLEKRDYQR INKNSKIAL REYINNCKKN TKKCLKLAYE NKITDKEDLL HYIEEKHPTI YESLPQYVDF VPMYKELWIN YIKELLNITK N LKTFNGSL ALLKLSMADY NGALLRVTKS KNKTLIGLQG IVIWDSQKFF IMIVKGNIID EIKCIPKKGT VFQFEIPISD DD DSALRYS ILGDRFKYRS VDRAGRKFKS RRCDDMLYYI QN

UniProtKB: RNases MRP/P 32.9 kDa subunit

+
分子 #4: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5

分子名称: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.60159 KDa
配列文字列:
MVRLKSRYIL FEIIFPPTDT NVEESVSKAD ILLSHHRASP ADVSIKSILQ EIRRSLSLNL GDYGSAKCNS LLQLKYFSNK TSTGIIRCH REDCDLVIMA LMLMSKIGDV DGLIVNPVKV SGTIKKIEQF AMRRNSKILN IIKCSQSSHL SDNDFIINDF K KIGRENEN ENEDD

UniProtKB: Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5

+
分子 #5: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 18.234959 KDa
配列文字列:
MINGVYYNEI SRDLDISSST QCLRFLKETV IPSLANNGNN STSIQYHGIS KNDNIKKSVN KLDKQINMAD RSLGLQQVVC IFSYGPHIQ KMLSILEIFK KGYIKNNKKI YQWNKLTSFD IKREGRNELQ EERLKVPILV TLVSDSEIID LNLHSFTKQ

UniProtKB: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

+
分子 #6: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.844284 KDa
配列文字列:
MALKKNTHNK STKRVTKHPS LKTLTHKQIH TTIFVKSTTP YVSALKRINK FLDSVHKQGS SYVAVLGMGK AVEKTLALGC HFQDQKNKK IEVYTKTIEV LDEVITEGQA DIDMESDVED DDKETQLKKR AVSGVELRIY V

UniProtKB: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

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分子 #7: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8

分子名称: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.530351 KDa
配列文字列:
MGKKTFREWQ YFKLSITSFD QDVDDAHAID QMTWRQWLNN ALKRSYGIFG EGVEYSFLHV DDKLAYIRVN HADKDTFSSS ISTYISTDE LVGSPLTVSI LQESSSLRLL EVTDDDRLWL KKVMEEEEQD CKCI

UniProtKB: Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8

+
分子 #8: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1

分子名称: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 32.270262 KDa
配列文字列: MLVDLNVPWP QNSYADKVTS QAVNNLIKTL STLHMLGYTH IAINFTVNHS EKFPNDVKLL NPIDIKRRFG ELMDRTGLKL YSRITLIID DPSKGQSLSK ISQAFDIVAA LPISEKGLTL STTNLDIDLL TFQYGSRLPT FLKHKSICSC VNRGVKLEIV Y GYALRDVQ ...文字列:
MLVDLNVPWP QNSYADKVTS QAVNNLIKTL STLHMLGYTH IAINFTVNHS EKFPNDVKLL NPIDIKRRFG ELMDRTGLKL YSRITLIID DPSKGQSLSK ISQAFDIVAA LPISEKGLTL STTNLDIDLL TFQYGSRLPT FLKHKSICSC VNRGVKLEIV Y GYALRDVQ ARRQFVSNVR SVIRSSRSRG IVIGSGAMSP LECRNILGVT SLIKNLGLPS DRCSKAMGDL ASLVLLNGRL RN KSHKQTI VTGGGSGNGD DVVNDVQGID DVQTIKVVKR SMDAEQLGHA SKRHKP

UniProtKB: Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1

+
分子 #9: Ribonuclease MRP protein subunit SNM1

分子名称: Ribonuclease MRP protein subunit SNM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.578955 KDa
配列文字列: MNKDQAEKYQ ERSLRQKYNL LHVLPTLNSR ALSGLYYKNF HNSVKRYQIM LPEQLKSGKF CSHCGCVYVP NFNASLQLTT NTEQGDSDE LGGESMEGPK KCIQVNCLNC EKSKLFEWKS EFVVPTFGQD VSPMINSTSS GKVSYAVKKP QKSKTSTGKE R SKKRKLNS ...文字列:
MNKDQAEKYQ ERSLRQKYNL LHVLPTLNSR ALSGLYYKNF HNSVKRYQIM LPEQLKSGKF CSHCGCVYVP NFNASLQLTT NTEQGDSDE LGGESMEGPK KCIQVNCLNC EKSKLFEWKS EFVVPTFGQD VSPMINSTSS GKVSYAVKKP QKSKTSTGKE R SKKRKLNS LTNLLSKRNQ EKKMEKKKSS SLSLESFMKS

UniProtKB: Ribonuclease MRP protein subunit SNM1

+
分子 #10: Ribonuclease MRP protein subunit RMP1

分子名称: Ribonuclease MRP protein subunit RMP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 23.657668 KDa
配列文字列: MDEMDNVIRS LEQEYRLILL LNHRNKNQHR AASWYGSFNE MKRNCGQIIT LFSSRRLQAK RLKDVEWVKL HRLLQRALFR QLKRWYWQF NGVIALGQFV TLGCTLVTLL ANVRALYMRL WEINETEFIR CGCLIKNLPR TKAKSVVNDV EELGEIIDED I GNNVQENE ...文字列:
MDEMDNVIRS LEQEYRLILL LNHRNKNQHR AASWYGSFNE MKRNCGQIIT LFSSRRLQAK RLKDVEWVKL HRLLQRALFR QLKRWYWQF NGVIALGQFV TLGCTLVTLL ANVRALYMRL WEINETEFIR CGCLIKNLPR TKAKSVVNDV EELGEIIDED I GNNVQENE LVITSIPKPL TENCKKKKKR KKKNKSAIDG IFG

UniProtKB: Ribonuclease MRP protein subunit RMP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 155205
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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