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- EMDB-21456: Cryo-EM structure of M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimer... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21456
タイトルCryo-EM structure of M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer
マップデータM1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer
試料
  • 複合体: M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer
    • 複合体: chimeric CH505TF SOSIP664.R6 E64K A316W
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein 120
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein 41
    • 複合体: Fab fragment of the M1214_N1 IgG
      • タンパク質・ペプチド: M1214 N1 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: M1214 N1 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCryo-EM / broadly neutralizing antibody / bNAb / Fab / human immunodeficiency virus / HIV-1 / CH505 / SOSIP / Env / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.86 Å
データ登録者Chan K-W / Kong XP
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI122953 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100151 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145655 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: VSV-Displayed HIV-1 Envelope Identifies Broadly Neutralizing Antibodies Class-Switched to IgG and IgA.
著者: Manxue Jia / Rachel A Liberatore / Yicheng Guo / Kun-Wei Chan / Ruimin Pan / Hong Lu / Eric Waltari / Eva Mittler / Kartik Chandran / Andrés Finzi / Daniel E Kaufmann / Michael S Seaman / ...著者: Manxue Jia / Rachel A Liberatore / Yicheng Guo / Kun-Wei Chan / Ruimin Pan / Hong Lu / Eric Waltari / Eva Mittler / Kartik Chandran / Andrés Finzi / Daniel E Kaufmann / Michael S Seaman / David D Ho / Lawrence Shapiro / Zizhang Sheng / Xiang-Peng Kong / Paul D Bieniasz / Xueling Wu /
要旨: The HIV-1 envelope (Env) undergoes conformational changes during infection. Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are typically isolated by using soluble Env trimers, which do not capture all Env ...The HIV-1 envelope (Env) undergoes conformational changes during infection. Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) are typically isolated by using soluble Env trimers, which do not capture all Env states. To address these limitations, we devised a vesicular stomatitis virus (VSV)-based probe to display membrane-embedded Env trimers and isolated five bNAbs from two chronically infected donors, M4008 and M1214. Donor B cell receptor (BCR) repertoires identified two bNAb lineages, M4008_N1 and M1214_N1, that class-switched to immunoglobulin G (IgG) and IgA. Variants of these bNAbs reconstituted as IgA demonstrated broadly neutralizing activity, and the IgA fraction of M1214 plasma conferred neutralization. M4008_N1 epitope mapping revealed a glycan-independent V3 epitope conferring tier 2 virus neutralization. A 4.86-Å-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of M1214_N1 complexed with CH505 SOSIP revealed another elongated epitope, the V2V5 corridor, extending from V2 to V5. Overall, the VSV probe identified bNAb lineages with neutralizing IgG and IgA members targeting distinct sites of HIV-1 Env vulnerability.
履歴
登録2020年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月25日-
マップ公開2020年5月6日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vy2
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21456.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21456.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 360 pix.
= 417.6 Å		1.16 Å/pix.
x 360 pix.
= 417.6 Å		1.16 Å/pix.
x 360 pix.
= 417.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.57060987 - 2.123938
平均 (標準偏差)-0.00079050276 (±0.042258337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 417.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z417.600417.600417.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.5712.124-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer

全体名称: M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer
要素
  • 複合体: M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer
    • 複合体: chimeric CH505TF SOSIP664.R6 E64K A316W
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein 120
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein 41
    • 複合体: Fab fragment of the M1214_N1 IgG
      • タンパク質・ペプチド: M1214 N1 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: M1214 N1 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer

超分子名称: M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: chimeric CH505TF SOSIP664.R6 E64K A316W

超分子名称: chimeric CH505TF SOSIP664.R6 E64K A316W / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: Fab fragment of the M1214_N1 IgG

超分子名称: Fab fragment of the M1214_N1 IgG / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glycoprotein 120

分子名称: Glycoprotein 120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.540402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK EAKTTLFCAS DAKAYEKKVH NVWATHACVP TDPNPQEMVL KNVTENFNM WKNDMVDQMH EDVISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTNAT ASNSSIIEGM KNCSFNITTE LRDKREKKNA L FYKLDIVQ ...文字列:
MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK EAKTTLFCAS DAKAYEKKVH NVWATHACVP TDPNPQEMVL KNVTENFNM WKNDMVDQMH EDVISLWDQS LKPCVKLTPL CVTLNCTNAT ASNSSIIEGM KNCSFNITTE LRDKREKKNA L FYKLDIVQ LDGNSSQYRL INCNTSVITQ ACPKVSFDPI PIHYCAPAGY AILKCNNKTF TGTGPCNNVS TVQCTHGIKP VV STQLLLN GSLAEGEIII RSENITNNVK TIIVHLNESV KIECTRPNNK TRTSIRIGPG QWFYATGQVI GDIREAYCNI NES KWNETL QRVSKKLKEY FPHKNITFQP SSGGDLEITT HSFNCGGEFF YCNTSSLFNR TYMANSTDMA NSTETNSTRT ITIH CRIKQ IINMWQEVGR AMYAPPIAGN ITCISNITGL LLTRDGGKNN TETFRPGGGN MKDNWRSELY KYKVVKIEPL GVAPT RCKR RVV

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Glycoprotein 41

分子名称: Glycoprotein 41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 18.146699 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GRRRRRRAVG IGAVFLGFLG AAGSTMGAAS MTLTVQARNL LSGIVQQQSN LLRAPEAQQH LLKLTVWGIK QLQARVLAVE RYLRDQQLL GIWGCSGKLI CCTNVPWNSS WSNRNLSEIW DNMTWLQWDK EISNYTQIIY GLLEESQNQQ EKNEQDLLAL D

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: M1214 N1 Fab heavy chain

分子名称: M1214 N1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.210143 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DRLFQSGGGV SRPGGSLRVN CGASGFTVRT HYMYWLRQSP GKGLEWVAFM NSGGSVSYVD SVRGRFSVSR DNPANAMVLQ MDALKIEDT GTYYCARELR EAWYGDLRDY SGLDVWGRGT IVSISSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
DRLFQSGGGV SRPGGSLRVN CGASGFTVRT HYMYWLRQSP GKGLEWVAFM NSGGSVSYVD SVRGRFSVSR DNPANAMVLQ MDALKIEDT GTYYCARELR EAWYGDLRDY SGLDVWGRGT IVSISSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPK

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分子 #4: M1214 N1 Fab light chain

分子名称: M1214 N1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.87642 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALAQPPSV SGSPGQSVTI TCTGINDYGA AYKFVSWYQQ HPGKEPRLIM KNVKDRWSVT PNRFSGSTSG NTASLTISNL QSDDEAQYF CAVYAGGFTF PRLGGGTKLS VLSQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT ...文字列:
QSALAQPPSV SGSPGQSVTI TCTGINDYGA AYKFVSWYQQ HPGKEPRLIM KNVKDRWSVT PNRFSGSTSG NTASLTISNL QSDDEAQYF CAVYAGGFTF PRLGGGTKLS VLSQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT PSKQSNNKYA ASSYLSLTPE QWKSHRSYSC QVTHEGSTVE KTVAPT

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 24 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 209276
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2) / 使用した粒子像数: 94839
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6uda

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6uda

chain_id: Z, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6vy2:
Cryo-EM structure of M1214_N1 Fab in complex with CH505 TF chimeric SOSIP.664 Env trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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