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万見
- EMDB-21426: Single Particle Cryo-EM Structure of the Natively Isolated Sec61 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21426
タイトルSingle Particle Cryo-EM Structure of the Natively Isolated Sec61 complex, TMCO1, Nicalin, TMEM147, and CCDC47 Containing Translocon
マップデータ
試料
  • 複合体: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon containing the Sec61 complex, TMEM147, NOMO, Nicalin, CCDC47, and TMCO1
    • 複合体: Translocon
      • 複合体: Sec61 Complex
        • 複合体: Sec61 alpha
        • 複合体: Sec61 beta
        • 複合体: Sec61 gamma
      • 複合体: TMCO1
      • 複合体: NOMO-Nicalin-TMEM147 Complex
        • 複合体: TMEM147
        • 複合体: Nicalin
        • 複合体: NOMO
      • 複合体: CCDC47
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者McGilvray PT / Anghel SA / Sundaram A / Trnka MJ / Zhong F / Hu H / Burlingame AL / Keenan RJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM130051-01 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: An ER translocon for multi-pass membrane protein biogenesis.
著者: Philip T McGilvray / S Andrei Anghel / Arunkumar Sundaram / Frank Zhong / Michael J Trnka / James R Fuller / Hong Hu / Alma L Burlingame / Robert J Keenan /
要旨: Membrane proteins with multiple transmembrane domains play critical roles in cell physiology, but little is known about the machinery coordinating their biogenesis at the endoplasmic reticulum. Here ...Membrane proteins with multiple transmembrane domains play critical roles in cell physiology, but little is known about the machinery coordinating their biogenesis at the endoplasmic reticulum. Here we describe a ~ 360 kDa ribosome-associated complex comprising the core Sec61 channel and five accessory factors: TMCO1, CCDC47 and the Nicalin-TMEM147-NOMO complex. Cryo-electron microscopy reveals a large assembly at the ribosome exit tunnel organized around a central membrane cavity. Similar to protein-conducting channels that facilitate movement of transmembrane segments, cytosolic and luminal funnels in TMCO1 and TMEM147, respectively, suggest routes into the central membrane cavity. High-throughput mRNA sequencing shows selective translocon engagement with hundreds of different multi-pass membrane proteins. Consistent with a role in multi-pass membrane protein biogenesis, cells lacking different accessory components show reduced levels of one such client, the glutamate transporter EAAT1. These results identify a new human translocon and provide a molecular framework for understanding its role in multi-pass membrane protein biogenesis.
履歴
登録2020年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月25日-
マップ公開2020年9月2日-
更新2020年9月2日-
現状2020年9月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0095
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0095
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21426.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21426.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0095 / ムービー #1: 0.0095
最小 - 最大-0.021484276 - 0.05110217
平均 (標準偏差)-0.00002623170 (±0.0009071877)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00500
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 680.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z680.000680.000680.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00500
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-0.0210.051-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21426_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_21426_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_21426_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native complex of a translating ribosome and a novel translocon c...

全体名称: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon containing the Sec61 complex, TMEM147, NOMO, Nicalin, CCDC47, and TMCO1
要素
  • 複合体: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon containing the Sec61 complex, TMEM147, NOMO, Nicalin, CCDC47, and TMCO1
    • 複合体: Translocon
      • 複合体: Sec61 Complex
        • 複合体: Sec61 alpha
        • 複合体: Sec61 beta
        • 複合体: Sec61 gamma
      • 複合体: TMCO1
      • 複合体: NOMO-Nicalin-TMEM147 Complex
        • 複合体: TMEM147
        • 複合体: Nicalin
        • 複合体: NOMO
      • 複合体: CCDC47

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超分子 #1: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon c...

超分子名称: Native complex of a translating ribosome and a novel translocon containing the Sec61 complex, TMEM147, NOMO, Nicalin, CCDC47, and TMCO1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum
分子量理論値: 140 KDa

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超分子 #2: Translocon

超分子名称: Translocon / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1

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超分子 #3: Sec61 Complex

超分子名称: Sec61 Complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 詳細: Sec61alpha, beta, and gamma
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #4: TMCO1

超分子名称: TMCO1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #5: NOMO-Nicalin-TMEM147 Complex

超分子名称: NOMO-Nicalin-TMEM147 Complex / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #6: CCDC47

超分子名称: CCDC47 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #7: Sec61 alpha

超分子名称: Sec61 alpha / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #8: Sec61 beta

超分子名称: Sec61 beta / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #9: Sec61 gamma

超分子名称: Sec61 gamma / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #10: TMEM147

超分子名称: TMEM147 / タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #11: Nicalin

超分子名称: Nicalin / タイプ: complex / ID: 11 / 親要素: 5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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超分子 #12: NOMO

超分子名称: NOMO / タイプ: complex / ID: 12 / 親要素: 5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Endoplasmic Reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic Reticulum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMC2H3KO2potassium acetate
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES, pH 7.4
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.25 percent (w/v)C56H92O29digitonin
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Two filter papers were added to each arm, 2.5 microliters of sample were added to grids, samples were blotted for 11 seconds, and 0.5 second of drain time was allowed before vitrification..
詳細Sample was well-dispersed on a thin (~2 nm) carbon film.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5562 / 平均露光時間: 3.8 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1049128
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 0.5)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5592


詳細: EMD-5592, 60S ribosome low pass-filtered to 50 Angstrom resolution
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 82684
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 9 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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