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- EMDB-21301: Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21301
タイトルCryo-EM structure of HTLV-1 instasome
マップデータIntasome
試料
  • 複合体: HTLV1 intasome
    • タンパク質・ペプチド: DNA-binding protein 7d
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
    • DNA: DNA (25-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードIntegrase / Intasome / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated ...protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Platelet sensitization by LDL / CTLA4 inhibitory signaling / protein phosphatase activator activity / chromosome, centromeric region / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RNA endonuclease activity / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / DNA integration / RNA stem-loop binding / Negative regulation of MAPK pathway / Separation of Sister Chromatids / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Regulation of TP53 Degradation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA recombination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / signal transduction / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Integrase Zinc binding domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral ...Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Integrase Zinc binding domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Pol protein / DNA-binding protein 7d / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Bhatt V / Shi K / Sundborger A / Aihara H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis of host protein hijacking in human T-cell leukemia virus integration.
著者: Veer Bhatt / Ke Shi / Daniel J Salamango / Nicholas H Moeller / Krishan K Pandey / Sibes Bera / Heather O Bohl / Fredy Kurniawan / Kayo Orellana / Wei Zhang / Duane P Grandgenett / Reuben S ...著者: Veer Bhatt / Ke Shi / Daniel J Salamango / Nicholas H Moeller / Krishan K Pandey / Sibes Bera / Heather O Bohl / Fredy Kurniawan / Kayo Orellana / Wei Zhang / Duane P Grandgenett / Reuben S Harris / Anna C Sundborger-Lunna / Hideki Aihara /
要旨: Integration of the reverse-transcribed viral DNA into host chromosomes is a critical step in the life-cycle of retroviruses, including an oncogenic delta(δ)-retrovirus human T-cell leukemia virus ...Integration of the reverse-transcribed viral DNA into host chromosomes is a critical step in the life-cycle of retroviruses, including an oncogenic delta(δ)-retrovirus human T-cell leukemia virus type-1 (HTLV-1). Retroviral integrase forms a higher order nucleoprotein assembly (intasome) to catalyze the integration reaction, in which the roles of host factors remain poorly understood. Here, we use cryo-electron microscopy to visualize the HTLV-1 intasome at 3.7-Å resolution. The structure together with functional analyses reveal that the B56γ (B'γ) subunit of an essential host enzyme, protein phosphatase 2 A (PP2A), is repurposed as an integral component of the intasome to mediate HTLV-1 integration. Our studies reveal a key host-virus interaction underlying the replication of an important human pathogen and highlight divergent integration strategies of retroviruses.
履歴
登録2020年2月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月18日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00782
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00782
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6voy
  • 表面レベル: 0.00782
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21301.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21301.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Intasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 264 pix.
= 235.831 Å		0.89 Å/pix.
x 264 pix.
= 235.831 Å		0.89 Å/pix.
x 264 pix.
= 235.831 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8933 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00782 / ムービー #1: 0.00782
最小 - 最大-0.03814228 - 0.06626419
平均 (標準偏差)0.0000066219186 (±0.0024679683)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 235.83119 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.893299242424240.893299242424240.89329924242424
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z235.831235.831235.831
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.0380.0660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HTLV1 intasome

全体名称: HTLV1 intasome
要素
  • 複合体: HTLV1 intasome
    • タンパク質・ペプチド: DNA-binding protein 7d
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
    • DNA: DNA (25-MER)
    • DNA: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: HTLV1 intasome

超分子名称: HTLV1 intasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)

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分子 #1: DNA-binding protein 7d

分子名称: DNA-binding protein 7d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
分子量理論値: 43.65268 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVARVGKMI SFTYDEGGGK TGEGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGSLE VLFQGPSPAE LHSFTHCGQT ALTLQGATTT EASNILRSCH ACRKNNPQHQ MPRGHIRRGL LPNHIWQGDI T HFKYKNTL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVARVGKMI SFTYDEGGGK TGEGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGSLE VLFQGPSPAE LHSFTHCGQT ALTLQGATTT EASNILRSCH ACRKNNPQHQ MPRGHIRRGL LPNHIWQGDI T HFKYKNTL YRLHVWVDTF SGAISATQKR KETSSEAISS LLQAIAYLGK PSYINTDNGP AYISQDFLNM CTSLAIRHTT HV PYNPTSS GLVQRSNGIL KTLLYKYFTD KPDLPMDNAL SIALWTINHL NVLTNCHKTR WQLHHSPRLQ PIPETRSLSN KQT HWYYFK LPGLNSRQWK GPQEALQEAA GAALIPVSAS SAQWIPWRLL KRAACPRPVG GPADPKEKDH QHHG

UniProtKB: DNA-binding protein 7d, Pol protein

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分子 #2: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.357789 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: IRDVPPADQE KLFIQKLRQC CVLFDFVSDP LSDLKWKEVK RAALSEMVEY ITHNRNVITE PIYPEVVHMF AVNMFRTLPP SSNPTGAEF DPEEDEPTLE AAWPHLQLVY EFFLRFLESP DFQPNIAKKY IDQKFVLQLL ELFDSEDPRE RDFLKTTLHR I YGKFLGLR ...文字列:
IRDVPPADQE KLFIQKLRQC CVLFDFVSDP LSDLKWKEVK RAALSEMVEY ITHNRNVITE PIYPEVVHMF AVNMFRTLPP SSNPTGAEF DPEEDEPTLE AAWPHLQLVY EFFLRFLESP DFQPNIAKKY IDQKFVLQLL ELFDSEDPRE RDFLKTTLHR I YGKFLGLR AYIRKQINNI FYRFIYETEH HNGIAELLEI LGSIINGFAL PLKEEHKIFL LKVLLPLHKV KSLSVYHPQL AY CVVQFLE KDSTLTEPVV MALLKYWPKT HSPKEVMFLN ELEEILDVIE PSEFVKIMEP LFRQLAKCVS SPHFQVAERA LYY WNNEYI MSLISDNAAK ILPIMFP

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

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分子 #3: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.074711 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)

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分子 #4: DNA (25-MER)

分子名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
分子量理論値: 7.614918 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)

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分子 #5: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)-3')
タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス)
分子量理論値: 6.199017 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DT) (DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 30434
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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