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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21234 | |||||||||
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タイトル | Full length Glycine receptor reconstituted in lipid nanodisc in Gly/IVM-conformation (State-1) | |||||||||
マップデータ | Refine3D Map generated during 3D autorefinement in Relion3.1 beta | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ions Ligands Receptors / Glycine receptor Recombinant Proteins Glycine / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / chloride channel complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / transmitter-gated monoatomic ion channel activity / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / regulation of neuron differentiation / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / cellular response to amino acid stimulus / central nervous system development / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron projection / synapse / dendrite / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumar A / Basak S / Chakrapani S | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Glycine receptor mechanism elucidated by electron cryo-microscopy. 著者: Juan Du / Wei Lü / Shenping Wu / Yifan Cheng / Eric Gouaux / 要旨: The strychnine-sensitive glycine receptor (GlyR) mediates inhibitory synaptic transmission in the spinal cord and brainstem and is linked to neurological disorders, including autism and hyperekplexia. ...The strychnine-sensitive glycine receptor (GlyR) mediates inhibitory synaptic transmission in the spinal cord and brainstem and is linked to neurological disorders, including autism and hyperekplexia. Understanding of molecular mechanisms and pharmacology of glycine receptors has been hindered by a lack of high-resolution structures. Here we report electron cryo-microscopy structures of the zebrafish α1 GlyR with strychnine, glycine, or glycine and ivermectin (glycine/ivermectin). Strychnine arrests the receptor in an antagonist-bound closed ion channel state, glycine stabilizes the receptor in an agonist-bound open channel state, and the glycine/ivermectin complex adopts a potentially desensitized or partially open state. Relative to the glycine-bound state, strychnine expands the agonist-binding pocket via outward movement of the C loop, promotes rearrangement of the extracellular and transmembrane domain 'wrist' interface, and leads to rotation of the transmembrane domain towards the pore axis, occluding the ion conduction pathway. These structures illuminate the GlyR mechanism and define a rubric to interpret structures of Cys-loop receptors. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21234.map.gz | 80.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21234-v30.xml emd-21234.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21234_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21234.png | 77.8 KB | ||
マスクデータ | emd_21234_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-21234.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_21234_additional_1.map.gz emd_21234_additional_2.map.gz emd_21234_half_map_1.map.gz emd_21234_half_map_2.map.gz | 952.2 KB 7.5 MB 80.7 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21234 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21234 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21234_validation.pdf.gz | 890.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21234_full_validation.pdf.gz | 890.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21234_validation.xml.gz | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21234_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21234 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21234 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21234.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Refine3D Map generated during 3D autorefinement in Relion3.1 beta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21234_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map generated using chimera zoning around 2A with...
ファイル | emd_21234_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map generated using chimera zoning around 2A with entire model selected | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Postprocessmap generated using relion-postprocess masking out nanodisc belt...
ファイル | emd_21234_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Postprocessmap generated using relion-postprocess masking out nanodisc belt | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered maps reconstructed independently each using half of...
ファイル | emd_21234_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered maps reconstructed independently each using half of the experimental data | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered maps reconstructed independently each using half of...
ファイル | emd_21234_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered maps reconstructed independently each using half of the experimental data | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Glycine receptor subunit alpha Z1
全体 | 名称: Glycine receptor subunit alpha Z1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Glycine receptor subunit alpha Z1
超分子 | 名称: Glycine receptor subunit alpha Z1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 250 kDa/nm |
-分子 #1: Glycine receptor subunit alphaZ1
分子 | 名称: Glycine receptor subunit alphaZ1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 50.821711 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN ...文字列: MFALGIYLWE TIVFFSLAAS QQAAARKAAS PMPPSEFLDK LMGKVSGYDA RIRPNFKGPP VNVTCNIFIN SFGSIAETTM DYRVNIFLR QQWNDPRLAY SEYPDDSLDL DPSMLDSIWK PDLFFANEKG ANFHEVTTDN KLLRISKNGN VLYSIRITLV L ACPMDLKN FPMDVQTCIM QLESFGYTMN DLIFEWDEKG AVQVADGLTL PQFILKEEKD LRYCTKHYNT GKFTCIEARF HL ERQMGYY LIQMYIPSLL IVILSWVSFW INMDAAPARV GLGITTVLTM TTQSSGSRAS LPKVSYVKAI DIWMAVCLLF VFS ALLEYA AVNFIARQHK ELLRFQRRRR HLKEDEAGDG RFSFAAYGMG PACLQAKDGM AIKGNNNNAP TSTNPPEKTV EEMR KLFIS RAKRIDTVSR VAFPLVFLIF NIFYWITYKI IRSEDIHKQ UniProtKB: Glycine receptor subunit alphaZ1 |
-分子 #3: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...
分子 | 名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: PIO |
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分子量 | 理論値: 746.566 Da |
Chemical component information | ChemComp-PIO: |
-分子 #4: GLYCINE
分子 | 名称: GLYCINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: GLY |
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分子量 | 理論値: 75.067 Da |
Chemical component information | ChemComp-GLY: |
-分子 #5: (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)...
分子 | 名称: (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H- ...名称: (2aE,4E,5'S,6S,6'R,7S,8E,11R,13R,15S,17aR,20R,20aR,20bS)-6'-[(2S)-butan-2-yl]-20,20b-dihydroxy-5',6,8,19-tetramethyl-17 -oxo-3',4',5',6,6',10,11,14,15,17,17a,20,20a,20b-tetradecahydro-2H,7H-spiro[11,15-methanofuro[4,3,2-pq][2,6]benzodioxacy clooctadecine-13,2'-pyran]-7-yl 2,6-dideoxy-4-O-(2,6-dideoxy-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranosyl)-3-O-methyl-alpha-L-arabino-hexopyranoside タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: IVM |
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分子量 | 理論値: 875.093 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3.5 ul of 0.1 mg/ml protein solution was applied on a grid in the Vitrobot MkIV chamber set to 100% RH at 4 degC for 30s and then blotted for 2 s and plunged. | |||||||||
詳細 | Full length Zebrafish GlyR alpha1 homopentamer reconsituted in Nanodisc |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 9700 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |