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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21108 | |||||||||
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タイトル | Structure of DNA Polymerase Zeta (Apo) | |||||||||
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![]() | DNA REPLICATION / DNA REPAIR / TRANSLESION DNA SYNTHESIS / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() delta DNA polymerase complex / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, removal of RNA primer / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI ...delta DNA polymerase complex / DNA amplification / zeta DNA polymerase complex / RNA-templated DNA biosynthetic process / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / DNA replication, removal of RNA primer / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / lagging strand elongation / double-strand break repair via break-induced replication / postreplication repair / DNA metabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / error-prone translesion synthesis / mismatch repair / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin / mitochondrion / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
![]() | Malik R / Gomez-Llorente Y / Ubarretxena-Belandia I / Aggarwal AK | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of B-family DNA polymerase ζ specialized for translesion DNA synthesis. 著者: Radhika Malik / Mykhailo Kopylov / Yacob Gomez-Llorente / Rinku Jain / Robert E Johnson / Louise Prakash / Satya Prakash / Iban Ubarretxena-Belandia / Aneel K Aggarwal / ![]() ![]() 要旨: DNA polymerase ζ (Polζ) belongs to the same B-family as high-fidelity replicative polymerases, yet is specialized for the extension reaction in translesion DNA synthesis (TLS). Despite its ...DNA polymerase ζ (Polζ) belongs to the same B-family as high-fidelity replicative polymerases, yet is specialized for the extension reaction in translesion DNA synthesis (TLS). Despite its importance in TLS, the structure of Polζ is unknown. We present cryo-EM structures of the Saccharomyces cerevisiae Polζ holoenzyme in the act of DNA synthesis (3.1 Å) and without DNA (4.1 Å). Polζ displays a pentameric ring-like architecture, with catalytic Rev3, accessory Pol31' Pol32 and two Rev7 subunits forming an uninterrupted daisy chain of protein-protein interactions. We also uncover the features that impose high fidelity during the nucleotide-incorporation step and those that accommodate mismatches and lesions during the extension reaction. Collectively, we decrypt the molecular underpinnings of Polζ's role in TLS and provide a framework for new cancer therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 40.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 107.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 495.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.10001 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Apo
全体 | 名称: Apo |
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要素 |
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-超分子 #1: Apo
超分子 | 名称: Apo / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: DNA polymerase zeta catalytic subunit
分子 | 名称: DNA polymerase zeta catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 177.068516 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKG DHNHRHKHGD PLEVLFQGPG GDPHMSRESN DTIQSDTVRS SSKSDYFRIQ LNNQDYYMSK PTFLDPSHGE SLPLNQFSQ VPNIRVFGAL PTGHQVLCHV HGILPYMFIK YDGQITDTST LRHQRCAQVH KTLEVKIRAS FKRKKDDKHD L AGDKLGNL ...文字列: MDYKDDDDKG DHNHRHKHGD PLEVLFQGPG GDPHMSRESN DTIQSDTVRS SSKSDYFRIQ LNNQDYYMSK PTFLDPSHGE SLPLNQFSQ VPNIRVFGAL PTGHQVLCHV HGILPYMFIK YDGQITDTST LRHQRCAQVH KTLEVKIRAS FKRKKDDKHD L AGDKLGNL NFVADVSVVK GIPFYGYHVG WNLFYKISLL NPSCLSRISE LIRDGKIFGK KFEIYESHIP YLLQWTADFN LF GCSWINV DRCYFRSPVL NSILDIDKLT INDDLQLLLD RFCDFKCNVL SRRDFPRVGN GLIEIDILPQ FIKNREKLQH RDI HHDFLE KLGDISDIPV KPYVSSARDM INELTMQREE LSLKEYKEPP ETKRHVSGHQ WQSSGEFEAF YKKAQHKTST FDGQ IPNFE NFIDKNQKFS AINTPYEALP QLWPRLPQIE INNNSMQDKK NDDQVNASFT EYEICGVDNE NEGVKGSNIK SRSYS WLPE SIASPKDSTI LLDHQTKYHN TINFSMDCAM TQNMASKRKL RSSVSANKTS LLSRKRKKVM AAGLRYGKRA FVYGEP PFG YQDILNKLED EGFPKIDYKD PFFSNPVDLE NKPYAYAGKR FEISSTHVST RIPVQFGGET VSVYNKPTFD MFSSWKY AL KPPTYDAVQK WYNKVPSMGN KKTESQISMH TPHSKFLYKF ASDVSGKQKR KKSSVHDSLT HLTLEIHANT RSDKIPDP A IDEVSMIIWC LEEETFPLDL DIAYEGIMIV HKASEDSTFP TKIQHCINEI PVMFYESEFE MFEALTDLVL LLDPDILSG FEIHNFSWGY IIERCQKIHQ FDIVRELARV KCQIKTKLSD TWGYAHSSGI MITGRHMINI WRALRSDVNL TQYTIESAAF NILHKRLPH FSFESLTNMW NAKKSTTELK TVLNYWLSRA QINIQLLRKQ DYIARNIEQA RLIGIDFHSV YYRGSQFKVE S FLIRICKS ESFILLSPGK KDVRKQKALE CVPLVMEPES AFYKSPLIVL DFQSLYPSIM IGYNYCYSTM IGRVREINLT EN NLGVSKF SLPRNILALL KNDVTIAPNG VVYAKTSVRK STLSKMLTDI LDVRVMIKKT MNEIGDDNTT LKRLLNNKQL ALK LLANVT YGYTSASFSG RMPCSDLADS IVQTGRETLE KAIDIIEKDE TWNAKVVYGD TDSLFVYLPG KTAIEAFSIG HAMA ERVTQ NNPKPIFLKF EKVYHPSILI SKKRYVGFSY ESPSQTLPIF DAKGIETVRR DGIPAQQKII EKCIRLLFQT KDLSK IKKY LQNEFFKIQI GKVSAQDFCF AKEVKLGAYK SEKTAPAGAV VVKRRINEDH RAEPQYKERI PYLVVKGKQG QLLRER CVS PEEFLEGENL ELDSEYYINK ILIPPLDRLF NLIGINVGNW AQEIVKSKRA STTTTKVENI TRVGTSATCC NCGEELT KI CSLQLCDDCL EKRSTTTLSF LIKKLKRQKE YQTLKTVCRT CSYRYTSDAG IENDHIASKC NSYDCPVFYS RVKAERYL R DNQSVQREEA LISLNDW UniProtKB: DNA polymerase zeta catalytic subunit |
-分子 #2: DNA polymerase zeta processivity subunit
分子 | 名称: DNA polymerase zeta processivity subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 28.791654 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNRWVEKWLR VYLKCYINLI LFYRNVYPPQ SFDYTTYQSF NLPQFVPINR HPALIDYIEE LILDVLSKLT HVYRFSICII NKKNDLCIE KYVLDFSELQ HVDKDDQIIT ETEVFDEFRS SLNSLIMHLE KLPKVNDDTI TFEAVINAIE LELGHKLDRN R RVDSLEEK ...文字列: MNRWVEKWLR VYLKCYINLI LFYRNVYPPQ SFDYTTYQSF NLPQFVPINR HPALIDYIEE LILDVLSKLT HVYRFSICII NKKNDLCIE KYVLDFSELQ HVDKDDQIIT ETEVFDEFRS SLNSLIMHLE KLPKVNDDTI TFEAVINAIE LELGHKLDRN R RVDSLEEK AEIERDSNWV KCQEDENLPD NNGFQPPKIK LTSLVGSDVG PLIIHQFSEK LISGDDKILN GVYSQYEEGE SI FGSLF UniProtKB: DNA polymerase zeta processivity subunit |
-分子 #3: DNA polymerase delta small subunit
分子 | 名称: DNA polymerase delta small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 55.987352 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPGGDLHMDA LLTKFNEDRS LQDENLSQPR TRVRIVDDNL YNKSNPFQLC YKKRDYGSQY YHIYQYRLKT FRERVLKECD KRWDAGFTL NGQLVLKKDK VLDIQGNQPC WCVGSIYCEM KYKPNVLDEV INDTYGAPDL TKSYTDKEGG SDEIMLEDES G RVLLVGDF ...文字列: GPGGDLHMDA LLTKFNEDRS LQDENLSQPR TRVRIVDDNL YNKSNPFQLC YKKRDYGSQY YHIYQYRLKT FRERVLKECD KRWDAGFTL NGQLVLKKDK VLDIQGNQPC WCVGSIYCEM KYKPNVLDEV INDTYGAPDL TKSYTDKEGG SDEIMLEDES G RVLLVGDF IRSTPFITGV VVGILGMEAE AGTFQVLDIC YPTPLPQNPF PAPIATCPTR GKIALVSGLN LNNTSPDRLL RL EILREFL MGRINNKIDD ISLIGRLLIC GNSVDFDIKS VNKDELMISL TEFSKFLHNI LPSISVDIMP GTNDPSDKSL PQQ PFHKSL FDKSLESYFN GSNKEILNLV TNPYEFSYNG VDVLAVSGKN INDICKYVIP SNDNGESENK VEEGESNDFK DDIE HRLDL MECTMKWQNI APTAPDTLWC YPYTDKDPFV LDKWPHVYIV ANQPYFGTRV VEIGGKNIKI ISVPEFSSTG MIILL DLET LEAETVKIDI UniProtKB: DNA polymerase delta small subunit |
-分子 #4: DNA polymerase delta subunit 3
分子 | 名称: DNA polymerase delta subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 40.377715 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL ...文字列: MDQKASYFIN EKLFTEVKPV LFTDLIHHLK IGPSMAKKLM FDYYKQTTNA KYNCVVICCY KDQTIKIIHD LSNIPQQDSI IDCFIYAFN PMDSFIPYYD IIDQKDCLTI KNSYELKVSE SSKIIERTKT LEEKSKPLVR PTARSKTTPE ETTGRKSKSK D MGLRSTAL LAKMKKDRDD KETSRQNELR KRKEENLQKI NKQNPEREAQ MKELNNLFVE DDLDTEEVNG GSKPNSPKET DS NDKDKNN DDLEDLLETT AEDSLMDVPK IQQTKPSETE HSKEPKSEEE PSSFIDEDGY IVTKRPATST PPRKPSPVVK RAL SSSKKQ ETPSSNKRLK KQGTLESFFK RKAK UniProtKB: DNA polymerase delta subunit 3 |
-分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER
分子 | 名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4 |
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分子量 | 理論値: 351.64 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-FS1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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糖包埋 | 材質: vitreous ice |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 9758 / 平均電子線量: 87.62 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 311800 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |