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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21101 | |||||||||
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タイトル | Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers | |||||||||
マップデータ | Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kendall AK / Jackson LP | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Mammalian Retromer Is an Adaptable Scaffold for Cargo Sorting from Endosomes. 著者: Amy K Kendall / Boyang Xie / Peng Xu / Jue Wang / Rodger Burcham / Meredith N Frazier / Elad Binshtein / Hui Wei / Todd R Graham / Terunaga Nakagawa / Lauren P Jackson / 要旨: Metazoan retromer (VPS26/VPS35/VPS29) associates with sorting nexins on endosomal tubules to sort proteins to the trans-Golgi network or plasma membrane. Mechanisms of metazoan retromer assembly ...Metazoan retromer (VPS26/VPS35/VPS29) associates with sorting nexins on endosomal tubules to sort proteins to the trans-Golgi network or plasma membrane. Mechanisms of metazoan retromer assembly remain undefined. We combine single-particle cryoelectron microscopy with biophysical methods to uncover multiple oligomer structures. 2D class averages reveal mammalian heterotrimers; dimers of trimers; tetramers of trimers; and flat chains. These species are further supported by biophysical solution studies. We provide reconstructions of all species, including key sub-structures (∼5 Å resolution). Local resolution variation suggests that heterotrimers and dimers adopt multiple conformations. Our structures identify a flexible, highly conserved electrostatic dimeric interface formed by VPS35 subunits. We generate structure-based mutants to disrupt this interface in vitro. Equivalent mutations in yeast demonstrate a mild cargo-sorting defect. Our data suggest the metazoan retromer is an adaptable and plastic scaffold that accommodates interactions with different sorting nexins to sort multiple cargoes from endosomes their final destinations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21101.map.gz | 8.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21101-v30.xml emd-21101.xml | 8.1 KB 8.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21101_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21101.png | 107 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21101 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21101_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21101_full_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21101_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21101 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.096 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers
全体 | 名称: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers
超分子 | 名称: Mouse retromer (VPS26/VPS35/VPS29) tetramer of heterotrimers タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 71.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |