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- EMDB-21058: RM19R Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21058
タイトルRM19R Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
マップデータRM19R Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
試料
  • 複合体: RM19N Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Cottrell CA / Shin M / Ward AB
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesF31 AI131873 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesP01 AI110657 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesUM1 AI100663 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10 OD021634 米国
引用
ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Mapping the immunogenic landscape of near-native HIV-1 envelope trimers in non-human primates.
著者: Christopher A Cottrell / Jelle van Schooten / Charles A Bowman / Meng Yuan / David Oyen / Mia Shin / Robert Morpurgo / Patricia van der Woude / Mariëlle van Breemen / Jonathan L Torres / Raj ...著者: Christopher A Cottrell / Jelle van Schooten / Charles A Bowman / Meng Yuan / David Oyen / Mia Shin / Robert Morpurgo / Patricia van der Woude / Mariëlle van Breemen / Jonathan L Torres / Raj Patel / Justin Gross / Leigh M Sewall / Jeffrey Copps / Gabriel Ozorowski / Bartek Nogal / Devin Sok / Eva G Rakasz / Celia Labranche / Vladimir Vigdorovich / Scott Christley / Diane G Carnathan / D Noah Sather / David Montefiori / Guido Silvestri / Dennis R Burton / John P Moore / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Marit J van Gils /
要旨: The induction of broad and potent immunity by vaccines is the key focus of research efforts aimed at protecting against HIV-1 infection. Soluble native-like HIV-1 envelope glycoproteins have shown ...The induction of broad and potent immunity by vaccines is the key focus of research efforts aimed at protecting against HIV-1 infection. Soluble native-like HIV-1 envelope glycoproteins have shown promise as vaccine candidates as they can induce potent autologous neutralizing responses in rabbits and non-human primates. In this study, monoclonal antibodies were isolated and characterized from rhesus macaques immunized with the BG505 SOSIP.664 trimer to better understand vaccine-induced antibody responses. Our studies reveal a diverse landscape of antibodies recognizing immunodominant strain-specific epitopes and non-neutralizing neo-epitopes. Additionally, we isolated a subset of mAbs against an epitope cluster at the gp120-gp41 interface that recognize the highly conserved fusion peptide and the glycan at position 88 and have characteristics akin to several human-derived broadly neutralizing antibodies.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Mapping the immunogenic landscape of native HIV-1 envelope trimers in non-human primates
著者: Cottrell CA / van Schooten J / Bowman CA / Yuan M / Oyen D / Shin M / Morpurgo R / van der Woude P / van Breemen M / Torres JL / Patel R / Gross J / Sewall LM / Copps J / Ozorowski G / Sok D ...著者: Cottrell CA / van Schooten J / Bowman CA / Yuan M / Oyen D / Shin M / Morpurgo R / van der Woude P / van Breemen M / Torres JL / Patel R / Gross J / Sewall LM / Copps J / Ozorowski G / Sok D / Rakasz EG / Labranche C / Vigdorovich V / Christley S / Sather DN / Montefiori D / Moore JP / Burton DR / Wilson IA / Sanders RW / Ward AB / van Gils MJ
履歴
登録2019年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2020年9月16日-
現状2020年9月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21058.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RM19R Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å		1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å		1.98 Å/pix.
x 192 pix.
= 380.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.98 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.046158846 - 0.0744918
平均 (標準偏差)-0.00021578543 (±0.0037174504)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 380.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.981.981.98
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.160380.160380.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ310310310
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0460.074-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RM19N Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2

全体名称: RM19N Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2
要素
  • 複合体: RM19N Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2

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超分子 #1: RM19N Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2

超分子名称: RM19N Fab in complex with BG505 SOSIPv5.2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッド支持フィルム - 材質: CELLULOSE ACETATE / 詳細: unspecified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 36023
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 10631
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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