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- EMDB-20794: Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta (Primary ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20794
タイトルIntegrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
マップデータIntegrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation iv (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
試料
  • 複合体: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 (L-TGF-b1)
    • 複合体: alpha-v beta-8 integrin
      • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-V
      • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-8
    • 複合体: Transforming Growth Factor Beta-1 proprotein
      • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1 proprotein
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードglycoprotein / adhesion / signaling / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet degranulation / Cell surface interactions at the vascular wall / Molecules associated with elastic fibres / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Syndecan interactions / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / RUNX3 regulates p14-ARF / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) ...Platelet degranulation / Cell surface interactions at the vascular wall / Molecules associated with elastic fibres / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Syndecan interactions / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / RUNX3 regulates p14-ARF / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / Regulation of RUNX3 expression and activity / ganglioside metabolic process / positive regulation of microglia differentiation / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of striated muscle tissue development / regulation of protein import into nucleus / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / Langerhans cell differentiation / extracellular matrix assembly / integrin alphav-beta8 complex / integrin alphav-beta6 complex / hard palate development / transforming growth factor beta production / odontoblast differentiation / negative regulation of entry of bacterium into host cell / integrin alphav-beta5 complex / opsonin binding / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / integrin alphav-beta1 complex / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / membrane protein intracellular domain proteolysis / extracellular matrix protein binding / hyaluronan catabolic process / Laminin interactions / ATP biosynthetic process / receptor catabolic process / placenta blood vessel development / negative regulation of lipoprotein metabolic process / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / type II transforming growth factor beta receptor binding / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / type I transforming growth factor beta receptor binding / regulation of phagocytosis / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of lipid transport / negative regulation of myoblast differentiation / cell-cell junction organization / Elastic fibre formation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / response to cholesterol / transforming growth factor beta binding / entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / positive regulation of small GTPase mediated signal transduction / filopodium membrane / extracellular matrix binding / phosphate-containing compound metabolic process / positive regulation of fibroblast migration / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / apoptotic cell clearance / cartilage development / wound healing, spreading of epidermal cells / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of intracellular signal transduction / Molecules associated with elastic fibres / cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / microvillus membrane / negative chemotaxis / Syndecan interactions / negative regulation of cell-cell adhesion / cell-substrate adhesion / negative regulation of fat cell differentiation / endodermal cell differentiation / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / positive regulation of interleukin-17 production / PECAM1 interactions / positive regulation of cell division / positive regulation of SMAD protein signal transduction / lamellipodium membrane / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibronectin binding / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / negative regulation of cell cycle / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of collagen biosynthetic process / ECM proteoglycans / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Integrin cell surface interactions / vasculogenesis / voltage-gated calcium channel activity / lymph node development / chondrocyte differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha cytoplasmic region / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / Cystine-knot cytokine / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin alpha-V / Transforming growth factor beta-1 proprotein / Integrin beta-8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Campbell MG / Cormier A
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)U54HL119893 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL113032 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL134183 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01GM098672 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)S10OD020054 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)S10OD021741 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P41CA196276 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Reveals Integrin-Mediated TGF-β Activation without Release from Latent TGF-β.
著者: Melody G Campbell / Anthony Cormier / Saburo Ito / Robert I Seed / Andrew J Bondesson / Jianlong Lou / James D Marks / Jody L Baron / Yifan Cheng / Stephen L Nishimura /
要旨: Integrin αvβ8 binds with exquisite specificity to latent transforming growth factor-β (L-TGF-β). This binding is essential for activating L-TGF-β presented by a variety of cell types. ...Integrin αvβ8 binds with exquisite specificity to latent transforming growth factor-β (L-TGF-β). This binding is essential for activating L-TGF-β presented by a variety of cell types. Inhibiting αvβ8-mediated TGF-β activation blocks immunosuppressive regulatory T cell differentiation, which is a potential therapeutic strategy in cancer. Using cryo-electron microscopy, structure-guided mutagenesis, and cell-based assays, we reveal the binding interactions between the entire αvβ8 ectodomain and its intact natural ligand, L-TGF-β, as well as two different inhibitory antibody fragments to understand the structural underpinnings of αvβ8 binding specificity and TGF-β activation. Our studies reveal a mechanism of TGF-β activation where mature TGF-β signals within the confines of L-TGF-β and the release and diffusion of TGF-β are not required. The structural details of this mechanism provide a rational basis for therapeutic strategies to inhibit αvβ8-mediated L-TGF-β activation.
履歴
登録2019年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月16日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6uja
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6uja
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20794.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation iv (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 403.5 Å		1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 403.5 Å		1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 403.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.345 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-3.0098507 - 6.801261
平均 (標準偏差)0.0032943601 (±0.07668449)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 403.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3451.3451.345
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z403.500403.500403.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-3.0106.8010.003

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添付データ

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追加マップ: Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta,...

ファイルemd_20794_additional.map
注釈Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation iv (Additional unsharpened map.)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 ...

全体名称: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 (L-TGF-b1)
要素
  • 複合体: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 (L-TGF-b1)
    • 複合体: alpha-v beta-8 integrin
      • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-V
      • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-8
    • 複合体: Transforming Growth Factor Beta-1 proprotein
      • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1 proprotein
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 ...

超分子名称: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 (L-TGF-b1)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 260 KDa

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超分子 #2: alpha-v beta-8 integrin

超分子名称: alpha-v beta-8 integrin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Transforming Growth Factor Beta-1 proprotein

超分子名称: Transforming Growth Factor Beta-1 proprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
詳細: LTGFb is a homodimer in the sample, but only a single chain is modeled.
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: Integrin alpha-V

分子名称: Integrin alpha-V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 112.813352 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSA SSRMFLLVGA PKANTTQPGI VEGGQVLKCD WSSTRRCQPI EFDATGNRDY AKDDPLEFK SHQWFGASVR SKQDKILACA PLYHWRTEMK QEREPVGTCF LQDGTKTVEY APCRSQDIDA DGQGFCQGGF S IDFTKADR ...文字列:
FNLDVDSPAE YSGPEGSYFG FAVDFFVPSA SSRMFLLVGA PKANTTQPGI VEGGQVLKCD WSSTRRCQPI EFDATGNRDY AKDDPLEFK SHQWFGASVR SKQDKILACA PLYHWRTEMK QEREPVGTCF LQDGTKTVEY APCRSQDIDA DGQGFCQGGF S IDFTKADR VLLGGPGSFY WQGQLISDQV AEIVSKYDPN VYSIKYNNQL ATRTAQAIFD DSYLGYSVAV GDFNGDGIDD FV SGVPRAA RTLGMVYIYD GKNMSSLYNF TGEQMAAYFG FSVAATDING DDYADVFIGA PLFMDRGSDG KLQEVGQVSV SLQ RASGDF QTTKLNGFEV FARFGSAIAP LGDLDQDGFN DIAIAAPYGG EDKKGIVYIF NGRSTGLNAV PSQILEGQWA ARSM PPSFG YSMKGATDID KNGYPDLIVG AFGVDRAILY RARPVITVNA GLEVYPSILN QDNKTCSLPG TALKVSCFNV RFCLK ADGK GVLPRKLNFQ VELLLDKLKQ KGAIRRALFL YSRSPSHSKN MTISRGGLMQ CEELIAYLRD ESEFRDKLTP ITIFME YRL DYRTAADTTG LQPILNQFTP ANISRQAHIL LDCGEDNVCK PKLEVSVDSD QKKIYIGDDN PLTLIVKAQN QGEGAYE AE LIVSIPLQAD FIGVVRNNEA LARLSCAFKT ENQTRQVVCD LGNPMKAGTQ LLAGLRFSVH QQSEMDTSVK FDLQIQSS N LFDKVSPVVS HKVDLAVLAA VEIRGVSSPD HVFLPIPNWE HKENPETEED VGPVVQHIYE LRNNGPSSFS KAMLHLQWP YKYNNNTLLY ILHYDIDGPM NCTSDMEINP LRIKISSLQT TEKNDTVAGQ GERDHLITKR DLALSEGDIH TLGCGVAQCL KIVCQVGRL DRGKSAILYV KSLLWTETFM NKENQNHSYS LKSSASFNVI EFPYKNLPIE DITNSTLVTT NVTWGIQPAP M PVPVWVII LAVLAGLLLL AVLVFVMYRM GFFKRVRPPQ EEQEREQLQP HENGEGNSET

UniProtKB: Integrin alpha-V

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分子 #2: Integrin beta-8

分子名称: Integrin beta-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.276664 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EDNRCASSNA ASCARCLALG PECGWCVQED FISGGSRSER CDIVSNLISK GCSVDSIEYP SVHVIIPTEN EINTQVTPGE VSIQLRPGA EANFMLKVHP LKKYPVDLYY LVDVSASMHN NIEKLNSVGN DLSRKMAFFS RDFRLGFGSY VDKTVSPYIS I HPERIHNQ ...文字列:
EDNRCASSNA ASCARCLALG PECGWCVQED FISGGSRSER CDIVSNLISK GCSVDSIEYP SVHVIIPTEN EINTQVTPGE VSIQLRPGA EANFMLKVHP LKKYPVDLYY LVDVSASMHN NIEKLNSVGN DLSRKMAFFS RDFRLGFGSY VDKTVSPYIS I HPERIHNQ CSDYNLDCMP PHGYIHVLSL TENITEFEKA VHRQKISGNI DTPEGGFDAM LQAAVCESHI GWRKEAKRLL LV MTDQTSH LALDSKLAGI VVPNDGNCHL KNNVYVKSTT MEHPSLGQLS EKLIDNNINV IFAVQGKQFH WYKDLLPLLP GTI AGEIES KAANLNNLVV EAYQKLISEV KVQVENQVQG IYFNITAICP DGSRKPGMEG CRNVTSNDEV LFNVTVTMKK CDVT GGKNY AIIKPIGFNE TAKIHIHRNC SCQCEDNRGP KGKCVDETFL DSKCFQCDEN KCHFDEDQFS SESCKSHKDQ PVCSG RGVC VCGKCSCHKI KLGKVYGKYC EKDDFSCPYH HGNLCAGHGE CEAGRCQCFS GWEGDRCQCP SAAAQHCVNS KGQVCS GRG TCVCGRCECT DPRSIGRFCE HCPTCYTACK ENWNCMQCLH PHNLSQAILD QCKTSCALME QQHYVDQTSE CFSSPSY LR IFFIIFIVTF LIGLLKVLII RQVILQWNSN KIKSSSDYRV SASKKDKLIL QSVCTRAVTY RREKPEEIKM DISKLNAH E TFRCNF

UniProtKB: Integrin beta-8

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分子 #3: Transforming growth factor beta-1 proprotein

分子名称: Transforming growth factor beta-1 proprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 41.434449 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPLSTCKTID MELVKRKRIE AIRGQILSKL RLASPPSQGD VPPGPLPEAV LALYNSTRDR VAGESVEPEP EPEADYYAKE VTRVLMVES GNQIYDKFKG TPHSLYMLFN TSELREAVPE PVLLSRAELR LLRLKLKVEQ HVELYQKYSN DSWRYLSNRL L APSDSPEW ...文字列:
GPLSTCKTID MELVKRKRIE AIRGQILSKL RLASPPSQGD VPPGPLPEAV LALYNSTRDR VAGESVEPEP EPEADYYAKE VTRVLMVES GNQIYDKFKG TPHSLYMLFN TSELREAVPE PVLLSRAELR LLRLKLKVEQ HVELYQKYSN DSWRYLSNRL L APSDSPEW LSFDVTGVVR QWLTRREAIE GFRLSAHCSC DSKDNTLHVE INGFNSGRRG DLATIHGMNR PFLLLMATPL ER AQHLHSS RHRRALDTNY CFSSTEKNCC VRQLYIDFRK DLGWKWIHEP KGYHANFCLG PCPYIWSLDT QYSKVLALYN QHN PGASAA PCCVPQALEP LPIVYYVGRK PKVEQLSNMI VRSCKCS

UniProtKB: Transforming growth factor beta-1 proprotein

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43600
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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