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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20498 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in Detergent | |||||||||
![]() | Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in detergent | |||||||||
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![]() | Ion Channels / Membrane Protein / TRP Channels / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | |||||||||
![]() | McGoldrick LL / Singh AK | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the thermo-sensitive TRP channel TRP1 from the alga Chlamydomonas reinhardtii. 著者: Luke L McGoldrick / Appu K Singh / Lusine Demirkhanyan / Ting-Yu Lin / Ryan G Casner / Eleonora Zakharian / Alexander I Sobolevsky / ![]() 要旨: Algae produce the largest amount of oxygen on earth and are invaluable for human nutrition and biomedicine, as well as for the chemical industry, energy production and agriculture. The mechanisms by ...Algae produce the largest amount of oxygen on earth and are invaluable for human nutrition and biomedicine, as well as for the chemical industry, energy production and agriculture. The mechanisms by which algae can detect and respond to changes in their environments can rely on membrane receptors, including TRP ion channels. Here we present a 3.5-Å resolution cryo-EM structure of the transient receptor potential (TRP) channel crTRP1 from the alga Chlamydomonas reinhardtii that opens in response to increased temperature and is positively regulated by the membrane lipid PIP. The structure of crTRP1 significantly deviates from the structures of other TRP channels and has a unique 2-fold symmetrical rose-shape architecture with elbow domains and ankyrin repeat domains submerged and dipping into the membrane, respectively. Our study provides a structure of a TRP channel from a micro-organism and a structural framework for better understanding algae biology and TRP channel evolution. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.9 KB 12.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 191.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Thermo-Sensitive TRP Channel TRP1 from the Alga Chlamydomonas reinhardtii in detergent | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : crTRP1 in detergent
全体 | 名称: crTRP1 in detergent |
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要素 |
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-超分子 #1: crTRP1 in detergent
超分子 | 名称: crTRP1 in detergent / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: TRP-like ion channel
分子 | 名称: TRP-like ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 99.538742 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKVAPAPASG QPGGGSKKPS DYGCQLHYKH ARVVEPESTT DDGMKRLKDV GDKGTLITAA ELGLVDKYRD LKRAGQDILT CDWPYHYSS ILYACYGNQY KILQMVEREF VGSTQELTAM HTTRCWVGKN SAMVAAYQGH LETMLYIIDL DMQGKFTEDL F KQRDVMGK ...文字列: MKVAPAPASG QPGGGSKKPS DYGCQLHYKH ARVVEPESTT DDGMKRLKDV GDKGTLITAA ELGLVDKYRD LKRAGQDILT CDWPYHYSS ILYACYGNQY KILQMVEREF VGSTQELTAM HTTRCWVGKN SAMVAAYQGH LETMLYIIDL DMQGKFTEDL F KQRDVMGK NAMMWAASQG HTDTIEVLLV RSLYRLLPED CADPLVLKTR WKLVSLLADL ASHCRDYDPG CSRSFFQEVL AS IKYDPVE GARQEEAAAA GGGGSAREGA ALHEPTWGVD DGEEEERRHG VKHSDLVGKS AASTTAAAAA GGKTASGKPG EPG GGGAVK LKDVHITVRT LQGVIVSAYR AGMNCMGVIM YCQSLLQQAR YFDDLVAQLT AWEVKLLDTC RNKQEVQAIL APTE DDPSE PVGYALATFD KAFLSHKFVQ QIFTEKWDTM GVTDYTKSLF GVVWGGCSLV VAFAAWATIC PLVVVARSFL SPVQD FMMR GKVIVDSRFP WHVPLYRWLL TQCALITFTV LLSYLVFSFD PSDPVPASVA PLNTFLAVWC AAILVDEVQE YVEEGR AEY MSSGWNVMDV TMALSYILHY ILRIIAVRVT DNLNILLVVN DLLAAAALMA WFRMVSVFEL SSAIGPLIQM MKQMLIK DV TRFALLVLVI LLGFSVGMEA LFQEACIERD PTTNECTKYT SWGYDWQKDG LVGGMTFLQY IALGNANPVD FEQKRVTG V IFYLIFAIVT AILLLNLFIA MLADTYTRVS TQAMVEFRYR KAKLMASYSR RDFVCPPFNL LHLVCAAVGN GLRRLVWGP DGFTPVSMRK NETVPLFSWY FPQGEEMRQV VVLQRRVVDD FLNSNRVALF REKLNAELPN LVHEMLKQKG KGDGGALAGG GAAASTTVL ATAVSVTAAA GH UniProtKB: TRP-like ion channel |
-分子 #2: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(o...
分子 | 名称: [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PIO |
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分子量 | 理論値: 746.566 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PIO: |
-分子 #3: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PCW |
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分子量 | 理論値: 787.121 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PCW: |
-分子 #4: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CPL |
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分子量 | 理論値: 758.06 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CPL: |
-分子 #5: (2S)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bi...
分子 | 名称: (2S)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-trihydroxy-4,5-bis(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dihexadecanoate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: PIK |
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分子量 | 理論値: 970.992 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PIK: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 1 mM BME and 0.01% GDN |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 63018 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6pw4: |