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- EMDB-20446: Cryo-EM structure of AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20446
タイトルCryo-EM structure of AdnA(D934A)-AdnB(D1014A) in complex with AMPPNP and DNA
マップデータAdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP and DNA
試料
  • 複合体: AdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP and DNA
    • 複合体: UvrD/REP helicase
      • タンパク質・ペプチド: UvrD/REP helicase
    • 複合体: ATP-dependent DNA helicase (UvrD/REP)
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase (UvrD/REP)
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (70-MER)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードDNA / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA helicase activity / DNA helicase / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding ...DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA helicase activity / DNA helicase / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. ...: / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase / DNA helicase / DNA 3'-5' helicase / DNA 3'-5' helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) / Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jia N / Unciuleac M / Shuman S / Patel DJ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Structures and single-molecule analysis of bacterial motor nuclease AdnAB illuminate the mechanism of DNA double-strand break resection.
著者: Ning Jia / Mihaela C Unciuleac / Chaoyou Xue / Eric C Greene / Dinshaw J Patel / Stewart Shuman /
要旨: Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks (DSBs). The AdnA and AdnB subunits are each composed of an N- ...Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks (DSBs). The AdnA and AdnB subunits are each composed of an N-terminal motor domain and a C-terminal nuclease domain. Here we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of AdnAB in three functional states: in the absence of DNA and in complex with forked duplex DNAs before and after cleavage of the 5' single-strand DNA (ssDNA) tail by the AdnA nuclease. The structures reveal the path of the 5' ssDNA through the AdnA nuclease domain and the mechanism of 5' strand cleavage; the path of the 3' tracking strand through the AdnB motor and the DNA contacts that couple ATP hydrolysis to mechanical work; the position of the AdnA iron-sulfur cluster subdomain at the Y junction and its likely role in maintaining the split trajectories of the unwound 5' and 3' strands. Single-molecule DNA curtain analysis of DSB resection reveals that AdnAB is highly processive but prone to spontaneous pausing at random sites on duplex DNA. A striking property of AdnAB is that the velocity of DSB resection slows after the enzyme experiences a spontaneous pause. Our results highlight shared as well as distinctive properties of AdnAB vis-à-vis the RecBCD and AddAB clades of bacterial DSB-resecting motor nucleases.
履歴
登録2019年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月7日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-6ppr
  • 表面レベル: 0.01
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20446.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP and DNA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8613 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.039393064 - 0.09442604
平均 (標準偏差)0.00010430557 (±0.0015262427)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 241.164 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.86130.86130.8613
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z241.164241.164241.164
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0390.0940.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP and DNA

全体名称: AdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP and DNA
要素
  • 複合体: AdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP and DNA
    • 複合体: UvrD/REP helicase
      • タンパク質・ペプチド: UvrD/REP helicase
    • 複合体: ATP-dependent DNA helicase (UvrD/REP)
      • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent DNA helicase (UvrD/REP)
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (70-MER)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: AdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP and DNA

超分子名称: AdnAB-D934A-D1014A mutant in complex with AMPPNP and DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 200 KDa

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超分子 #2: UvrD/REP helicase

超分子名称: UvrD/REP helicase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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超分子 #3: ATP-dependent DNA helicase (UvrD/REP)

超分子名称: ATP-dependent DNA helicase (UvrD/REP) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)

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超分子 #4: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

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分子 #1: UvrD/REP helicase

分子名称: UvrD/REP helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 118.084531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTQVASPVVQ ARYSPVELSA ALGLFPPTDE QAAVIAAPPG PLVVIAGAGA GKTETMAARV VWLVANGFAT PSQVLGLTFT RKAAGQLLR RVRTRLARLA GAGLAPGSGA SDESATVSTY HAFAGTLLRE HGLLLPVEPD TRLLSETELW QLAYDVVCAH P GHLDTEKT ...文字列:
MTQVASPVVQ ARYSPVELSA ALGLFPPTDE QAAVIAAPPG PLVVIAGAGA GKTETMAARV VWLVANGFAT PSQVLGLTFT RKAAGQLLR RVRTRLARLA GAGLAPGSGA SDESATVSTY HAFAGTLLRE HGLLLPVEPD TRLLSETELW QLAYDVVCAH P GHLDTEKT PAAVTAMVLR LSGALAEHLV DTDQLRDTHV ELERLVHTLP AGPYQRDRGP SQWLLRMLAT QTERTELVPL ID ALHQRMR AEKVMDFGMQ MAAAARLAAR FPQVGEQLRQ RFRVVLLDEY QDTGHAQRIA LSSLFGGGAD DGLALTAVGD PIQ SIYGWR GASATNLPRF TTDFPYSDGT PAPTLELRTS WRNPPSTLHV ANAVSEEARR RSVAVRALRP RPDAEPGTIR CALL NNVAA ERDWVADHLA RAYHGAIGRG EAAPTAAVLV RRNADAAPMA EALTARGVPV EVVGVAGLLA VPEVADLVAM LRLIA DPTA GSAVMRILTG PRWRFGARDI AALWRRAVEL DDRPKGELGT ADIVAQAAPD ADTACVADAI CDPGDAERYS PAGYER IVA LGRELTMLRA HLGHPLPELV AEVRRVLGLD AEARAARPVA AGWAGTENLD RFSDLVSDFA GHAGASVSAL LAYLDAA VE VENGLAPAEL TVSHDRVQIL TVHAAKGLEW QVVAVPHLSA RVFPSTTQAR TWLTDASDLP PLLRGDRATE SEIGVPVL D TSDIYDRKIL SDKISDHKKS LDQRRVDEER RLLYVAITRA EDTLLLSGHH WGATESKPRG PSEFLCELKT ILEEATAAG TPCGEIEHWA PDPAPGETNP LRDQVVEALW PPVASADDHV HRGAQLVAAA MAGEVSAEAD QEGWAADVDA LLAERERPPQ QEDTELPGQ LSVSTLVELS RDPKAALTRL RRRLPQRPDP HALLGTTFHE WVQRYFHAER LFDLDDLPGA VDSDSGRAVE E SLAELQDA FVKSPWAART PVEVEVPFDM VLGETVVRGR IDAVFAEPDG TTMVLAWKTG DPPETPEAKE HAAVQLAVYR LA WAAMRGC PPESVRAAFH YVRSGQTVIP ETLPGAEELV KLLAAAPTET AEEADRIT

UniProtKB: DNA helicase

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分子 #2: ATP-dependent DNA helicase (UvrD/REP)

分子名称: ATP-dependent DNA helicase (UvrD/REP) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 110.899562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTRPAESAP QTASTLLEPG SNGVVRLLGG PGTGKSSLLV DTAVQHILAG ADPESVLLLT GSARLRTAAR AAITARLLGA GTVGVVREP LVRTVHSYAF AVLRLAAQRN GDPPPRLITS AEQDGIIREL LAGDLEDGHR SPVGWPEQLW PALTTAGFAT E LRDLMARC ...文字列:
MTTRPAESAP QTASTLLEPG SNGVVRLLGG PGTGKSSLLV DTAVQHILAG ADPESVLLLT GSARLRTAAR AAITARLLGA GTVGVVREP LVRTVHSYAF AVLRLAAQRN GDPPPRLITS AEQDGIIREL LAGDLEDGHR SPVGWPEQLW PALTTAGFAT E LRDLMARC TERGVDPIAL QRLGRTAKRP EWLAAGRFAQ AYEQIMLLRS AVGMAAPQAT VPALGAAELV GAALEALGAD DE LLDTERN RIKLLLVDDA QHLDPQAARL VRALAAGTGL TVIAGDPDQS VFGYRGADPV LLRDDTHPAI TLTQSYRCAP EIA SAITGL GQRLPGVSDT RHWTGNPQRE GTVTVRLAAS THAEGTMIAD ALRRAHLVDG IPWSQMAVIV RSVPRVGTAL ARAL TAAGV PVQDNGTDVP VGRQPAAAAL LTVLDVTATG HLDADSAVAL LTGPIGRVDP VTLRQLRRAL RRADGSQPPR DFGDL LVDA IEREPKGLSA EHARTLRRLR AVLTAARRSD ASGADPRYTL WQAWHASGLQ RRWLAASERG GSVGAQADRD LDAVTT LFD VADQYVNRTA GASLRGLVDH VTRLGAAVAR TEPETAAEAV AVLSVHGALA GEWDFVVIAG VQEGLWPNMI PRGGVLG TQ HLVDVLDGVA DMTDRTVSTR APLVAEERRL LMAAMGRART RVMITAVDSD TGDESLLPSP FCAEISAWAT EPVAEPPL V APRVLAPSAL VGRLRAVVCA PDGAVDDDAR ACAAAQLARL AAAGVPGADP SQWHAMTSLT TEEPLWSEPG HVVTLSPST LQMLTDCPLR WLLERHGGDD GRDVRSTVGS LVHALVSEPG KTESQLVNEL EKVWDDLPYD AKWYSDNELA RHRAMLETFT RWREDTRRQ LTEVATEIPV EGIVVEPGEN TPGVRVRGRL DRLERDEAGR LVVVALKTGK SPVTKDDAQN HAQLAMYQLA V AAGLLDDG DEPGGGKLVY LGKAGAAGAT EREQDPLTPD KRAEWLETVG EAAAATAGPR FVARVNNGCA NCPVRSSCPA QA NGDRP

UniProtKB: DNA helicase

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分子 #3: DNA (70-MER)

分子名称: DNA (70-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
分子量理論値: 21.477703 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT) ...文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT) (DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)

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分子 #4: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 式: Tris / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.16 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 61579
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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