[日本語] English
万見
- EMDB-20407: In situ structure of BTV RNA-dependent RNA polymerase in BTV core -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20407
タイトルIn situ structure of BTV RNA-dependent RNA polymerase in BTV core
マップデータBTV RNA-dependent RNA polymerase in BTV core
試料
  • ウイルス: Bluetongue virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Inner core structural protein VP3
キーワードRNA dependent RNA polymerase / Viral protein / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, orbiviral / Orbivirus RNA-dependent RNA polymerase (VP1) / Inner layer core protein VP3, Orbivirus / Orbivirus VP3 (T2) protein / Inner layer core protein VP3, Reovirus / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Core protein VP3 / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bluetongue virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者He Y / Shivakoti S
資金援助 米国, 英国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI045000 米国
Wellcome Trust100218 英国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: In situ structures of RNA-dependent RNA polymerase inside bluetongue virus before and after uncoating.
著者: Yao He / Sakar Shivakoti / Ke Ding / Yanxiang Cui / Polly Roy / Z Hong Zhou /
要旨: Bluetongue virus (BTV), a major threat to livestock, is a multilayered, nonturreted member of the , a family of segmented dsRNA viruses characterized by endogenous RNA transcription through an RNA- ...Bluetongue virus (BTV), a major threat to livestock, is a multilayered, nonturreted member of the , a family of segmented dsRNA viruses characterized by endogenous RNA transcription through an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). To date, the structure of BTV RdRp has been unknown, limiting our mechanistic understanding of BTV transcription and hindering rational drug design effort targeting this essential enzyme. Here, we report the in situ structures of BTV RdRp VP1 in both the triple-layered virion and double-layered core, as determined by cryo-electron microscopy (cryoEM) and subparticle reconstruction. BTV RdRp has 2 unique motifs not found in other viral RdRps: a fingernail, attached to the conserved fingers subdomain, and a bundle of 3 helices: 1 from the palm subdomain and 2 from the N-terminal domain. BTV RdRp VP1 is anchored to the inner surface of the capsid shell via 5 asymmetrically arranged N termini of the inner capsid shell protein VP3A around the 5-fold axis. The structural changes of RdRp VP1 and associated capsid shell proteins between BTV virions and cores suggest that the detachment of the outer capsid proteins VP2 and VP5 during viral entry induces both global movements of the inner capsid shell and local conformational changes of the N-terminal latch helix (residues 34 to 51) of 1 inner capsid shell protein VP3A, priming RdRp VP1 within the capsid for transcription. Understanding this mechanism in BTV also provides general insights into RdRp activation and regulation during viral entry of other multilayered, nonturreted dsRNA viruses.
履歴
登録2019年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月7日-
マップ公開2019年8月7日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6po2
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6po2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20407.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BTV RNA-dependent RNA polymerase in BTV core
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.044679813 - 0.07617847
平均 (標準偏差)0.001415685 (±0.0055442397)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 348.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.160348.160348.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ1128100
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0450.0760.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Bluetongue virus 1

全体名称: Bluetongue virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Bluetongue virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Inner core structural protein VP3

-
超分子 #1: Bluetongue virus 1

超分子名称: Bluetongue virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 35327 / 生物種: Bluetongue virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
分子 #1: RNA-directed RNA polymerase

分子名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Bluetongue virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 149.926281 KDa
配列文字列: MVAITVQGAQ LIKRVVERFY PGIAFNINEG ACYIYKFSDH IRRIRMKHGT KYRRQAEEII RNISLRKERL YGIPVLDEVE WKYVFDGQT FQSYAFEVYV NSILPWSELD PEEEFLRNYR VSREMTEVEK FIEFRAKNEM QIYGDIPIKV WCCFINELSA E LKHVPLGM ...文字列:
MVAITVQGAQ LIKRVVERFY PGIAFNINEG ACYIYKFSDH IRRIRMKHGT KYRRQAEEII RNISLRKERL YGIPVLDEVE WKYVFDGQT FQSYAFEVYV NSILPWSELD PEEEFLRNYR VSREMTEVEK FIEFRAKNEM QIYGDIPIKV WCCFINELSA E LKHVPLGM QVMADFVNRF DSPFHQGNRD LSNLEDFQVA YTTPLLFEMC CMESILEFNI KMRMREEEIS ALEFGDMKVD PV GLLREFF ILCLPHPKKI NNVLRAPYSW FVKMWGVGAD PIVVLQSTAG DDRNSKDVFY DKFRTEPNRY KALFRSSFYN ESR RMNEEK ILEAVKYSQK LGSHDRRLPL FEKMLKTVYT TPFYPHKSSN MILASFLLSI QTITGYGRAW VKNVSTEFDK QLKP NPSNL VQDVSDLTRE FFKQAYVEAK ERREEIVKPE DLYTSMLRLA RNTSSGFSTE IYVKKRFGPR LRDKDLIKIN SRIKA LVIF TKGHTVFTDE ELHKKYNSVE LYQTKGSRDV PIKATRTIYS INLSVLVPQL IVTLPLNEYF SRVGGITSPD YKKIGG KVI VGDLEATGSR VMDAADCFRN SADRDIFTIA IDYSEYDTHL TRHNFRTGML QGIREAMAPY RDLRYEGYTL EQIIDFG YG EGRVANTLWN GKRRLFKTTF DAYIRLDESE RDKGSFKVPK GVLPVSSVDV ANRIAVDKGF DTLIAATDGS DLALIDTH L SGENSTLIAN SMHNMAIGTL MQREVGREQP GVLTFLSEQY VGDDTLFYTK LHTTDTKVFD KVAASIFDTV AKCGHEASP SKTMMTPYSV EKTQTHAKQG CYVPQDRMMI ISSERRKDIE DVQGYVRSQV QTMITKVSRG FCHDLAQLIL MLKTTFIGAW KMKRTIKED AMYRDRKFDS NDEDGFTLIQ IRNPLALYVP IGWNGYGAHP AALNIVMTEE MYVDSIMISK LDEIMAPIRR I VHDIPPCW NETQGDKRGL ISATKMSFFS KMARPAVQAA LSDPQIINLV EELPLGEFSP GRISRTMMHS ALLKESSART LL SSGYELE YQKALNSWIT QVSMRLGEES GVISTSYAKL FDVYFEGELD GAPHMFPDQN LSPQFYIQKM MIGPRVSSRV RNS YVDRID VILRKDVVMR GFITANTILN VIEKLGTNHS VGDLVTVFTL MNIETRVAEE LAEYMTSEKI RFDALKLLKK GIAG DEFTM SLNVATQDFI DTYLAYPYQL TKTEVDAISL YCTQMIMLRA ALGLPKKKMK IVVTDDAKKR YKIRLQRFRT HVPKI KVLK KLIDPNRMTV RNLENQFV

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase

-
分子 #2: Inner core structural protein VP3

分子名称: Inner core structural protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bluetongue virus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 103.410508 KDa
組換発現生物種: Bluetongue virus 1 (ウイルス)
配列文字列: MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILDD IKALAAEQVY KIVKVPSIS FRHIVMQSRD RVLRVDTYYE EMSQVGDVIT EDEPEKFYST IIKKVRFIRG KGSFILHDIP TRDHRGMEVA E PEVLGVEF ...文字列:
MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILDD IKALAAEQVY KIVKVPSIS FRHIVMQSRD RVLRVDTYYE EMSQVGDVIT EDEPEKFYST IIKKVRFIRG KGSFILHDIP TRDHRGMEVA E PEVLGVEF KNVLPVLTAE HRAMIQNALD GSIIENGNVA TRDVDVFIGA CSEPVYRIYN RLQGYIEAVQ LQELRNSIGW LE RLGHRKR ITYSQEVLTD FRRQDTIWVL ALQLPVNPQV VWDVPRSSIA NLIMNIATCL PTGEYIAPNP RISSITLTQR ITT TGPFAI LTGSTPTAQQ LNDVRKIYLA LMFPGQIILD LKIDPGERMD PAVRMVAGVV GHLLFTAGGR FTNLTQNMAR QLDI ALNDY LLYMYNTRVQ VNYGPTGEPL DFQIGRNQYD CNVFRADFAT GTGYNGWATI DVEYREPAPY VHAQRYIRYC GIDSR ELIN PTTYGIGMTY HCYNEMLRML VAAGKDSEAA YFRSMLPFHM VRFARINQII NEDLHSVFSL PDDMFNALLP DLIAGA HQN ADPVVLDVSW ISLWFAFNRS FEPTHRNEML EVAPLIESVY ASELSVMKVD MRHLSLMQRR FPDVLIQARP SHFWKAV LN DSPEAVKAVM NLSHSHNFIN IRDMMRWVML PSLQPSLKLA LEEEAWAAAN DFEDLMLTDQ VYMHRDMLPE PRLDDIER F RQEGFYYTNM LEAPPEIDRV VQYTYEIARL QANMGQFRAA LRRIMDDDDW VRFGGVLRTV RVKFYDARPP DDVLQGLPF SYDTNERGGL AYATIKYATE TTIFYLIYNV EFSNTPDSLV LINPTYTMTK VFINKRIVER VRVGQILAVL NRRFVAYKGK MRIMDITQS LKMGTKLAAP TV

UniProtKB: Core protein VP3

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8.8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2btv

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 150346
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る