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- PDB-202d: SOLUTION STRUCTURE OF THE MENOGARIL-DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 202d
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE MENOGARIL-DNA COMPLEX
要素DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*C)-3')
キーワードDNA / MENOGARIL
機能・相同性MENOGARIL / DNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / MOLECULAR DYNAMICS, MATRIX RELAXATION
データ登録者Chen, H. / Patel, D.J.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1995
タイトル: Solution Structure of the Menogaril-DNA Complex
著者: Chen, H. / Patel, D.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Antitumor Drug Nogalamycin Binds DNA in Both Grooves Simultaneously: Molecular Structure of Nogalamycin-DNA Complex
著者: Liaw, Y.-C. / Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Wang, A.H.
履歴
登録1995年3月29日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9364
ポリマ－4,8532
非ポリマー1,0832
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)4 / 4all calculated structures submitted
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*C)-3')


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / キーワード: DEOXYRIBONUCLEIC ACID
#2: 化合物 ChemComp-MNG / MENOGARIL / メノガリル


分子量: 541.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31NO10 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED / コメント: 抗がん剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: MENOGARIL WAS PROVIDED BY UPJOHN CO., KALAMAZOO, MICHIGAN.

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

精密化手法: MOLECULAR DYNAMICS, MATRIX RELAXATION / ソフトェア番号: 1
詳細: TWO STARTING STRUCTURES WERE GENERATED BY MANUALLY DOCKING THE DRUG ONTO A- AND B-FORM DNA USING INSIGHT II AND WERE SUBSEQUENTLY REFINED BY DISTANCE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS USING A SET ...詳細: TWO STARTING STRUCTURES WERE GENERATED BY MANUALLY DOCKING THE DRUG ONTO A- AND B-FORM DNA USING INSIGHT II AND WERE SUBSEQUENTLY REFINED BY DISTANCE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS USING A SET OF INTER-PROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM THE NMR DATA. TWO INITIAL VELOCITY SEEDS WERE USED FOR EACH STARTING STRUCTURE WHICH YIELDS FOUR DISTANCE-REFINED STRUCTURES. THEY WERE REFINED FURTHER USING RELAXATION-MATRIX BASED NOE INTENSITY-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS. THE FINAL FOUR STRUCTURES WERE OBTAINED BY TAKING THE AVERAGE COORDINATES OF THE LAST 1.0 PS OF THE DYNAMICS DURING RELAXATION MATRIX REFINEMENT AND ENERGY MINIMIZED. THE R(1/6) VALUE WAS USED TO REFINE THE STRUCTURE DURING RELAXATION MATRIX REFINEMENT. THE SUMMATIONS RUN THROUGH ALL OBSERVED, QUANTIFIABLE NOE CROSSPEAKS IN NOESY SPECTRA RECORDED IN D2O AND MIXING TIMES OF 30, 60, 100, 150 AND 200 MS. THE R(1/6) FACTOR AND THE RMS DEVIATIONS FROM IDEAL GEOMETRY FOR THE FOUR FINAL STRUCTURES ARE: MODEL1 MODEL2 MODEL3 MODEL4 R(1/6) FACTOR 0.039 0.038 0.038 0.036 BOND (ANG) 0.012 0.012 0.012 0.011 ANGLES (DEG) 3.833 3.818 3.776 3.684 IMPROPERS (DEG) 0.251 0.250 0.286 0.219
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 4 / 登録したコンフォーマーの数: 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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