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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cqe | |||||||||
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タイトル | PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1 COMPLEX WITH FLURBIPROFEN | |||||||||
![]() | PROTEIN (PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1) | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / PEROXIDASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle ...prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Picot, D. / Loll, P.J. / Mulichak, A.M. / Garavito, R.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The X-ray crystal structure of the membrane protein prostaglandin H2 synthase-1. 著者: Picot, D. / Loll, P.J. / Garavito, R.M. #1: ![]() タイトル: Synthesis and Use of Iodinated Nonsteroidal Antiinflammatory Drug Analogs as Crystallographic Probes of the Prostaglandin H2 Synthase Cyclooxygenase Active Site 著者: Loll, P.J. / Picot, D. / Ekabo, O. / Garavito, R.M. #2: ![]() タイトル: The Structural Basis of Aspirin Activity Inferred from the Crystal Structure of Inactivated Prostaglandin H2 Synthase 著者: Loll, P.J. / Picot, D. / Garavito, R.M. #3: ![]() タイトル: X-Ray Crystal Structure of Canine Myeloperoxidase at 3 Angstroms Resolution 著者: Zeng, J. / Fenna, R.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 243.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 196.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1023.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99514, -0.06069, 0.0775), ベクター: |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 66595.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: PROTEIN IS GLYCOSYLATED AT RESIDUES ASN68, ASN144 AND ASN410 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P05979, prostaglandin-endoperoxide synthase |
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-糖 , 2種, 11分子 ![](data/chem/img/BOG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 糖 | ChemComp-BOG / |
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-非ポリマー , 3種, 134分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/FLP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FLP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.08 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING 1:1 RATIO OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML IN 20 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH6.7, 100-200 MM NACL, 0.6% BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, 0.1 ...詳細: CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING 1:1 RATIO OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML IN 20 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER PH6.7, 100-200 MM NACL, 0.6% BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, 0.1 MM FLURBIPORFEN) AND RESERVOIR OF 4-8% PEG 4000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 32349 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å |
反射 | *PLUS Num. measured all: 112745 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.2 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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