[日本語] English
万見
- PDB-1zpi: Crystal structure analysis of the minor groove binding quinoliniu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zpi
タイトルCrystal structure analysis of the minor groove binding quinolinium quaternary salt SN 8224 complexed with CGCGAATTCGCG
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / B-DNA / dodecamer / minor groove binding complex
機能・相同性Chem-SN9 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 精密化 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Adams, A. / Leong, C. / Denny, W.A. / Guss, J.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structures of two minor-groove-binding quinolinium quaternary salts complexed with d(CGCGAATTCGCG)(2) at 1.6 and 1.8 Angstrom resolution.
著者: Adams, A. / Leong, C. / Denny, W.A. / Guss, J.M.
履歴
登録2005年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8614
ポリマ－7,3272
非ポリマー5342
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.188, 39.868, 65.961
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SN9 / 8-METHOXY-1-METHYL-4-(4-(4-(1-METHYLPYRIDINIUM-4-YLAMINO)PHENYLCARBAMOYL)PHENYLAMINO)QUINOLINIUM / SN8224


分子量: 509.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H47N5O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: cacodylate, spermine, magnesium chloride, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 285K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1cacodylate11
2spermine11
3magnesium chloride11
4MPD11
5H2O11
6cacodylate12
7magnesium chloride12
8MPD12
9H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月30日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 9114 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0433 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 841 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 精密化
開始モデル: BD0007

解像度: 1.6→34.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.976 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25832 747 8.2 %RANDOM
Rwork0.22217 ---
all0.225 9114 --
obs0.225 8331 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.529 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.95 Å20 Å20 Å2
2---1.41 Å20 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 522 38 76 636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6932.999977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3533.013678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2560.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0460.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.070.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.170.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1590.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9232908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0023975
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 42 -
Rwork0.335 586 -
obs--93.87 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る