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- PDB-1ycd: Crystal structure of yeast FSH1/YHR049W, a member of the serine h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ycd
タイトルCrystal structure of yeast FSH1/YHR049W, a member of the serine hydrolase family
要素Hypothetical 27.3 kDa protein in AAP1-SMF2 intergenic region
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / esterase / lipase / serine hydrolase / S. cerevisiae / Paris-Sud Yeast Structural Genomics / YSG
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic ester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine hydrolase FSH / Serine hydrolase (FSH1) / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXY-4,5-DIOXOHEPTYL HYDROGEN PHOSPHONATE / Family of serine hydrolases 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Leulliot, N. / Graille, M. / Coste, F. / Quevillon-Cheruel, S. / Janin, J. / van Tilbeurgh, H. / Paris-Sud Yeast Structural Genomics (YSG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of yeast YHR049W/FSH1, a member of the serine hydrolase family.
著者: Quevillon-Cheruel, S. / Leulliot, N. / Graille, M. / Hervouet, N. / Coste, F. / Zelwer, C. / Janin, J. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2004年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN THE AUTHOR STATES THAT THE LI5 RESIDUE IN MOLECULE B DOES NOT CONTAIN C32 ATOM BECAUSE ...HETEROGEN THE AUTHOR STATES THAT THE LI5 RESIDUE IN MOLECULE B DOES NOT CONTAIN C32 ATOM BECAUSE THIS ATOM WAS NOT DETECTED IN THE ELECTRON DENSITY FOR MOLECULE B BUT WAS DETECTED IN MOLECULE A.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 27.3 kDa protein in AAP1-SMF2 intergenic region
B: Hypothetical 27.3 kDa protein in AAP1-SMF2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1334
ポリマ－54,6842
非ポリマー4482
水16,862936
1
A: Hypothetical 27.3 kDa protein in AAP1-SMF2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5662
ポリマ－27,3421
非ポリマー2241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical 27.3 kDa protein in AAP1-SMF2 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5662
ポリマ－27,3421
非ポリマー2241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.133, 53.329, 64.271
Angle α, β, γ (deg.)102.85, 90.04, 112.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 27.3 kDa protein in AAP1-SMF2 intergenic region


分子量: 27342.201 Da / 分子数: 2 / 断片: S. cerevisiae YHR049wp / 変異: F109L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YHR049w / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P38777
#2: 化合物 ChemComp-LI5 / 2-HYDROXY-4,5-DIOXOHEPTYL HYDROGEN PHOSPHONATE


分子量: 224.148 Da / 分子数: 2 / 断片: S. cerevisiae YHR049wp / 変異: F109L / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 936 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 27% PEG 4K, 0.1M MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 87556 / Num. obs: 57009 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.5 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.165 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.958 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20217 2873 5 %RANDOM
Rwork0.16555 ---
obs0.16746 54126 94.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.697 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20.18 Å2-0.04 Å2
2--0.99 Å2-0.39 Å2
3----0.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3769 0 27 936 4732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.985242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0715469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.86325.205171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05615697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7671512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22007
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22669
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.52439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2623840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0631623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3584.51402
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 167 -
Rwork0.212 3622 -
obs--85.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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