PDB-1yae: Structure of the Kainate Receptor Subunit GluR6 Agonist Binding D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1yae

タイトル

Structure of the Kainate Receptor Subunit GluR6 Agonist Binding Domain Complexed with Domoic Acid

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / kainate receptor / glutamate receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / ubiquitin conjugating enzyme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.11 Å

データ登録者

Nanao, M.H. / Green, T. / Stern-Bach, Y. / Heinemann, S.F. / Choe, S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of the kainate receptor subunit GluR6 agonist-binding domain complexed with domoic acid.
著者: Nanao, M.H. / Green, T. / Stern-Bach, Y. / Heinemann, S.F. / Choe, S.

履歴

登録	2004年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2017年8月9日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 300

BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). ...

Remark 999

SEQUENCE TRANSMEMBRANE DOMAIN WAS REMOVED AND REPLACED WITH A HYDROPHILIC LINKER.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	1yae_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	1yae_validation.xml.gz	65.7 KB	表示
CIF形式データ	1yae_validation.cif.gz	84 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/1yae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/1yae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ftkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bj8-d 6c28-1 6glb-2 4f45-2 6rse-2 2guu-d 5usy-2 6gla-2 6cnx-2 5e1e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (12) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

E: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

F: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

215 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.7 kDa, 1 ポリマー
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7

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

D: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
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8

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
71.6 kDa, 2 ポリマー
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9

C: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

E: Glutamate receptor, ionotropic kainate 2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	246.360, 106.570, 172.690
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 133.19, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	SER	SER	5	A	A	423 - 427	5 - 9
2	1	ASN	ASN	SER	SER	5	B	B	423 - 427	5 - 9
3	1	ASN	ASN	SER	SER	5	C	C	423 - 427	5 - 9
4	1	ASN	ASN	SER	SER	5	D	D	423 - 427	5 - 9
5	1	ASN	ASN	SER	SER	5	E	E	423 - 427	5 - 9
6	1	ASN	ASN	SER	SER	5	F	F	423 - 427	5 - 9
7	2	LEU	LEU	ARG	ARG	5	A	A	428 - 431	10 - 13
8	2	LEU	LEU	ARG	ARG	5	B	B	428 - 431	10 - 13
9	2	LEU	LEU	ARG	ARG	5	C	C	428 - 431	10 - 13
10	2	LEU	LEU	ARG	ARG	5	D	D	428 - 431	10 - 13
11	2	LEU	LEU	ARG	ARG	5	E	E	428 - 431	10 - 13
12	2	LEU	LEU	ARG	ARG	5	F	F	428 - 431	10 - 13
13	3	SER	SER	VAL	VAL	2	A	A	432 - 444	14 - 26
14	3	SER	SER	VAL	VAL	2	B	B	432 - 444	14 - 26
15	3	SER	SER	VAL	VAL	2	C	C	432 - 444	14 - 26
16	3	SER	SER	VAL	VAL	2	D	D	432 - 444	14 - 26
17	3	SER	SER	VAL	VAL	2	E	E	432 - 444	14 - 26
18	3	SER	SER	VAL	VAL	2	F	F	432 - 444	14 - 26
19	4	LEU	LEU	GLY	GLY	5	A	A	445 - 461	27 - 43
20	4	LEU	LEU	GLY	GLY	5	B	B	445 - 461	27 - 43
21	4	LEU	LEU	GLY	GLY	5	C	C	445 - 461	27 - 43
22	4	LEU	LEU	GLY	GLY	5	D	D	445 - 461	27 - 43
23	4	LEU	LEU	GLY	GLY	5	E	E	445 - 461	27 - 43
24	4	LEU	LEU	GLY	GLY	5	F	F	445 - 461	27 - 43
25	5	GLY	GLY	LYS	LYS	3	A	A	461 - 487	43 - 69
26	5	GLY	GLY	LYS	LYS	3	B	B	461 - 487	43 - 69
27	5	GLY	GLY	LYS	LYS	3	C	C	461 - 487	43 - 69
28	5	GLY	GLY	LYS	LYS	3	D	D	461 - 487	43 - 69
29	5	GLY	GLY	LYS	LYS	3	E	E	461 - 487	43 - 69
30	5	GLY	GLY	LYS	LYS	3	F	F	461 - 487	43 - 69
31	6	TYR	TYR	GLY	GLY	3	A	A	488 - 500	70 - 82
32	6	TYR	TYR	GLY	GLY	3	B	B	488 - 500	70 - 82
33	6	TYR	TYR	GLY	GLY	3	C	C	488 - 500	70 - 82
34	6	TYR	TYR	GLY	GLY	3	D	D	488 - 500	70 - 82
35	6	TYR	TYR	GLY	GLY	3	E	E	488 - 500	70 - 82
36	6	TYR	TYR	GLY	GLY	3	F	F	488 - 500	70 - 82
37	7	MET	MET	LEU	LEU	2	A	A	501 - 541	83 - 123
38	7	MET	MET	LEU	LEU	2	B	B	501 - 541	83 - 123
39	7	MET	MET	LEU	LEU	2	C	C	501 - 541	83 - 123
40	7	MET	MET	LEU	LEU	2	D	D	501 - 541	83 - 123
41	7	MET	MET	LEU	LEU	2	E	E	501 - 541	83 - 123
42	7	MET	MET	LEU	LEU	2	F	F	501 - 541	83 - 123
43	8	ASP	ASP	LYS	LYS	4	A	A	669 - 679	156 - 166
44	8	ASP	ASP	LYS	LYS	4	B	B	669 - 679	156 - 166
45	8	ASP	ASP	LYS	LYS	4	C	C	669 - 679	156 - 166
46	8	ASP	ASP	LYS	LYS	4	D	D	669 - 679	156 - 166
47	8	ASP	ASP	LYS	LYS	4	E	E	669 - 679	156 - 166
48	9	ILE	ILE	LYS	LYS	2	A	A	680 - 695	167 - 182
49	9	ILE	ILE	LYS	LYS	2	B	B	680 - 695	167 - 182
50	9	ILE	ILE	LYS	LYS	2	C	C	680 - 695	167 - 182
51	9	ILE	ILE	LYS	LYS	2	D	D	680 - 695	167 - 182
52	9	ILE	ILE	LYS	LYS	2	E	E	680 - 695	167 - 182
53	9	ILE	ILE	PHE	PHE	2	F	F	680 - 694	167 - 181
54	10	LYS	LYS	VAL	VAL	3	A	A	704 - 716	191 - 203
55	10	LYS	LYS	VAL	VAL	3	B	B	704 - 716	191 - 203
56	10	LYS	LYS	VAL	VAL	3	C	C	704 - 716	191 - 203
57	10	LYS	LYS	VAL	VAL	3	D	D	704 - 716	191 - 203
58	10	LYS	LYS	VAL	VAL	3	E	E	704 - 716	191 - 203
59	10	LYS	LYS	SER	SER	3	F	F	704 - 715	191 - 202
60	11	LEU	LEU	PHE	PHE	2	A	A	717 - 744	204 - 231
61	11	LEU	LEU	PHE	PHE	2	B	B	717 - 744	204 - 231
62	11	LEU	LEU	PHE	PHE	2	C	C	717 - 744	204 - 231
63	11	LEU	LEU	PHE	PHE	2	D	D	717 - 744	204 - 231
64	11	LEU	LEU	PHE	PHE	2	E	E	717 - 744	204 - 231
65	11	LEU	LEU	PHE	PHE	2	F	F	717 - 744	204 - 231
66	12	VAL	VAL	GLY	GLY	3	A	A	745 - 757	232 - 244
67	12	VAL	VAL	GLY	GLY	3	B	B	745 - 757	232 - 244
68	12	VAL	VAL	GLY	GLY	3	C	C	745 - 757	232 - 244
69	12	VAL	VAL	GLY	GLY	3	D	D	745 - 757	232 - 244
70	12	VAL	VAL	GLY	GLY	3	E	E	745 - 757	232 - 244
71	12	VAL	VAL	GLY	GLY	3	F	F	745 - 757	232 - 244
72	13	LEU	LEU	ARG	ARG	4	A	A	758 - 800	245 - 287
73	13	LEU	LEU	ARG	ARG	4	B	B	758 - 800	245 - 287
74	13	LEU	LEU	ARG	ARG	4	C	C	758 - 800	245 - 287
75	13	LEU	LEU	ARG	ARG	4	D	D	758 - 800	245 - 287
76	13	LEU	LEU	ARG	ARG	4	E	E	758 - 800	245 - 287
77	13	LEU	LEU	ARG	ARG	4	F	F	758 - 800	245 - 287
78	14	GLY	GLY	CYS	CYS	5	A	A	801 - 804	288 - 291
79	14	GLY	GLY	CYS	CYS	5	B	B	801 - 804	288 - 291
80	14	GLY	GLY	ASN	ASN	5	C	C	801 - 802	288 - 289
81	14	GLY	GLY	CYS	CYS	5	D	D	801 - 804	288 - 291
82	14	GLY	GLY	GLY	GLY	5	E	E	801	288
83	14	ARG	ARG	ARG	ARG	5	F	F	800	287

#1: タンパク質

Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 / Kainate receptor / Glutamate receptor 6 / GluR-6 / GluR6 / Excitatory amino acid receptor 4 / EAA4

分子量: 35118.863 Da / 分子数: 6
断片: Subunit GLUR6 Agonist Binding Domain with the transmembrane domain removed and replaced with a hydrophilic linker
由来タイプ: 組換発現
詳細: transmembrane domain was removed and replaced with a hydrophilic linker
由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: GenBank: 56280, UniProt: P42260*PLUS

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-DOQ / (2S,3S,4S)-2-CARBOXY-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-1,3-HEXADIENYL]-3-PYRROLIDINEACETIC ACID / (2S,3S,4S)-3-CARBOXYMETHYL-4-[(1Z,3E,5R)-5-CARBOXY-1-METHYL-HEXA-1,3-DIENYL]-PYRROLIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / DOMOIC ACID / ドモイン酸

分子量: 311.330 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁NO₆ / コメント: 神経毒*YM

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PIPES, Ammonium Sulphate, Ammonium thiocyanate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→45 Å / Num. obs: 58030 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 3.1→3.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 17019 / R_sym value: 0.42 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER	V. 1.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FTK

1ftk

解像度: 3.11→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.864 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.791 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 1.886 / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.33409	2819	5.1 %	RANDOM
R_work	0.27545	-	-	-
all	0.27846	-	-	-
obs	0.27846	52826	94.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.255 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7 Å²	0 Å²	-1 Å²
2-	-	5.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.11→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12152	0	282	78	12512

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	12663
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.98	17070
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.828	5	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.017	24.213	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.905	15	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.067	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	6243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	8702
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.909	1.5	7550
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.335	2	12193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.843	3	5113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.469	4.5	4877
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	628	tight positional	0.05	0.05
2	B	628	tight positional	0.05	0.05
3	C	628	tight positional	0.05	0.05
4	D	628	tight positional	0.06	0.05
5	E	628	tight positional	0.05	0.05
6	F	628	tight positional	0.15	0.05
1	A	813	medium positional	0.59	0.5
2	B	813	medium positional	0.57	0.5
3	C	813	medium positional	0.55	0.5
4	D	813	medium positional	0.57	0.5
5	E	813	medium positional	0.62	0.5
6	F	813	medium positional	0.8	0.5
1	A	366	loose positional	1.18	5
2	B	366	loose positional	1.08	5
3	C	366	loose positional	1.1	5
4	D	366	loose positional	1.08	5
5	E	366	loose positional	1.06	5
6	F	366	loose positional	1.69	5
1	A	628	tight thermal	0.08	0.5
2	B	628	tight thermal	0.07	0.5
3	C	628	tight thermal	0.05	0.5
4	D	628	tight thermal	0.05	0.5
5	E	628	tight thermal	0.08	0.5
6	F	628	tight thermal	0.09	0.5
1	A	813	medium thermal	0.51	2
2	B	813	medium thermal	0.44	2
3	C	813	medium thermal	0.37	2
4	D	813	medium thermal	0.35	2
5	E	813	medium thermal	0.4	2
6	F	813	medium thermal	0.73	2
1	A	366	loose thermal	1.88	10
2	B	366	loose thermal	1.44	10
3	C	366	loose thermal	1.55	10
4	D	366	loose thermal	1.57	10
5	E	366	loose thermal	1.49	10
6	F	366	loose thermal	1.96	10

LS精密化シェル

解像度: 3.106→3.273 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	364	-
R_work	0.369	7390	-
obs	-	-	90.48 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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