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Yorodumi- PDB-1yae: Structure of the Kainate Receptor Subunit GluR6 Agonist Binding D... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1yae | |||||||||
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Title | Structure of the Kainate Receptor Subunit GluR6 Agonist Binding Domain Complexed with Domoic Acid | |||||||||
Components | Glutamate receptor, ionotropic kainate 2 | |||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / kainate receptor / glutamate receptor | |||||||||
Function / homology | Function and homology information mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / regulation of JNK cascade ...mossy fiber rosette / detection of cold stimulus involved in thermoception / Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / inhibitory postsynaptic potential / glutamate receptor activity / regulation of JNK cascade / ubiquitin conjugating enzyme binding / receptor clustering / modulation of excitatory postsynaptic potential / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / neuronal action potential / behavioral fear response / positive regulation of synaptic transmission / glutamate-gated receptor activity / glutamate-gated calcium ion channel activity / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dendrite cytoplasm / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / regulation of membrane potential / SNARE binding / excitatory postsynaptic potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / terminal bouton / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of neuron apoptotic process / presynaptic membrane / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.11 Å | |||||||||
Authors | Nanao, M.H. / Green, T. / Stern-Bach, Y. / Heinemann, S.F. / Choe, S. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2005 Title: Structure of the kainate receptor subunit GluR6 agonist-binding domain complexed with domoic acid. Authors: Nanao, M.H. / Green, T. / Stern-Bach, Y. / Heinemann, S.F. / Choe, S. | |||||||||
History |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). THE AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. | |||||||||
Remark 999 | SEQUENCE TRANSMEMBRANE DOMAIN WAS REMOVED AND REPLACED WITH A HYDROPHILIC LINKER. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1yae.cif.gz | 316.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1yae.ent.gz | 254.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1yae.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1yae_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1yae_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 1yae_validation.xml.gz | 65.7 KB | Display | |
Data in CIF | 1yae_validation.cif.gz | 84 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/1yae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/1yae | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1ftkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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-Assembly
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