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- PDB-1xqp: Crystal structure of 8-oxoguanosine complexed Pa-AGOG, 8-oxoguani... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xqp
タイトルCrystal structure of 8-oxoguanosine complexed Pa-AGOG, 8-oxoguanine DNA glycosylase from Pyrobaculum aerophilum
要素8-oxoguanine DNA glycosylase
キーワードLYASE / Helix-hairpin-Helix / 8-oxoguanine DNA glycosylase / Archaea / P.aerophilum / Pa-AGOG-8-oxoguanosine complex / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair
類似検索 - 分子機能
N-glycosylase/DNA lyase-like / N-glycosylase/DNA lyase / N-glycosylase/DNA lyase / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / DNA glycosylase / Endonuclease III; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXY-8-OXOGUANOSINE / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum aerophilum (古細菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Lingaraju, G.M. / Sartori, A.A. / Kostrewa, D. / Prota, A.E. / Jiricny, J. / Winkler, F.K.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: A DNA glycosylase from Pyrobaculum aerophilum with an 8-oxoguanine binding mode and a noncanonical helix-hairpin-helix structure
著者: Lingaraju, G.M. / Sartori, A.A. / Kostrewa, D. / Prota, A.E. / Jiricny, J. / Winkler, F.K.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: A novel highly thermostable 8-oxoguanine DNA glycosylase from Pyrobaculum aerophilum
著者: Sartori, A.A. / Lingaraju, G.M. / Hunziker, P. / Winkler, F.K. / Jiricny, J.
履歴
登録2004年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Experimental preparation
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 8-oxoguanine DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0783
ポリマ－29,5111
非ポリマー5662
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.220, 98.110, 36.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-258-

8HG

詳細The biologically active unit is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 8-oxoguanine DNA glycosylase


分子量: 29511.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 遺伝子: Pa-AGOG / プラスミド: pET28C(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZVK6
#2: 化合物 ChemComp-8HG / 2'-DEOXY-8-OXOGUANOSINE / 8-OHdG


分子量: 283.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, HEPES-NaOH, NaCl, Dithio threitol, Dimethyl sulfoxide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月14日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Mirros / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→57.74 Å / Num. all: 28623 / Num. obs: 28623 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.69→1.8 Å / 冗長度: 6.12 % / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Num. unique all: 4548 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.69→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.829 / SU ML: 0.084 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22479 1452 5.1 %RANDOM
Rwork0.18258 ---
all0.18467 27180 --
obs0.18467 27180 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.831 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati sigma a0.114 Å0.115 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 40 227 2316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.9872925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.42834706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0365252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.61521.85697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.17115378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8311525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.21813
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21051
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.011.51643
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2041.5511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12822040
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93731098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7384.5885
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.388 104
Rwork0.304 1830

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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