PDB-1x39: Crystal structure of barley beta-D-glucan glucohydrolase isoenzym...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x39

タイトル

Crystal structure of barley beta-D-glucan glucohydrolase isoenzyme exo1 in complex with gluco-phenylimidazole

要素

beta-D-glucan exohydrolase isoenzyme ExoI

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / 2-domain fold / ligand-protein complex

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Hordeum vulgare (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hrmova, M. / Streltsov, V.A. / Smith, B.J. / Vasella, A. / Varghese, J.N. / Fincher, G.B.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural rationale for low-nanomolar binding of transition state mimics to a family GH3 beta-D-glucan glucohydrolase from barley.
著者: Hrmova, M. / Streltsov, V.A. / Smith, B.J. / Vasella, A. / Varghese, J.N. / Fincher, G.B.

履歴

登録	2005年5月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x39.cif.gz	154.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x39.ent.gz	117.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/1x39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1x38SC 1lq2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wln-d 3wlk-d 1x38-d 1j8v-d 1lq2-d 3wlm-d 1ieq-d 3wlj-d 3wll-d 1lw3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: beta-D-glucan exohydrolase isoenzyme ExoI

ヘテロ分子

68.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.991, 99.991, 184.386
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	beta-D-glucan exohydrolase isoenzyme ExoI / beta-D-glucan glucohydrolase isoenzyme exo1 分子量: 65054.082 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-602 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 株: cultivar clipper 参照: GenBank: 4566505, UniProt: Q9XEI3*PLUS, glucan 1,3-beta-glucosidase

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-xylopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 1230.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DXylpb1-2]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a212h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-5-1/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1_d6-f1_f2-g1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Xylp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)- ...

タイプ: oligosaccharide

オリゴ糖 / 分子量: 864.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DXylpb1-2DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a212h-1b_1-5]/1-2-1-3-4/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Xylp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 880分子

#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-IDE / (5R,6R,7S,8S)-3-(ANILINOMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDRO-5-(HYDROXYMETHYL)-IMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL / ANILINOMETHYL GLUCO-PHENYLIMIDAZOLE / アニリノメチルグルコイミダゾ-ル分子量: 305.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉N₃O₄
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.540508 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.259224 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: AMMONIUM SULPHATE, PEG 400, SODIUM ACETATE, HEPES-NAOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月20日 / 詳細: RH COATED SI MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.3 Å / Num. all: 87150 / Num. obs: 87150 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / R_merge(I) obs: 0.981 / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CCP4	モデル構築
REFMAC	精密化
CCP4	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X38

1x38

解像度: 1.8→48.3 Å / SU B: 3.228 / SU ML: 0.056 / Isotropic thermal model: isotropic and TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	4358	5 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
all	0.16	87042	-	-
obs	0.16	87042	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.558 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4566	0	230	874	5670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	1.264

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	316	-
R_work	0.207	-	-
obs	-	5952	98.72 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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