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万見
- PDB-1wur: Structure of GTP cyclohydrolase I Complexed with 8-oxo-dGTP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wur
タイトルStructure of GTP cyclohydrolase I Complexed with 8-oxo-dGTP
要素GTP cyclohydrolase I
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / BETA BARREL (Βバレル) / PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX / PTERIDINE (プテリジン) / TETRAHYDROBIOPTERIN (テトラヒドロビオプテリン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I activity / : / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / GTP binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I, conserved site / GTP cyclohydrolase I domain / GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I signature 1. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain ...GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I, conserved site / GTP cyclohydrolase I domain / GTP cyclohydrolase I, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I / GTP cyclohydrolase I signature 1. / GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP cyclohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Nakagawa, N. / Masui, R. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2005
タイトル: Novel reaction mechanism of GTP cyclohydrolase I. High-resolution X-ray crystallography of Thermus thermophilus HB8 enzyme complexed with a transition state analogue, the 8-oxoguanine derivative
著者: Tanaka, Y. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Masui, R.
履歴
登録2004年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP cyclohydrolase I
B: GTP cyclohydrolase I
C: GTP cyclohydrolase I
D: GTP cyclohydrolase I
E: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,80015
ポリマ－122,8575
非ポリマー2,94310
水7,512417
1
A: GTP cyclohydrolase I
B: GTP cyclohydrolase I
C: GTP cyclohydrolase I
D: GTP cyclohydrolase I
E: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子

A: GTP cyclohydrolase I
B: GTP cyclohydrolase I
C: GTP cyclohydrolase I
D: GTP cyclohydrolase I
E: GTP cyclohydrolase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,59930
ポリマ－245,71310
非ポリマー5,88620
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area58850 Å2
ΔGint-633 kcal/mol
Surface area56730 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)160.570, 110.560, 70.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Biological unit is a decamer generated from the symmetry operation with asymmetrical unit: (-x, y, -z)

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要素

#1: タンパク質
GTP cyclohydrolase I /


分子量: 24571.332 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SH52, GTP cyclohydrolase I
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-8DG / 8-OXO-2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 8-オキソdGTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 3.4% PEG400, 0.1M HEPES, 2.0M Ammonium sulfate, 15% glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. all: 103478 / Num. obs: 103478 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.82→1.89 Å / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→46.69 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.237 9983 RANDOM
Rwork0.206 --
all-99268 -
obs-99268 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→46.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7326 0 165 417 7908

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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