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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vro | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Selenium-Assisted Nucleic Acid Crystallography: Use of Phosphoroselenoates for MAD Phasing of a DNA Structure | |||||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Left-handed Z-DNA / phosphoroselenoate / multiwavelength anomalous dispersion (MAD) / covalent modification of oligonucleotides / oligonucleotide analogue / phasing strategy / synchrotron | 機能・相同性 | SPERMINE / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å | データ登録者 | Wilds, C.J. / Pattanayek, R. / Pan, C. / Wawrzak, Z. / Egli, M. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002 | タイトル: Selenium-Assisted Nucleic Acid Crystallography: Use of Phosphoroselenoates for MAD Phasing of a DNA Structure 著者: Wilds, C.J. / Pattanayek, R. / Pan, C. / Wawrzak, Z. / Egli, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vro.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vro.ent.gz | 18.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vro_validation.pdf.gz | 409.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vro_full_validation.pdf.gz | 410.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vro_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vro_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/1vro | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1873.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: synthesized with a solid-phase oligonucleotide synthesizer using DNA phosphoramidites and potassium selenocyanide for introducing the phosphoroselenoate linkage #2: 化合物 | ChemComp-SPM / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 5.98 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.5mM DNA, 4mM-15mM magnesium chloride, 50mM sodium cacodylate, 2mM-8mM spermine tetrahydrochloride and reservoir 30% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.0K | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9561, 0.9787, 0.9784 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月22日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.1→20 Å / Num. all: 10197 / Num. obs: 9718 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.47 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 22.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 7.47 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 15.85 / Num. unique all: 1802 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.1→20 Å / Num. parameters: 3005 / Num. restraintsaints: 5144 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Shelx-97
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原子変位パラメータ | Biso mean: 6.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
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拘束条件 |
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