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- PDB-1vq2: CRYSTAL STRUCTURE OF T4-BACTERIOPHAGE DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1vq2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF T4-BACTERIOPHAGE DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE, MUTANT R115E
要素DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dCMP deaminase / dCMP deaminase activity / nucleotide biosynthetic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxycytidylate deaminase / Deoxycytidylate deaminase domain / Deoxycytidylate deaminase-related / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. ...Deoxycytidylate deaminase / Deoxycytidylate deaminase domain / Deoxycytidylate deaminase-related / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIHYDRO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Deoxycytidylate deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Almog, R. / Maley, F. / Maley, G.F. / Maccoll, R. / Van Roey, P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Three-Dimensional Structure of the R115E Mutant of T4-Bacteriophage 2'-Deoxycytidylate Deaminase
著者: Almog, R. / Maley, F. / Maley, G.F. / Maccoll, R. / Van Roey, P.
履歴
登録2004年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年12月21日ID: 1TEO
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6384
ポリマ－21,1971
非ポリマー4413
水84747
1
A: DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE
ヘテロ分子

A: DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2768
ポリマ－42,3942
非ポリマー8826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area3870 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
2
A: DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,82824
ポリマ－127,1826
非ポリマー2,64618
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area19760 Å2
ΔGint-375 kcal/mol
Surface area38450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.528, 114.528, 76.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 DEOXYCYTIDYLATE DEAMINASE / DCMP DEAMINASE


分子量: 21197.041 Da / 分子数: 1 / 変異: R115E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: CD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16006, dCMP deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DDN / 3,4-DIHYDRO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / ((2R,3S,5R)-3-HYDROXY-5-(4-HYDROXY-2-OXO-3,4-DIHYDROPYRIMIDIN-1(2H)-YL)-TETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 310.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, DTT, sodium citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.286, 1.2809, 1.000
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2861
21.28091
311
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 15589 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS0.9精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→49.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2149024.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 1516 9.8 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 15537 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.97 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å23.68 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---1.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1320 0 22 47 1389
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.882.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 261 10.3 %
Rwork0.276 2266 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PDP_DHZ_OH.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMPDP_DHZ_OH.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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