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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uej | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 2 complexed with a substrate, cytidine | ||||||
![]() | Uridine-cytidine kinase 2 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ALPHA/BETA MONONUCLEOTIDE-BINDING HOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() uridine/cytidine kinase / CTP salvage / ribosylnicotinamide kinase activity / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding ...uridine/cytidine kinase / CTP salvage / ribosylnicotinamide kinase activity / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / phosphorylation / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Suzuki, N.N. / Koizumi, K. / Fukushima, M. / Matsuda, A. / Inagaki, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the specificity, catalysis, and regulation of human uridine-cytidine kinase 著者: Suzuki, N.N. / Koizumi, K. / Fukushima, M. / Matsuda, A. / Inagaki, F. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of human uridine-cytidine kinase 2 著者: Suzuki, N.N. / Koizumi, K. / Fukushima, M. / Matsuda, A. / Inagaki, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 473.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28262.994 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.82 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium citrate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 23533 / Num. obs: 23533 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.27 / Num. unique all: 2358 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1UDW 解像度: 2.61→37.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 982277.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.4696 Å2 / ksol: 0.374115 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.61→37.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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