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- PDB-1u5a: Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with 3,5-di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5a
タイトルPlasmodium falciparum lactate dehydrogenase complexed with 3,5-dihydroxy-2-naphthoic acid
要素L-lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,7-DIHYDROXY-2-NAPHTHOIC ACID / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Conners, R. / Cameron, A. / Read, J. / Schambach, F. / Sessions, R.B. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2005
タイトル: Mapping the binding site for gossypol-like inhibitors of Plasmodium falciparum lactate dehydrogenase.
著者: Conners, R. / Schambach, F. / Read, J. / Cameron, A. / Sessions, R.B. / Vivas, L. / Easton, A. / Croft, S.L. / Brady, R.L.
履歴
登録2004年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0512
ポリマ－34,8461
非ポリマー2041
水4,828268
1
A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,2028
ポリマ－139,3864
非ポリマー8174
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area16700 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area40550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.206, 85.263, 91.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the following operations and lattice translations: x,-y,-z/1,0,0 -x,y,-z/0,1,0 -x,-y,z/1,1,0

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要素

#1: タンパク質 L-lactate dehydrogenase / LDH-P


分子量: 34846.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: Lactate dehydrogenase / プラスミド: pKK223 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q27743, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-BIK / 3,7-DIHYDROXY-2-NAPHTHOIC ACID / 3,7-DIHYDROXYNAPHTHALENE-2-CARBOXYLIC ACID / 3,7-ジヒドロキシ-2-ナフトエ酸


分子量: 204.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, Hepes, Imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 29646 / Num. obs: 29208 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.8→1.94 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 5651 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDb entry 1LDG

1ldg


解像度: 1.8→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.213 / SU ML: 0.067 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17309 1461 5.1 %RANDOM
Rwork0.14533 ---
all0.14674 28671 --
obs0.14674 27210 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.749 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å20 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2314 0 15 268 2597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4241.9813184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08935119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2675297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3220.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.22456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21320
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2870.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7481.51507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33122425
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2593846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6634.5759
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.845 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.269 93
Rwork0.224 1837
obs-1837

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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