PDB-1u1f: Structure of e. coli uridine phosphorylase complexed to 5-(m-(ben...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u1f

タイトル

Structure of e. coli uridine phosphorylase complexed to 5-(m-(benzyloxy)benzyl)acyclouridine (BBAU)

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / PYRIMIDINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / URIDINE SALVAGE / UDP / 5-(m-(BENZYLOXY)BENZYL)ACYCLOURIDINE / BBAU

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bu, W. / Settembre, E.C. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structural basis for inhibition of Escherichia coli uridine phosphorylase by 5-substituted acyclouridines.
著者: Bu, W. / Settembre, E.C. / el Kouni, M.H. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2004年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u1f.cif.gz	291.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u1f.ent.gz	236.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1u1f_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1u1f_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	1u1f_validation.xml.gz	59.3 KB	表示
CIF形式データ	1u1f_validation.cif.gz	78.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u1cC 1u1dC 1u1eC 1u1gC 1tgv 1tgw PDB 未公開エントリ 1tgy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hn9-d 1u1d-d 1u1e-d 1rxu-1 1tgy-1 2rj3-d 4of4-1 4h1t-d 1rxs-4 4ip0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

168 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.557, 125.813, 141.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 90 - 220 / Label seq-ID: 93 - 223

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / E.C.2.4.2.3 / UrdPase / UPase 分子量: 27471.334 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP, B3831 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-183 / 1-((2-HYDROXYETHOXY)METHYL)-5-(3-(BENZYLOXY)BENZYL)PYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 5-[3-(ベンジルオキシ)ベンジル]-1-[(2-ヒドロキシエトキシ)メチル]ウラシル分子量: 382.410 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₂O₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 4000, MES, GLYCEROL, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月10日 / 詳細: OSMIC MULTILAYER-BLUE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 72892 / Num. obs: 72892 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
MOSFLM		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→48.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 7.897 / SU ML: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22751	5125	7.1 %	RANDOM
R_work	0.19887	-	-	-
all	0.20092	66733	-	-
obs	0.20092	66733	98.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.917 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.72 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11178	0	201	536	11915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	11570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.889	1.968	15706
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.741	5	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.161	0.2	5811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.141	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.098	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.095	1.5	7385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.187	2	11889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.362	3	4185
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.623	4.5	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	520	tight positional	0.01	0.05
2	B	520	tight positional	0.01	0.05
3	C	520	tight positional	0.01	0.05
4	D	520	tight positional	0.01	0.05
5	E	520	tight positional	0.01	0.05
6	F	520	tight positional	0.01	0.05
1	A	444	medium positional	0.12	0.5
2	B	444	medium positional	0.15	0.5
3	C	444	medium positional	0.11	0.5
4	D	444	medium positional	0.12	0.5
5	E	444	medium positional	0.26	0.5
6	F	444	medium positional	0.12	0.5
1	A	520	tight thermal	0.02	0.5
2	B	520	tight thermal	0.01	0.5
3	C	520	tight thermal	0.02	0.5
4	D	520	tight thermal	0.02	0.5
5	E	520	tight thermal	0.01	0.5
6	F	520	tight thermal	0.01	0.5
1	A	444	medium thermal	0.14	2
2	B	444	medium thermal	0.12	2
3	C	444	medium thermal	0.14	2
4	D	444	medium thermal	0.12	2
5	E	444	medium thermal	0.12	2
6	F	444	medium thermal	0.12	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.281	343
R_work	0.242	4771

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4427	-0.0064	0.3314	1.7259	-0.4298	1.1475	-0.0051	0.0901	-1.2454	-0.3381	0.1327	0.0352	0.2458	-0.0833	-0.1275	0.195	-0.0473	0.014	0.0196	0.0162	0.5342	46.8624	165.2312	52.9701
2	2.7652	0.4801	0.2616	1.6365	0.3641	0.834	0.087	-0.8477	-1.1578	0.2452	0.0116	-0.3283	0.1786	-0.1194	-0.0987	0.1586	-0.0276	-0.0488	0.3767	0.51	0.704	49.5615	161.5707	77.8847
3	2.4756	-0.4359	0.8701	2.3027	-0.3908	1.6628	-0.1272	0.3789	-0.0113	-0.5165	0.0645	-0.1621	-0.1071	0.2729	0.0627	0.2816	-0.0864	0.0292	0.0604	0.0132	0.0481	49.4222	193.8381	41.7775
4	2.5118	0.1624	-0.1531	2.0539	-0.2543	2.1973	-0.2437	-0.099	0.6288	-0.1459	0.157	0.1633	-0.4475	-0.2395	0.0866	0.2758	0.0386	-0.1154	0.0889	-0.0336	0.1704	42.7688	213.2441	56.9209
5	3.095	0.1283	0.724	1.9165	-0.3616	2.1503	-0.2752	-1.179	0.4906	0.5092	0.1077	-0.0144	-0.5117	-0.463	0.1675	0.4098	0.2462	-0.0861	0.7004	-0.2203	0.11	45.3848	209.1091	87.6005
6	2.1748	0.4436	0.6775	2.7118	0.3978	0.9705	0.0409	-1.5008	-0.3803	0.8965	0.0233	0.1302	-0.0452	-0.7286	-0.0642	0.434	0.093	0.0512	1.2361	0.3087	0.1327	42.5323	185.5404	96.7497

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 225	7 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	233 - 253	236 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 253	6 - 256
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	4 - 253	7 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 253	7 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 225	6 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	230 - 253	233 - 256
8	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	4 - 253	7 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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