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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tv2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the hydroxylamine MtmB complex | ||||||
要素 | Monomethylamine methyltransferase mtmB1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Tim barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylamine-corrinoid protein Co-methyltransferase / monomethylamine methyltransferase activity / methanogenesis / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanosarcina barkeri (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Hao, B. / Zhao, G. / Kang, P.T. / Soares, J.A. / Ferguson, T.K. / Gallucci, J. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2004 タイトル: Reactivity and chemical synthesis of L-pyrrolysine- the 22(nd) genetically encoded amino acid 著者: Hao, B. / Zhao, G. / Kang, P.T. / Soares, J.A. / Ferguson, T.K. / Gallucci, J. / Krzycki, J.A. / Chan, M.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tv2.cif.gz | 111.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tv2.ent.gz | 83.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tv2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tv2_validation.pdf.gz | 443.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tv2_full_validation.pdf.gz | 448.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tv2_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tv2_validation.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/1tv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/1tv2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50183.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Methanosarcina barkeri (古細菌) / 株: MS 参照: UniProt: O30642, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-BG5 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.1 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NACL, HEPES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.992 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.992 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 67189 / Num. obs: 67189 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3307 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1NTH 解像度: 2→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 311870.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.3925 Å2 / ksol: 0.395048 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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