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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tjj | ||||||
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タイトル | Human GM2 Activator Protein PAF complex | ||||||
![]() | Ganglioside GM2 activator | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / platelet activating factor / lipid binding pocket / beta-cup topology / protein dynamics | ||||||
機能・相同性 | ![]() sphingolipid activator protein activity / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosphingolipid catabolic process / maintenance of location in cell / lipid storage / lipid transporter activity / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / lipid transport ...sphingolipid activator protein activity / beta-N-acetylgalactosaminidase activity / glycosphingolipid catabolic process / maintenance of location in cell / lipid storage / lipid transporter activity / Glycosphingolipid catabolism / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / lipid transport / phospholipase activator activity / neuromuscular process controlling balance / lysosomal lumen / cytoplasmic side of plasma membrane / azurophil granule lumen / basolateral plasma membrane / learning or memory / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wright, C.S. / Mi, L.-Z. / Rastinejad, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evidence for lipid packaging in the crystal structure of the GM2-activator complex with platelet activating factor 著者: Wright, C.S. / Mi, L.-Z. / Rastinejad, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 17827.557 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 590分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/PFS.gif)
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![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/DAO.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/LPE.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/DAO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-IPA / #8: 化合物 | ChemComp-DAO / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: Peg4000, iso-propanol, Hepes buffer, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2003年8月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 45517 / Num. obs: 44841 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 29.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Mean I/σ(I) obs: 16 / Num. unique all: 4592 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.5801 Å2 / ksol: 0.352261 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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