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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1t7l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Cobalamin-Independent Methionine Synthase from T. maritima | ||||||
![]() | 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / TIM BARREL / HOMOCYSTEINE / METHYLTETRAHYDROFOLATE / ZINC | ||||||
機能・相同性 | ![]() 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity / methionine synthase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / methylation / zinc ion binding / extracellular region / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pejchal, R. / Ludwig, M.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cobalamin-independent methionine synthase (MetE): a face-to-face double barrel that evolved by gene duplication 著者: Pejchal, R. / Ludwig, M.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 306.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 251.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 490.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89410.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: METE, TM1286 / プラスミド: PET-151-D-TOPO / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9X112, 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: vapor batch, under oil / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, sodium acetate, ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR BATCH, UNDER OIL, temperature 295.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.91 Å / Num. all: 112572 / Num. obs: 112572 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.77 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.35 / Num. unique all: 14848 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: molecular replacement model derived from experimental model based on Se SAD phases
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.9798 Å2 / ksol: 0.363465 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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