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- PDB-1ser: THE 2.9 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF T. THERMOPHILUS SERYL-TRNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ser
タイトルTHE 2.9 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF T. THERMOPHILUS SERYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH TRNA SER
要素
  • PROTEIN (SERYL-TRNA SYNTHETASE (E.C.6.1.1.11))
  • TRNASER
キーワードLIGASE/RNA / PROTEIN-T-RNA COMPLEX / LIGASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine biosynthetic process / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / serine binding / tRNA binding / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Biou, S. / Cusack, V. / Yaremchuk, A. / Tukalo, M.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: The 2.9 A crystal structure of T. thermophilus seryl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Ser).
著者: Biou, V. / Yaremchuk, A. / Tukalo, M. / Cusack, S.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: Crystal Structures at 2.5 Angstroms Resolution of Seryl-tRNA Synthetase Complexed with Two Different Analogues of Seryl-Adenylate
著者: Belrhali, H. / Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Larsen, K. / Berthet-Colominas, C. / Leberman, R. / Beijer, B. / Sproat, B. / Als-Nielsen, J. / Grubel, G. / Legrand, J.-F. / Lehmann, M. / Cusack, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Crystal Structure of the Seryl-tRNA Synthetase from Thermus Thermophilus at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Fujinaga, M. / Berthet-Colominas, C. / Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Cusack, S.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of the Seryl-tRNA Synthetase: TRNA(Ser) Complex of Escherichia Coli
著者: Price, S. / Cusack, S. / Borel, F. / Berthet-Colominas, C. / Leberman, R.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1992
タイトル: A New Crystal Form of the Complex between Seryl-tRNA Synthetase and tRNA(Ser) from Thermus Thermophilus that Diffracts to 2.8 Angstroms Resolution
著者: Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Krikliviy, I. / Malchenko, N. / Biou, V. / Berthet- Colominas, C. / Cusack, S.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization of the Seryl-tRNA Synthetase-tRNA(Ser) Complex from Thermus Thermophilus
著者: Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Krikliviy, I. / Mel'nik, V.N. / Berthet-Colominas, C. / Cusack, S. / Leberman, R.
#6: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1991
タイトル: Sequence, Structural and Evolutionary Relationships between Class 2 Aminoacyl- tRNA Synthetases
著者: Cusack, S. / Hartlein, M. / Leberman, R.
#7: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Seryl-tRNA Synthetase from Escherichia Coli at 2.5 Angstroms Resolution: A Second Class of Synthetase Structure
著者: Cusack, S. / Berthet-Colominas, C. / Hartlein, M. / Nassar, N. / Leberman, R.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Crystals of Seryl-tRNA Synthetase from Thermus Thermophilus. Preliminary Crystallographic Data.
著者: Garber, M.B. / Yaremchuk, A.D. / Tukalo, M.A. / Egorova, S.P. / Berthet-Colominas, C. / Leberman, R.
履歴
登録1994年2月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues ...pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: TRNASER
A: PROTEIN (SERYL-TRNA SYNTHETASE (E.C.6.1.1.11))
B: PROTEIN (SERYL-TRNA SYNTHETASE (E.C.6.1.1.11))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,1453
ポリマ－126,1453
非ポリマー00
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.500, 128.900, 121.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 206 / 2: CIS PROLINE - PRO A 245 / 3: CIS PROLINE - PRO A 385 / 4: CIS PROLINE - PRO B 706 / 5: CIS PROLINE - PRO B 745 / 6: CIS PROLINE - PRO B 885
7: TRNA RIBOSES G 7, G 9, G 18, G 19, C 20, D 20A, G 20B, C 48, A 58 AND U 60 HAVE BEEN CONSTRAINED TO 2'ENDO PUCKER. ALL OTHERS ARE 3' ENDO.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.63067, -0.18036, -0.7548), (-0.17168, -0.91609, 0.36235), (-0.75683, 0.35811, 0.54679)
ベクター: 232.72008, 88.27364, 93.039)
詳細THE MATRIX PRESENTED IN *MTRIX* RECORDS BELOW IS THE ORTHOGONAL TRANSFORMATION TO GO FROM MONOMER 1 TO MONOMER 2 OF THE SYNTHETASE BASED ON SIMULTANEOUS SUPERPOSITION OF C-ALPHAS OF RESIDUES A 100 - 258 ON B 600 - 758 AND A 270 - 419 ON B 770 - 919.

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要素

#1: RNA鎖 TRNASER


分子量: 30387.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#2: タンパク質 PROTEIN (SERYL-TRNA SYNTHETASE (E.C.6.1.1.11))


分子量: 47878.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P34945
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF T. THERMOPHILUS SERYL-TRNA SYNTHETASE IS REPORTED IN REFERENCE 2 (SEE ABOVE).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.08 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
22.5 mMmagnesium chloride1drop
1ammonium sulfate1dropor sodium citrate

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Num. obs: 41675 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.067

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→10 Å / σ(F): 0.5
詳細: SERYL-TRNA SYNTHETASE IS A CLASS 2 AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE. SERYL-TRNA SYNTHETASE FROM T. THERMOPHILUS IS AN HOMO-DIMER WITH 421 RESIDUES PER SUBUNIT. MONOMER 1 (IDENTIFIER SST1) HAS ...詳細: SERYL-TRNA SYNTHETASE IS A CLASS 2 AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE. SERYL-TRNA SYNTHETASE FROM T. THERMOPHILUS IS AN HOMO-DIMER WITH 421 RESIDUES PER SUBUNIT. MONOMER 1 (IDENTIFIER SST1) HAS RESIDUES 1 - 421. RESIDUES 39 - 87 ARE ABSENT IN THE ELECTRON DENSITY OF THIS STRUCTURE DUE TO DISORDER. RESIDUES 261 - 264 ARE ABSENT FROM THE ELECTRON DENSITY BUT ARE INCLUDED IN THE MODEL WITZ ZERO OCCUPANCY MONOMER 2 (IDENTIFIER SST2) HAS RESIDUES 501 - 921. THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN B (MONOMER 2) WHEN APPLIED TO CHAIN A (MONOMER 1). THERE IS ONLY ONE TRNA MOLECULE (IDENTIFIER TRN1) COMPLEXED WITH THE DIMERIC SYNTHETASE IN THIS STRUCTURE. THIS IS DESIGNATED TRNASER2 WITH ANTICODON GGA AND IT CONTAINS 94 NUCLEOTIDES. NUCLEOTIDES ARE NUMBERED 1 - 16, 18 - 20, 20A, 20B, 21 - 47, 47A - 47Q, 48 - 76. NUCLEOTIDES 45 - 47Q CONSTITUTE THE LONG VARIABLE ARM OF THE TRNA. THE SEQUENCE IS (APART FROM MODIFIED BASES): GUA 001 GUA 002 ADE 003 GUA 004 ADE 005 GUA 006 GUA 007 URI 008 GUA 009 CYT 010 CYT 011 CYT 012 GUA 013 ADE 014 GUA 015 URI 016 GUA 018 GUA 019 CYT 020 DHU 20A GUA 20B ADE 021 ADE 022 GUA 023 GUA 024 GUA 025 ADE 026 CYT 027 ADE 028 CYT 029 GUA 030 ADE 031 CYT 032 URI 033 GUA 034 GUA 035 ADE 036 ADE 037 ADE 038 URI 039 CYT 040 GUA 041 URI 042 GUA 043 URI 044 ADE 045 GUA 046 GUA 047 GUA 47A GUA 47B GUA 47C GUA 47D CYT 47E URI 47F URI 47G ADE 47H ADE 47I ADE 47J CYT 47K CYT 47L URI 47M CYT 47N CYT 47O CYT 47P URI 47Q CYT 048 GUA 049 CYT 050 GUA 051 GUA 052 GUA 053 THY 054 PSU 055 CYT 056 GUA 057 ADE 058 ADE 059 URI 060 CYT 061 CYT 062 CYT 063 GUA 064 CYT 065 CYT 066 CYT 067 URI 068 CYT 069 URI 070 CYT 071 CYT 072 GUA 073 CYT 074 CYT 075 ADE 076 IN THE CRYSTAL STRUCTURE SIGNIFICANT PARTS OF THE TRNA ARE MISSING FROM THE ELECTRON DENSITY DUE TO DISORDER. THEREFORE COORDINATES ARE NOT GIVEN FOR NUCLEOTIDES 1 - 3, 26 - 41, 47E - 47J, 72 - 76. TRNA RIBOSES G 7, G 9, G 18, G 19, C 20, D 20A, G 20B, C 48, A 58 AND U 60 HAVE BEEN CONSTRAINED TO 2'ENDO PUCKER. ALL OTHERS ARE 3' ENDO.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.194 --
obs0.194 39713 92.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6355 1381 0 44 7780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0.5 / Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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