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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s3f | ||||||
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タイトル | Purine 2'-deoxyribosyltransferase + selenoinosine | ||||||
![]() | purine trans deoxyribosylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / selenoinosine complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Anand, R. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of purine 2'-deoxyribosyltransferase, substrate complexes, and the ribosylated enzyme intermediate at 2.0 A resolution. 著者: Anand, R. / Kaminski, P.A. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18733.189 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 100mM tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 170 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 35106 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.256 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.8318 Å2 / ksol: 0.373143 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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