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- PDB-1s36: Crystal structure of a Ca2+-discharged photoprotein: Implications... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1s36
タイトルCrystal structure of a Ca2+-discharged photoprotein: Implications for the mechanisms of the calcium trigger and the bioluminescence
要素Obelin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Photoprotein / obelin / bioluminescence / calcium binding / EF-hand / aequorin / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / EF hand / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...: / EF hand / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of a Ca2+-discharged photoprotein: implications for mechanisms of the calcium trigger and bioluminescence
著者: Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Structure of the Ca2+-regulated photoprotein obelin at 1.7 resolution determined directly from its sulfur substructure
著者: Liu, Z.-J. / Vysotski, E.S. / Chen, C.-J. / Rose, J. / Lee, J. / Wang, B.-C.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Preparation and preliminary study of crystals of the recombinant calcium-regulated photoprotein obelin from the bioluminescent hydroid Obelia longissima
著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Rose, J. / Wang, B.-C. / Lee, J.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: Structural basis for the emission of violet bioluminescence from a W92F obelin mutant
著者: Deng, L. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Markova, S.V. / Malikova, N.P. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Violet Bioluminescence and Fast Kinetics from W92F Obelin: Structure-Based Proposals for the Bioluminescence Triggering and the Identification of the Emitting Species
著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Markova, S.V. / Blinks, J. / Deng, L. / Frank, L.A. / Herko, M. / Malikova, N.P. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Lee, J.
#5: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: Atomic resolution structure of obelin: Soaking with calcium enhances electron density of the second oxygen atom substituted at the C2-position of coelenterazine
著者: Liu, Z.-J. / Vysotski, E.S. / Deng, L. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C.
#6: ジャーナル: To be Published
タイトル: Preparation and X-ray Crystallographic Analysis of the Ca2+-discharged Photoprotein Obelin
著者: Deng, L. / Markova, S.V. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.-J. / Lee, J. / Rose, J. / Wang, B.-C.
履歴
登録2004年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7785
ポリマ－22,2161
非ポリマー5624
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.445, 53.445, 144.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Obelin / OBL


分子量: 22215.869 Da / 分子数: 1 / 変異: W92F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / プラスミド: pET19b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q27709

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非ポリマー , 5種, 149分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CEI / N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE / COELENTERAMIDE


分子量: 411.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H21N3O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: modified microbatch / pH: 7.5
詳細: 1.5 M tri-sodium citrate, 0.1 M Na-HEPES, pH 7.5, modified microbatch, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月20日 / 詳細: Rigaku/msc HiRes2
放射モノクロメーター: Confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→72.46 Å / Num. obs: 15775 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.91 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 9.37
反射 シェル解像度: 1.96→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique all: 1982 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 0.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
LSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JF2

1jf2


解像度: 1.96→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 3.274 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25922 780 5 %RANDOM
Rwork0.22278 ---
obs0.22459 14823 98.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.388 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1489 0 39 145 1673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211568
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.9172115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9245183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1330.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6981.5917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28821472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1563651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4214.5643
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.957→2.008 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.22 75
Rwork0.154 985
obs-1060

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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