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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s2c | ||||||
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タイトル | Crystal structures of prostaglandin D2 11-ketoreductase in complex with the non-steroidal anti-inflammatory drugs flufenamic acid and indomethacin | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase family 1 member C3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TIM-Barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / testosterone 17beta-dehydrogenase (NADP+) / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / macromolecule metabolic process / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / 3alpha(17beta)-hydroxysteroid dehydrogenase (NAD+) / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / : / cellular response to jasmonic acid stimulus / regulation of testosterone biosynthetic process / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / testosterone biosynthetic process / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / RA biosynthesis pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cyclooxygenase pathway / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / bile acid binding / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to nutrient / Retinoid metabolism and transport / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Lovering, A.L. / Ride, J.P. / Bunce, C.M. / Desmond, J.C. / Cummings, S.M. / White, S.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2004 タイトル: Crystal structures of prostaglandin D(2) 11-ketoreductase (AKR1C3) in complex with the nonsteroidal anti-inflammatory drugs flufenamic acid and indomethacin. 著者: Lovering, A.L. / Ride, J.P. / Bunce, C.M. / Desmond, J.C. / Cummings, S.M. / White, S.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s2c.cif.gz | 86.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s2c.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s2c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1s2c_validation.pdf.gz | 598.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1s2c_full_validation.pdf.gz | 597.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1s2c_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1s2c_validation.cif.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/1s2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/1s2c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37967.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P42330, EC: 1.1.1.213, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.93 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→52.7 Å / Num. all: 32180 / Num. obs: 32084 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 4459 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 98.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 48 Å / Num. measured all: 141396 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.1 % / Num. unique obs: 4459 / Num. measured obs: 12414 / Rmerge(I) obs: 0.256 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: 1S1P 解像度: 1.8→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.095 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.205 / Rfactor Rwork: 0.168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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