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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rsc | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF AN EFFECTOR INDUCED INACTIVATED STATE OF RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE(SLASH)OXYGENASE: THE BINARY COMPLEX BETWEEN ENZYME AND XYLULOSE BISPHOSPHATE | ||||||
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![]() | LYASE (CARBON-CARBON) | ||||||
機能・相同性 | ![]() carboxysome / photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Newman, J. / Gutteridge, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an effector-induced inactivated state of ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase: the binary complex between enzyme and xylulose 1,5-bisphosphate. 著者: Newman, J. / Gutteridge, S. #1: ![]() タイトル: The X-Ray Structure of Synechococcus Ribulose Bisphosphate Carboxylase(Slash)Oxygenase Activate Quaternary Complex at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Newman, J. / Gutteridge, S. #2: ![]() タイトル: Structure Determination and Refinement of Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase(Slash)Oxygenase from Synechococcus Pcc6301 著者: Newman, J. / Branden, C.-I. / Jones, T.A. #3: ![]() タイトル: The Purification and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Recombinant Synechococcus Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase(Slash)Oxygenase from E. Coli 著者: Newman, J. / Gutteridge, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET S1 IN *SHEET RECORDS BELOW IS THE L-SUBUNIT N-TERMINAL SHEET. S2 IN *SHEET* RECORDS BELOW IS ...SHEET S1 IN *SHEET RECORDS BELOW IS THE L-SUBUNIT N-TERMINAL SHEET. S2 IN *SHEET* RECORDS BELOW IS THE L-SUBUNIT C-TERM DOMAIN SHEET. S3 IN *SHEET* RECORDS BELOW IS THE S-SUBUNIT SHEET. THIS SHEET IS +1, -2X, -1. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 878.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 726.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 534.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 621.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 141.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THERE ARE 7 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATORS, AND THESE MUST BE USED TO GENERATE THE ENTIRE L8S8 MOLECULE. THE FORMAT OF THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS IS FROM X-PLOR, THUS THE SYMMETRY RELATED CHAINS ARE GENERATED BY: R'=R*R + T, R = ROTATION MATRIX, T = TRANSLATION. THESE ARE THE ROTATION/TRANSLATION COMPONENTS TO MAP AN LS MONOMER (AM) ONTO THE REST OF THE MOLECULE. THESE MATRICES WERE OBTAINED FROM X-PLOR AFTER REFINEMENT OF THE WHOLE L8S8 920710. MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES 1 A 9 - 475 B 9 - 475 1 M 2 - 51 I 2 - 51 1 M 59 - 122 I 59 - 122 2 A 9 - 475 C 9 - 475 2 M 2 - 51 N 2 - 51 2 M 59 - 122 N 59 - 122 3 A 9 - 475 D 9 - 475 3 M 2 - 51 J 2 - 51 3 M 59 - 122 J 59 - 122 4 A 9 - 475 E 9 - 475 4 M 2 - 51 O 2 - 51 4 M 59 - 122 O 59 - 122 5 A 9 - 475 F 9 - 475 5 M 2 - 51 F 2 - 51 5 M 59 - 122 F 59 - 122 6 A 9 - 475 G 9 - 475 6 M 2 - 51 P 2 - 51 6 M 59 - 122 P 59 - 122 7 A 9 - 475 H 9 - 475 7 M 2 - 51 L 2 - 51 7 M 59 - 122 L 59 - 122 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52516.605 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 6301 / 細胞株: S2 / 参照: UniProt: P00880, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 13350.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 6301 / 細胞株: S2 / 参照: UniProt: P04716, ribulose-bisphosphate carboxylase #3: 糖 | ChemComp-XBP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 145750 / % possible obs: 65 % / Num. measured all: 601269 / Rmerge(I) obs: 0.157 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.255 / Rfactor obs: 0.255 / 最高解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 7 Å / Num. reflection all: 141681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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