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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rqy | ||||||||||||||||||
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タイトル | 9-amino-[N-(2-dimethylamino)proply]-acridine-4-carboxamide bound to d(CGTACG)2 | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(CP*キーワード | DNA / B-DNA / cytosine exchange / quadruplex / acridine / unusual intercalation | 機能・相同性 | Chem-7AD / : / DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 精密化 / 解像度: 1.55 Å | データ登録者 | Adams, A. / Guss, J.M. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P. | 引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 | タイトル: Structure of 9-amino-[N-(2-dimethylamino)propyl]acridine-4-carboxamide bound to d(CGTACG)(2): a comparison of structures of d(CGTACG)(2) complexed with intercalatorsin the presence of cobalt. 著者: Adams, A. / Guss, J.M. / Denny, W.A. / Wakelin, L.P. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rqy.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rqy.ent.gz | 11.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rqy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rqy_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rqy_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1rqy_validation.xml.gz | 3.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rqy_validation.cif.gz | 4.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/1rqy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rq/1rqy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1fn1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium cacodylate, magnesium acetate, cobalt chloride, spermine, MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年3月18日 / 詳細: focusing mirror optics |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→40 Å / Num. all: 4786 / Num. obs: 4786 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 383 / Rsym value: 0.26 / % possible all: 81.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 精密化 開始モデル: PDB entry 1FN1 解像度: 1.55→40 Å / Num. parameters: 1235 / Num. restraintsaints: 2833 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 269.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.6 Å /
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