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- PDB-1rqi: Active Conformation of Farnesyl Pyrophosphate Synthase Bound to I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rqi
タイトルActive Conformation of Farnesyl Pyrophosphate Synthase Bound to Isopentyl Pyrophosphate and Dimethylallyl S-Thiolodiphosphate
要素Geranyltranstransferase(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / isoprenyl synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / prenyltransferase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / ISOPENTYL PYROPHOSPHATE / Farnesyl diphosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Hosfield, D.J. / Zhang, Y. / Dougan, D.R. / Brooun, A. / Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Finn, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for bisphosphonate-mediated inhibition of isoprenoid biosynthesis
著者: Hosfield, D.J. / Zhang, Y. / Dougan, D.R. / Brooun, A. / Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Finn, J.
履歴
登録2003年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年10月2日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranyltranstransferase
B: Geranyltranstransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,87813
ポリマ－64,5372
非ポリマー1,34011
水4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area20900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.839, 88.839, 174.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Geranyltranstransferase / (2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ / Farnesyl-diphosphate synthase / FPP synthase


分子量: 32268.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ISPA, B0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P22939, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

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非ポリマー , 5種, 248分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DST / DIMETHYLALLYL S-THIOLODIPHOSPHATE / DMASPP / DMAPP / DMADP / Dimethylallyl pyrophosphate / dimethylallyl diphosphate / isoprenyl pyrophosphate / りん酸3-メチル-2-ブテニルチオホスホニル / ジメチルアリル二リン酸


分子量: 262.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O6P2S
#4: 化合物 ChemComp-IPR / ISOPENTYL PYROPHOSPHATE / 二りん酸α-イソペンチル


分子量: 248.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14O7P2
#5: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト / ピロリン酸塩


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: nanoliter sitting drop vapor diffusion / pH: 6
詳細: MPEG 2000, HEPES, pH 6, Nanoliter Sitting Drop Vapour Diffusion, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Hosfield, D., (2003) J. Struct. Biol., 142, 207.

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データ収集

回折平均測定温度: 97 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月11日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. all: 27547 / Num. obs: 26473 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 93.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 194920 / Rmerge(I) obs: 0.1
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.2 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 8.369 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25928 1343 5.1 %RANDOM
Rwork0.20318 ---
obs0.20604 25126 100 %-
all-26469 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4544 0 71 237 4852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7421.9916321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.809310061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2535596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2230.25308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22863
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2760.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3940.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4051.52976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79424738
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3431692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3554.51583
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.483 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 88
Rwork0.24 1752
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6648-0.1037-0.05120.8062-0.07531.1230.00650.02850.0108-0.1037-0.01820.0012-0.0114-0.03660.01180.03250.0002-0.00470.0269-0.00960.031965.766165.060910.6183
20.5136-0.0678-0.15390.44690.07961.05890.0037-0.06940.04880.0376-0.014-0.011-0.04190.03340.01030.0193-0.0093-0.02340.0247-0.01250.056568.112766.942342.5715
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA22 - 3202 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2BB23 - 3203 - 300
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.742

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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