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万見
- PDB-1rgb: Phospholipase A2 from Vipera ammodytes meridionalis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rgb
タイトルPhospholipase A2 from Vipera ammodytes meridionalis
要素Phospholipase A2
キーワードHYDROLASE / Phospholipase A2 / Neurotoxin / Elaidoylamide
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / killing of cells of another organism / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(9E)-OCTADEC-9-ENAMIDE / Basic phospholipase A2 vipoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Vipera ammodytes meridionalis (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Georgieva, D.N.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2004
タイトル: Asp49 phospholipase A(2)-elaidoylamide complex: a new mode of inhibition.
著者: Georgieva, D.N. / Rypniewski, W. / Gabdoulkhakov, A. / Genov, N. / Betzel, C.
履歴
登録2003年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月3日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A2
B: Phospholipase A2
K: Phospholipase A2
L: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9506
ポリマ－55,3874
非ポリマー5632
水00
1
A: Phospholipase A2
B: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9753
ポリマ－27,6942
非ポリマー2811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
2
K: Phospholipase A2
L: Phospholipase A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9753
ポリマ－27,6942
非ポリマー2811
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.568, 82.670, 119.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Phospholipase A2 / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase / Vipoxin non-toxic component / Vipoxin B chain


分子量: 13846.822 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vipera ammodytes meridionalis (ヘビ) / Secretion: venom / 生物種: Vipera ammodytes / 株: meridionalis / 参照: UniProt: P14420, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-ELD / (9E)-OCTADEC-9-ENAMIDE / ELAIDOYLAMIDE


分子量: 281.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H35NO
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG-8000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.3→19.53 Å / Num. obs: 6922

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→19.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 995111.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 349 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 6922 94.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.6522 Å2 / ksol: 0.125113 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.7 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3852 0 40 0 3892
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.622
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it13.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it16.232.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 64 5.9 %
Rwork0.309 1030 -
obs--93 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2OLA1.PARAMOLA1.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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