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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rdj | ||||||
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タイトル | MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH BETA-METHYL-L-FUCOPYRANOSIDE | ||||||
![]() | MANNOSE-BINDING PROTEIN-C | ||||||
![]() | LECTIN / C-TYPE LECTIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Lectin pathway of complement activation / Initial triggering of complement / positive regulation of opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / complement activation, lectin pathway / positive regulation of complement activation / galactose binding / negative regulation of viral process / positive regulation of protein processing / killing by host of symbiont cells ...Lectin pathway of complement activation / Initial triggering of complement / positive regulation of opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / complement activation, lectin pathway / positive regulation of complement activation / galactose binding / negative regulation of viral process / positive regulation of protein processing / killing by host of symbiont cells / collagen trimer / surfactant homeostasis / serine-type endopeptidase complex / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / D-mannose binding / positive regulation of phagocytosis / antiviral innate immune response / multivesicular body / complement activation, classical pathway / calcium-dependent protein binding / protease binding / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / signaling receptor binding / calcium ion binding / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ng, K.K.-S. / Drickamer, K. / Weis, W.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of monosaccharide recognition by rat liver mannose-binding protein. 著者: Ng, K.K. / Drickamer, K. / Weis, W.I. #1: ![]() タイトル: Structure of a C-Type Mannose-Binding Protein Complexed with an Oligosaccharide 著者: Weis, W.I. / Drickamer, K. / Hendrickson, W.A. #2: ![]() タイトル: Structure of the Calcium-Dependent Lectin Domain from a Rat Mannose-Binding Protein Determined by MAD Phasing 著者: Weis, W.I. / Kahn, R. / Fourme, R. / Drickamer, K. / Hendrickson, W.A. #3: ![]() タイトル: Physical Characterization and Crystallization of the Carbohydrate-Recognition Domain of a Mannose-Binding Protein from Rat 著者: Weis, W.I. / Crichlow, G.V. / Murthy, H.M.K. / Hendrickson, W.A. / Drickamer, K. #4: ![]() タイトル: Differential Recognition of Core and Terminal Portions of Oligosaccharide Ligands by Carbohydrate-Recognition Domains of Two Mannose-Binding Proteins 著者: Childs, R.A. / Feizi, T. / Yuen, C.-T. / Drickamer, K. / Quesenberry, M.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 1 191 / 2: CIS PROLINE - PRO 2 191 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.999806, 0.014028, 0.013807), ベクター: 詳細 | MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 1 115 .. 1 225 2 115 .. 2 225 0.254 | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12675.127 Da / 分子数: 2 / 断片: SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: THE BACTERIALLY EXPRESSED MATERIAL IS DIGESTED WITH SUBTILISIN TO PRODUCE THE PROTEIN USED IN THE CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS 器官: LIVER / プラスミド: PINIIIOMPA2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4, 20% MPD USED AS A CRYOPROTECTANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月2日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 23087 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.049 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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