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- PDB-1rdi: MANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rdi
タイトルMANNOSE-BINDING PROTEIN, SUBTILISIN DIGEST FRAGMENT COMPLEX WITH ALPHA-METHYL-L-FUCOPYRANOSIDE
要素MANNOSE-BINDING PROTEIN-C
キーワードLECTIN / C-TYPE LECTIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Lectin pathway of complement activation / Initial triggering of complement / positive regulation of opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / complement activation, lectin pathway / positive regulation of complement activation / galactose binding / negative regulation of viral process / positive regulation of protein processing / killing by host of symbiont cells ...Lectin pathway of complement activation / Initial triggering of complement / positive regulation of opsonization / cell surface pattern recognition receptor signaling pathway / complement activation, lectin pathway / positive regulation of complement activation / galactose binding / negative regulation of viral process / positive regulation of protein processing / killing by host of symbiont cells / collagen trimer / surfactant homeostasis / serine-type endopeptidase complex / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / D-mannose binding / complement activation, classical pathway / positive regulation of phagocytosis / antiviral innate immune response / multivesicular body / calcium-dependent protein binding / protease binding / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / signaling receptor binding / calcium ion binding / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Collectin, C-type lectin-like domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. ...: / Collectin, C-type lectin-like domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl alpha-L-fucopyranoside / Mannose-binding protein C
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ng, K.K.-S. / Drickamer, K. / Weis, W.I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Structural analysis of monosaccharide recognition by rat liver mannose-binding protein.
著者: Ng, K.K. / Drickamer, K. / Weis, W.I.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Structure of a C-Type Mannose-Binding Protein Complexed with an Oligosaccharide
著者: Weis, W.I. / Drickamer, K. / Hendrickson, W.A.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Structure of the Calcium-Dependent Lectin Domain from a Rat Mannose-Binding Protein Determined by MAD Phasing
著者: Weis, W.I. / Kahn, R. / Fourme, R. / Drickamer, K. / Hendrickson, W.A.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Physical Characterization and Crystallization of the Carbohydrate-Recognition Domain of a Mannose-Binding Protein from Rat
著者: Weis, W.I. / Crichlow, G.V. / Murthy, H.M.K. / Hendrickson, W.A. / Drickamer, K.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Differential Recognition of Core and Terminal Portions of Oligosaccharide Ligands by Carbohydrate-Recognition Domains of Two Mannose-Binding Proteins
著者: Childs, R.A. / Feizi, T. / Yuen, C.-T. / Drickamer, K. / Quesenberry, M.S.
履歴
登録1995年9月5日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: MANNOSE-BINDING PROTEIN-C
2: MANNOSE-BINDING PROTEIN-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9029
ポリマ－25,3502
非ポリマー5527
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.700, 75.100, 57.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 1 191 / 2: CIS PROLINE - PRO 2 191
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.999787, 0.016877, 0.011914), (0.017113, -0.999654, -0.019969), (0.011573, 0.020168, -0.99973)
ベクター: -0.3965, 37.4619, 6.327)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 1 115 .. 1 225 2 115 .. 2 225 0.267

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要素

#1: タンパク質 MANNOSE-BINDING PROTEIN-C / SUB-MBP-C


分子量: 12675.127 Da / 分子数: 2 / 断片: SUBTILISIN FRAGMENT (RESIDUES 114 - 226) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
解説: THE BACTERIALLY EXPRESSED MATERIAL IS DIGESTED WITH SUBTILISIN TO PRODUCE THE PROTEIN USED IN THE CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS
器官: LIVER / プラスミド: PINIIIOMPA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08661
#2: 糖 ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / メチルα-L-フコピラノシド


タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O5
識別子タイププログラム
LFucp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-a-L-fucoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4, 20% MPD USED AS A CRYOPROTECTANT
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112-20 mg/mlprotein1drop
2110 mMTris-HCl1drop
324 mM1dropCaCl2
411-14 %(w/v)PEG80001drop
5100 mM1dropNaCl
62 mM1dropNaN3
711-14 %(w/v)PEG80001reservoir
8100 mMTris-HCl1reservoir
9100 mM1reservoirNaCl
102 mM1reservoirNaN3
1112 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月8日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 24379 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 -10 %
Rwork0.196 --
obs0.196 20202 97.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 20.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 0 29 284 2075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it11.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.42.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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