[日本語] English
万見
- PDB-1r20: Crystal structure of the ligand-binding domains of the heterodime... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1r20
タイトルCrystal structure of the ligand-binding domains of the heterodimer EcR/USP bound to the synthetic agonist BYI06830
要素
  • ECDYSONE RECEPTOR
  • ULTRASPIRACLE PROTEIN
キーワードhormone/growth factor receptor / NUCLEAR RECEPTOR / HETERODIMER / ALPHA-HELICAL SANDWICH / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics / hormone-growth factor receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / bile acid signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / bile acid signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of inflammatory response / nuclear receptor activity / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPH / Chem-HWG / Ecdysone receptor / Gene regulation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Heliothis virescens (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Billas, I.M.L. / Iwema, T. / Garnier, J.M. / Mitschler, A. / Rochel, N. / Moras, D. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Structural adaptability in the ligand-binding pocket of the ecdysone hormone receptor.
著者: Billas, I.M.L. / Iwema, T. / Garnier, J.M. / Mitschler, A. / Rochel, N. / Moras, D.
履歴
登録2003年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999sequence no suitable sequence database reference was available for chains A or D, at the time of ...sequence no suitable sequence database reference was available for chains A or D, at the time of processing this file. In chain D the following residues were mutated compared to the wild- type protein: W303Y, A361S, L456S, C483S.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ULTRASPIRACLE PROTEIN
D: ECDYSONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2654
ポリマ－60,1582
非ポリマー1,1062
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
2
A: ULTRASPIRACLE PROTEIN
D: ECDYSONE RECEPTOR
ヘテロ分子

A: ULTRASPIRACLE PROTEIN
D: ECDYSONE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5308
ポリマ－120,3174
非ポリマー2,2134
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area11510 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area40320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.429, 149.429, 61.058
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

-
要素

#1: タンパク質 ULTRASPIRACLE PROTEIN


分子量: 29951.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / プラスミド: pACYC11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIF6
#2: タンパク質 ECDYSONE RECEPTOR


分子量: 30206.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Heliothis virescens (蝶・蛾) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O18473
#3: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-HWG / N-(TERT-BUTYL)-3,5-DIMETHYL-N'-[(5-METHYL-2,3-DIHYDRO-1,4-BENZODIOXIN-6-YL)CARBONYL]BENZOHYDRAZIDE / 3,5-DIMETHYL-BENZOIC ACID N-TERT-BUTYL-N'-(5-METHYL-2,3-DIHYDRO-BENZO[1,4]DIOXINE-6-CARBONYL)-HYDRAZIDE / BYI6830 / BYI-06830


分子量: 396.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N2O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 1000, PEG 8000, MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 24 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMTris1droppH8.0
2100 mM1dropNaCl
3100 mM1dropKCl
44 mMCHAPS1drop
52 %(v/v)glycerol1drop
64-6 mg/mlprotein1drop
710 %PEG10001reservoir
810 %PEG80001reservoir
90.3 M1reservoirMgCl2
100.1 MHEPES1reservoirpH7.5

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-410.9393
シンクロトロンESRF ID14-420.9393
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年3月12日
ADSC QUANTUM 42CCD2002年6月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→15 Å / Num. all: 15421 / Num. obs: 15421 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.072
反射 シェル解像度: 3→3.07 Å / Rsym value: 0.355 / % possible all: 85.6
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 冗長度: 8.3 % / Num. measured all: 127854 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % possible obs: 85.6 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.289 1532 RANDOM
Rwork0.244 --
all0.244 15830 -
obs0.244 15108 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3717 0 78 11 3806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.24

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る