+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qud | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | L99G MUTANT OF T4 LYSOZYME | ||||||
![]() | PROTEIN (LYSOZYME) | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Wray, J. / Baase, W.A. / Lindstrom, J.D. / Poteete, A.R. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of a non-contiguous second-site revertant in T4 lysozyme shows that increasing the rigidity of a protein can enhance its stability. 著者: Wray, J.W. / Baase, W.A. / Lindstrom, J.D. / Weaver, L.H. / Poteete, A.R. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7A Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Second-site Revertants of an Inactive T4 Lysozyme Mutant Restore Activity Structuring the Active Site Cleft 著者: Poteete, A.R. / Sun, D.P. / Nicholson, H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 33.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 432.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18344.996 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, L99G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / プラスミド: M13 PHS1403 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEZ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.1 / PH range high: 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 49752 / Num. obs: 20715 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.88 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Num. unique all: 3808 / % possible all: 89 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.75→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT /
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
| ||||||||||||
拘束条件 |
|