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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qte | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE 70 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT70 FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.90 A RESOLUTION IN COMPLEX WITH A 1,6-ANHYDROMUROTRIPEPTIDE | ||||||
要素 | SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE SLT70 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ALPHA-SUPERHELIX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lytic endotransglycosylase activity / : / lytic transglycosylase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | van Asselt, E.J. / Thunnissen, A.-M.W.H. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: High resolution crystal structures of the Escherichia coli lytic transglycosylase Slt70 and its complex with a peptidoglycan fragment. 著者: van Asselt, E.J. / Thunnissen, A.M. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qte.cif.gz | 155 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qte.ent.gz | 124.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qte.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qte_validation.pdf.gz | 882.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qte_full_validation.pdf.gz | 883.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qte_validation.xml.gz | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qte_validation.cif.gz | 51.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/1qte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qt/1qte | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 70544.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COMPLEXED WITH 1,6-ANHYDROMUROTRIPEPTIDE, DAL-ALA-AH0 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: PIR: S56616, UniProt: P0AGC3*PLUS, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 7種, 895分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-ALA / | #6: 化合物 | ChemComp-DAL / | #7: 化合物 | ChemComp-AH0 / | #8: 化合物 | ChemComp-GOL / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: SODIUM ACETATE, AMMONIUM SULFATE, SODIUM AZIDE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Rozeboom, H.J., (1990) J. Mol. Biol., 212, 557. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1995年4月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 57525 / % possible obs: 79.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / % possible all: 64.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 193873 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: USED RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME, BULK SOLVENT MODEL, AND ANISOTROPIC B-FACTOR SCALING
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 12
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 56504 / Rfactor obs: 0.172 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.22 |