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- PDB-1qq3: THE SOLUTION STRUCTURE OF THE HEME BINDING VARIANT ARG98CYS OF OX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qq3
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF THE HEME BINDING VARIANT ARG98CYS OF OXIDIZED ESCHERICHIA COLI CYTOCHROME B562
要素CYTOCHROME B562
キーワードELECTRON TRANSPORT / FOUR HELIX BUNDLE / HEMOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME B/C / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, ENERGY MINIMIZATION
Model type detailsminimized average
データ登録者Arnesano, F. / Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Barker, P.D. / Woodyear, T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural consequences of b- to c-type heme conversion in oxidized Escherichia coli cytochrome b562.
著者: Arnesano, F. / Banci, L. / Bertini, I. / Ciofi-Baffoni, S. / Woodyear, T.L. / Johnson, C.M. / Barker, P.D.
履歴
登録1999年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3642
ポリマ－11,7451
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -ENERGY MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME B562


分子量: 11745.190 Da / 分子数: 1 / 変異: R98C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PCEB562 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-HEB / HEME B/C / HYBRID BETWEEN B AND C TYPE HEMES (PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE)


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2223D 15N-SEPARATED NOESY
232HNHA
1411D NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
13MM R98C CYTOCHROME B562; 500MM PHOSPHATE BUFFER; 90% H2O, 10% D2O
22.5MM R98C CYTOCHROME B562; 500MM PHOSPHATE BUFFER; 90% H2O, 10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1500mM PHOSPHATE 4.8AMBIENT 298 K
2500mM PHOSPHATE 4.8AMBIENT 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR解析
DYANA1.5GUENTERT P., MUMENTHALER, C., & WUTHRICH, K.構造決定
XEASYECCLES, C., GUENTERT P., BILLETER, M., & WUTHRICH, K.データ解析
PSEUDODYANABANCI, L., BERTINI, I., CREMONINI, M.A., GORI SAVELLINI, G., LUCHINAT, C., WUTHRICH, K. & GUENTERT, P.構造決定
Amber5PEARLMAN, D.A., CASE, D.A., CALDWELL, J.W., ROSS, W.S., CHEATHAM, T.E., FERGUSON, D.M., SEIBEL, G.L., SINGH, U.C., WEINER, P.K., & KOLLMAN, P.A.精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, ENERGY MINIMIZATION / ソフトェア番号: 1
詳細: A TOTAL OF 4325 NOESY CROSS-PEAKS WAS ASSIGNED, INTEGRATED AND TRANSFORMED IN UPPER DISTANCE LIMITS; 23 DISTANCE CONSTRAINTS WERE DERIVED FROM 1D NOE EXPERIMENTS INVOLVING FAST RELAXING ...詳細: A TOTAL OF 4325 NOESY CROSS-PEAKS WAS ASSIGNED, INTEGRATED AND TRANSFORMED IN UPPER DISTANCE LIMITS; 23 DISTANCE CONSTRAINTS WERE DERIVED FROM 1D NOE EXPERIMENTS INVOLVING FAST RELAXING PARAMAGNETIC SHIFTED SIGNALS. TOTALLY, THEY CORRESPONDED TO 2595 UPPER DISTANCE LIMITS, OF WHICH 2145 WERE FOUND TO BE MEANINGFUL. IN ADDITION, 45 3JHNHA COUPLINGS OBTAINED FROM THE HNHA 3D SPECTRUM AND 397 PCS WERE USED FOR THE STRUCTURE CALCULATIONS.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: ENERGY MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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